Prokariotu RNS sekvencēšana
Funkcijas
● RNS parauga apstrāde ietvēra rRNS samazināšanos, kam sekoja virziena RNS bibliotēkas sagatavošana.
● Bioinformātiskā analīze, kuras pamatā ir atsauces genoma izlīdzināšana
● Analīze ietver gēnu ekspresiju un DEG, bet arī stenogrammas struktūru un sRNS analīzi
Pakalpojumu priekšrocības
●Stingra kvalitātes kontrole: Mēs ieviešam galvenos vadības punktus visos posmos, sākot no parauga un bibliotēkas sagatavošanas līdz secībai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina pastāvīgi augstas kvalitātes rezultātu piegādi.
●Strand specifiski sekvencēšanas dati: RNS bibliotēkas preparāta dēļ ir virziena virziens, kas ļauj identificēt anti-Sense stenogrammas.
●Pilnīga analīze, kas pielāgota prokariotu transkriptiem: Bioinformatiskajā cauruļvadā ietilpst ne tikai gēna ekspresijas analīze, bet arī stenogrammas struktūras analīze, ieskaitot operonu, UTR un promotoru identificēšanu. Tas ietver arī SRNS analīzi, proti, sekundārās struktūras un mērķu anotāciju un prognozēšanu.
●Pēcpārdošanas atbalsts: Mūsu apņemšanās pārsniedz projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas dienesta periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projektu turpinājumu, palīdzības novēršanu un Q&A sesijas, lai risinātu visus rezultātus saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| rRNS noplicināta virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Parauga prasības:
| Konc. (Ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godīgums |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8–2,0 OD260/230 = 1,0–2,5 Ierobežots vai bez olbaltumvielu vai DNS piesārņojuma, kas parādīts uz gēla. | Rin ≥6,5 |
Ieteicamā parauga piegāde
Konteiners: 2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicams alvas folija)
Parauga marķēšana: grupa+replicate, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: Paraugi jāiesaiņo maisos un jāapglabā sausā ledus.
2. RNASTABLE CEĻAS: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas caurulē (piemēram, RNastable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Servisa darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātiskās analīzes darbplūsma
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● Izlīdzināšana ar atsauces genomu
● Bibliotēkas kvalitātes novērtējums: RNS sadrumstalotības nejaušība, ievietošana lielums un sekvencēšana piesātinājums
● Paredzamo kodējošo gēnu funkcionālā anotācija
● Izpaušanas analīze: korelācija un galveno komponentu analīze (PCA)
● Diferenciālā gēna ekspresija (DEG)
● DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana
● SRNS analīze: prognozēšana, anotācija, mērķa un sekundārā struktūras prognoze
● stenogrammas struktūras analīze: operoni, starta un beigu pozīcijas, netulkots reģions (UTS), promotors un SNP/indel analīze
Piesātinājuma secība
Kodējošo gēnu funkcionālā anotācija
Korelācija starp paraugiem
Diferenciāli izteikti gēnu (DEG) analīze
Funkcionālās bagātināšanas analīze
sRNS anotācija
Izpētiet sasniegumus, ko veicina Bmkgene Nanopore pilna garuma mRNS sekvencēšanas pakalpojumi šajā piedāvātajā publikācijā.
Guan, CP et al. (2018) “Bioplēves veidojošo stafilokoku epidermidis globālās transkripta izmaiņas, kas reaģē uz sophorea alopecuroides kopējiem alkaloīdiem”,Polijas mikrobioloģijas žurnāls, 67 (2), lpp. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
