-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Telpiskā transkriptomika ir zinātnisko jauninājumu priekšgalā, dodot pētniekiem iespēju iedziļināties sarežģītos gēnu ekspresijas modeļos audos, vienlaikus saglabājot to telpisko kontekstu. Dažādās platformās uzņēmums BMKGene ir izstrādājis BMKManu S3000 telpisko transkripta mikroshēmu, kas lepojas ar uzlabotu izšķirtspēju 3,5 µm, sasniedz subcellulāro diapazonu un nodrošina vairāku līmeņu izšķirtspējas iestatījumus. S3000 mikroshēmā, kurā ir aptuveni 4 miljoni plankumu, ir izmantotas mikroiedobes, kas ir slāņotas ar lodītēm, kas ir ielādētas ar telpiski svītrkoda uztveršanas zondēm. cDNS bibliotēka, kas bagātināta ar telpiskajiem svītrkodiem, tiek sagatavota no S3000 mikroshēmas un pēc tam sekvencēta Illumina NovaSeq platformā. Telpiski svītrkodu paraugu un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiku. BMKManu S3000 mikroshēma ir ārkārtīgi daudzpusīga, piedāvājot daudzlīmeņu izšķirtspējas iestatījumus, kurus var precīzi pielāgot dažādiem audiem un vēlamajiem detalizācijas līmeņiem. Šī pielāgošanās spēja pozicionē mikroshēmu kā izcilu izvēli dažādiem telpiskās transkriptomikas pētījumiem, nodrošinot precīzu telpisku klasterizāciju ar minimālu troksni. Šūnu segmentācijas tehnoloģijas izmantošana ar BMKManu S3000 ļauj norobežot transkripcijas datus līdz šūnu robežām, kā rezultātā tiek iegūta analīze, kurai ir tieša bioloģiskā nozīme. Turklāt uzlabotās S3000 izšķirtspējas rezultātā vienā šūnā tiek atklāts lielāks gēnu un UMI skaits, kas ļauj daudz precīzāk analizēt telpiskās transkripcijas modeļus un šūnu klasterizāciju.
-
Viena kodola RNS sekvencēšana
Vienas šūnas uztveršanas un pielāgotu bibliotēku veidošanas metožu attīstība kopā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ir mainījusi gēnu ekspresijas pētījumus šūnu līmenī. Šis izrāviens ļauj veikt dziļāku un visaptverošāku sarežģītu šūnu populāciju analīzi, pārvarot ierobežojumus, kas saistīti ar gēnu ekspresijas vidējo noteikšanu visās šūnās un saglabājot patieso neviendabīgumu šajās populācijās. Lai gan vienas šūnas RNS sekvencēšanai (scRNA-seq) ir nenoliedzamas priekšrocības, tā saskaras ar problēmām noteiktos audos, kur vienas šūnas suspensijas izveidošana ir sarežģīta un nepieciešami jauni paraugi. Uzņēmums BMKGene risina šo šķērsli, piedāvājot viena kodola RNS sekvencēšanu (snRNA-seq), izmantojot vismodernāko 10X Genomics Chromium tehnoloģiju. Šī pieeja paplašina paraugu spektru, ko var veikt transkripta analīzei vienas šūnas līmenī.
Kodolu izolēšana tiek veikta, izmantojot novatorisko 10X Genomics Chromium mikroshēmu, kurā ir astoņu kanālu mikrofluidikas sistēma ar dubultām krustojumiem. Šajā sistēmā gēla lodītes, kas satur svītrkodus, gruntējumus, fermentus un vienu kodolu, tiek iekapsulētas nanolitru lieluma eļļas pilienos, veidojot gēla lodītes emulsiju (GEM). Pēc GEM veidošanās katrā GEM notiek šūnu līze un svītrkoda atbrīvošanās. Pēc tam mRNS molekulas tiek pakļautas reversajai transkripcijai cDNS, iekļaujot 10 X svītrkodus un unikālos molekulāros identifikatorus (UMI). Pēc tam šīs cDNS tiek pakļautas standarta sekvencēšanas bibliotēkas uzbūvei, atvieglojot spēcīgu un visaptverošu gēnu ekspresijas profilu izpēti vienas šūnas līmenī.
Platforma: 10× Genomics Chromium un Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium telpiskais transkripts
Telpiskā transkriptomika ir progresīva tehnoloģija, kas ļauj pētniekiem izpētīt gēnu ekspresijas modeļus audos, vienlaikus saglabājot to telpisko kontekstu. Viena spēcīga platforma šajā domēnā ir 10x Genomics Visium kopā ar Illumina sekvencēšanu. 10X Visium princips ir balstīts uz specializētu mikroshēmu ar noteiktu uztveršanas zonu, kurā tiek ievietotas audu sekcijas. Šajā uztveršanas apgabalā ir svītrkoda plankumi, no kuriem katrs atbilst unikālai telpiskajai atrašanās vietai audos. Pēc tam reversās transkripcijas procesa laikā no audiem uztvertās RNS molekulas tiek marķētas ar unikāliem molekulārajiem identifikatoriem (UMI). Šie svītrkodēti plankumi un UMI nodrošina precīzu telpisko kartēšanu un gēnu ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu ar vienas šūnas izšķirtspēju. Telpiski svītrkodu paraugu un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiku. Izmantojot šo telpiskās transkriptomikas tehnoloģiju, pētnieki var iegūt dziļāku izpratni par šūnu telpisko organizāciju un sarežģītajām molekulārajām mijiedarbībām, kas notiek audos, piedāvājot nenovērtējamu ieskatu mehānismos, kas ir pamatā bioloģiskajiem procesiem vairākās jomās, tostarp onkoloģijā, neirozinātnē, attīstības bioloģijā, imunoloģijā. , un botāniskie pētījumi.
Platforma: 10X Genomics Visium un Illumina NovaSeq
