-
Salīdzinošā genomika
Salīdzinošā genomika ietver visu genomu secību un struktūru pārbaudi un salīdzināšanu starp dažādām sugām. Šis lauks cenšas atklāt sugu evolūciju, atšifrēt gēnu funkcijas un noskaidrot ģenētiskos regulējošos mehānismus, identificējot konservētas vai atšķirīgas secību struktūras un elementus dažādos organismos. Visaptverošs salīdzinošais genomikas pētījums ietver tādas analīzes kā gēnu ģimenes, evolūcijas attīstību, visa genoma dublēšanās notikumus un selektīvo spiedienu ietekmi.
-
Evolūcijas ģenētika
Populācijas un evolūcijas ģenētiskās analīzes platforma ir izveidota, pamatojoties uz BMK R&D komandā gadiem ilgi uzkrāto pieredzi. Tas ir lietotājam draudzīgs rīks, īpaši pētniekiem, kuri nav specializējušies bioinformātikā. Šī platforma nodrošina pamata evolūcijas ģenētiku pamata analīzi, tostarp filoģenētisko koku konstrukciju, saiknes līdzsvara analīzi, ģenētiskās daudzveidības novērtēšanu, selektīvo slaucīšanas analīzi, radniecības analīzi, PCA, populācijas struktūras analīzi utt.
-
Hi-C balstīta genoma montāža
Hi-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidspējas sekvencēšanu. Tiek uzskatīts, ka šīs mijiedarbības intensitāte ir negatīvi saistīta ar fizisko attālumu hromosomās. Tāpēc Hi-C dati tiek izmantoti, lai vadītu salikto secību grupēšanu, kārtošanu un orientāciju genoma uzmetumā un noenkurotu tos noteiktā skaitā hromosomu. Šī tehnoloģija nodrošina hromosomu līmeņa genoma komplektu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes. Katram genomam ir nepieciešams Hi-C.
-
Augu/dzīvnieku de Novo genoma sekvencēšana
De Novosekvencēšana attiecas uz sugas visa genoma konstruēšanu, izmantojot sekvencēšanas tehnoloģijas, ja nav atsauces genoma. Trešās paaudzes sekvencēšanas ieviešana un plaša ieviešana, kas ietver garākus nolasījumus, ir ievērojami uzlabojusi genoma montāžu, palielinot nolasījumu pārklāšanos. Šis uzlabojums ir īpaši piemērots, strādājot ar izaicinošiem genomiem, piemēram, tiem, kuriem ir augsta heterozigotitāte, augsta atkārtojošos reģionu attiecība, poliploīdi un reģioni ar atkārtotiem elementiem, neparastu GC saturu vai augstu sarežģītību, kas parasti ir slikti samontēti, izmantojot īsas nolasīšanas secību. vienatnē.
Mūsu vienas pieturas risinājums nodrošina integrētus sekvencēšanas pakalpojumus un bioinformātisko analīzi, kas nodrošina augstas kvalitātes de novo samontētu genomu. Sākotnējā genoma aptauja ar Illumina nodrošina genoma lieluma un sarežģītības aprēķinus, un šī informācija tiek izmantota, lai vadītu nākamo ilgstošas sekvencēšanas soli ar PacBio HiFi, kam sekode novokontigu montāža. Turpmākā HiC montāžas izmantošana ļauj noenkurot kontigus pie genoma, iegūstot hromosomu līmeņa montāžu. Visbeidzot, genoms tiek anotēts ar gēnu prognozēšanu un izteiktu gēnu sekvencēšanu, izmantojot transkriptus ar īsiem un gariem nolasījumiem.
-
Visa cilvēka eksoma sekvencēšana
Cilvēka visa eksoma sekvencēšana (hWES) ir plaši atzīta par rentablu un spēcīgu sekvencēšanas pieeju slimību izraisošo mutāciju noteikšanai. Neskatoties uz to, ka tie veido tikai aptuveni 1, 7% no visa genoma, eksoniem ir izšķiroša loma, tieši atspoguļojot kopējo olbaltumvielu funkciju profilu. Jo īpaši cilvēka genomā vairāk nekā 85% ar slimībām saistīto mutāciju izpaužas proteīnu kodējošajos reģionos. BMKGENE piedāvā visaptverošu un elastīgu cilvēka visa eksoma sekvencēšanas pakalpojumu ar divām dažādām eksonu uztveršanas stratēģijām, kas pieejamas dažādu pētniecības mērķu sasniegšanai.
-
Specifiska lokusa pastiprināta fragmentu secība (SLAF-Seq)
Augstas caurlaidības genotipēšana, jo īpaši liela mēroga populācijās, ir būtisks solis ģenētiskās asociācijas pētījumos un nodrošina ģenētisku pamatu funkcionālu gēnu atklāšanai, evolūcijas analīzei utt. Tā vietā, lai veiktu dziļu visa genoma atkārtotu sekvencēšanu,Samazinātas reprezentācijas genoma sekvencēšana (RRGS)bieži tiek izmantots šajos pētījumos, lai samazinātu sekvencēšanas izmaksas uz vienu paraugu, vienlaikus saglabājot saprātīgu efektivitāti ģenētisko marķieru atklāšanā. RRGS to panāk, sagremot DNS ar restrikcijas enzīmiem un koncentrējoties uz konkrētu fragmenta lieluma diapazonu, tādējādi sekvenējot tikai daļu no genoma. Starp dažādām RRGS metodoloģijām specifiska lokusa pastiprināta fragmentu secība (SLAF) ir pielāgojama un kvalitatīva pieeja. Šī metode, ko neatkarīgi izstrādājusi BMKGene, optimizē restrikcijas enzīmu komplektu katram projektam. Tas nodrošina ievērojama skaita SLAF tagu (400–500 bps sekvencējamā genoma reģionu) ģenerēšanu, kas ir vienmērīgi sadalīti visā genomā, vienlaikus efektīvi izvairoties no atkārtotiem reģioniem, tādējādi nodrošinot vislabāko ģenētisko marķieru atklāšanu.
-
Illumina iepriekš sagatavotas bibliotēkas
Illumina sekvencēšanas tehnoloģija, kuras pamatā ir Sequencing by Synthesis (SBS), ir globāli pieņemta NGS inovācija, kas ir atbildīga par vairāk nekā 90% pasaules sekvencēšanas datu. SBS princips ietver fluorescējoši marķētu atgriezenisko terminatoru attēlveidošanu, kad tiek pievienots katrs dNTP, un pēc tam tiek sadalīts, lai varētu iekļaut nākamo bāzi. Tā kā katrā sekvencēšanas ciklā ir visi četri atgriezeniski terminatora piesaistītie dNTP, dabiskā konkurence samazina iekļaušanas novirzi. Šī daudzpusīgā tehnoloģija atbalsta gan vienas lasīšanas, gan pāru bibliotēkas, nodrošinot virkni genoma lietojumu. Illumina sekvencēšanas augstas caurlaidspējas iespējas un precizitāte pozicionē to kā stūrakmeni genomikas pētniecībā, dodot zinātniekiem iespēju atklāt genomu sarežģījumus ar nepārspējamu detalizāciju un efektivitāti.
Mūsu iepriekš sagatavotais bibliotēku sekvencēšanas pakalpojums ļauj klientiem sagatavot sekvencēšanas bibliotēkas no dažādiem avotiem (cita starpā mRNS, viss genoms, amplikons, 10x bibliotēkas). Pēc tam šīs bibliotēkas var nosūtīt uz mūsu sekvencēšanas centriem kvalitātes kontrolei un secības noteikšanai Illumina platformās.
