-
Metagenomiskā sekvencēšana -NGS
Metagenoms ir jauktas organismu kopienas, piemēram, vides un cilvēka metagenomu, kopējā ģenētiskā materiāla kolekcija. Tajā ir gan kultivētu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomi. Bises metagenomiskā sekvencēšana ar NGS ļauj izpētīt šīs sarežģītās genoma ainavas, kas iestrādātas vides paraugos, nodrošinot vairāk nekā taksonomisko profilēšanu, sniedzot arī detalizētu ieskatu sugu daudzveidībā, pārpilnības dinamikā un sarežģītās populācijas struktūrās. Papildus taksonomiskajiem pētījumiem bises metagenomika piedāvā arī funkcionālu genomikas perspektīvu, ļaujot izpētīt kodētos gēnus un to iespējamo lomu ekoloģiskajos procesos. Visbeidzot, korelācijas tīklu izveide starp ģenētiskajiem elementiem un vides faktoriem veicina holistisku izpratni par sarežģīto mijiedarbību starp mikrobu kopienām un to ekoloģisko fonu. Noslēgumā jāsaka, ka metagenomiskā sekvencēšana ir galvenais instruments dažādu mikrobu kopienu genoma sarežģītības atšķetināšanai, apgaismojot daudzpusīgās attiecības starp ģenētiku un ekoloģiju šajās sarežģītajās ekosistēmās.
Platformas: Illumina NovaSeq un DNBSEQ-T7
-
Metagenomiskā sekvencēšana-TGS
Metagenoms ir jauktas organismu kopienas, piemēram, vides un cilvēka metagenomu, ģenētiskā materiāla kolekcija. Tajā ir gan kultivētu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomi. Metagenomiskā sekvencēšana ļauj izpētīt šīs sarežģītās genoma ainavas, kas iestrādātas ekoloģiskajos paraugos, nodrošinot vairāk nekā taksonomisko profilēšanu. Tas piedāvā arī funkcionālu genomikas perspektīvu, pētot kodētos gēnus un to iespējamo lomu vides procesos. Lai gan metagenomiskos pētījumos ir plaši izmantotas tradicionālās bise pieejas ar Illumina sekvencēšanu, Nanopore un PacBio ilgi lasītās sekvencēšanas parādīšanās ir mainījusi šo jomu. Nanopore un PacBio tehnoloģija uzlabo pakārtotās bioinformātikas analīzes, jo īpaši metagenoma montāžu, nodrošinot nepārtrauktākus mezglus. Pārskati liecina, ka metagenomika, kuras pamatā ir nanopora un PacBio, ir veiksmīgi ģenerējusi pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no sarežģītiem mikrobiomiem (Moss, EL et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore nolasījumu integrēšana ar Illumina nolasīšanas ierīcēm nodrošina stratēģisku pieeju kļūdu labošanai, mazinot Nanopore raksturīgo zemo precizitāti. Šī sinerģiskā kombinācija izmanto katras sekvencēšanas platformas stiprās puses, piedāvājot stabilu risinājumu, lai pārvarētu iespējamos ierobežojumus un uzlabotu metagenomisko analīžu precizitāti un uzticamību.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia un PacBio Revio
-
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS)
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS) ir zelta standarta metodika padziļinātai DNS metilēšanas izpētei, īpaši piektajā pozīcijā citozīnā (5-mC), kas ir galvenais gēnu ekspresijas un šūnu aktivitātes regulators. WGBS pamatā esošais princips ietver apstrādi ar bisulfītu, izraisot nemetilētu citozīnu pārvēršanu par uracilu (C uz U), vienlaikus atstājot metilētus citozīnus nemainīgus. Šī metode piedāvā vienas bāzes izšķirtspēju, ļaujot pētniekiem vispusīgi izpētīt metilomu un atklāt neparastus metilēšanas modeļus, kas saistīti ar dažādiem apstākļiem, īpaši vēzi. Izmantojot WGBS, zinātnieki var gūt nepārspējamu ieskatu genoma mēroga metilēšanas ainavās, sniedzot niansētu izpratni par epiģenētiskajiem mehānismiem, kas ir dažādu bioloģisko procesu un slimību pamatā.
-
Transpozāzei pieejamā hromatīna noteikšana ar augstas caurlaidspējas sekvencēšanu (ATAC-seq)
ATAC-seq ir augstas caurlaidspējas sekvencēšanas metode, ko izmanto genoma mēroga hromatīna pieejamības analīzei. Tā izmantošana sniedz dziļāku izpratni par globālās epiģenētiskās kontroles sarežģītajiem mehānismiem pār gēnu ekspresiju. Metode izmanto hiperaktīvu Tn5 transpozāzi, lai vienlaikus fragmentētu un iezīmētu atvērtos hromatīna reģionus, ievietojot sekvencēšanas adapterus. Turpmākās PCR amplifikācijas rezultātā tiek izveidota sekvencēšanas bibliotēka, kas ļauj visaptveroši identificēt atvērtos hromatīna reģionus īpašos telpas un laika apstākļos. ATAC-seq nodrošina holistisku skatu uz pieejamām hromatīna ainavām, atšķirībā no metodēm, kas koncentrējas tikai uz transkripcijas faktoru saistīšanas vietām vai specifiskiem histonu modificētiem reģioniem. Sekvenējot šos atvērtos hromatīna reģionus, ATAC-seq atklāj reģionus, kuros, visticamāk, ir aktīvas regulējošās sekvences un iespējamās transkripcijas faktoru saistīšanās vietas, piedāvājot vērtīgu ieskatu gēnu ekspresijas dinamiskajā modulācijā visā genomā.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S un 18S rRNS gēni kopā ar ITS (Internal Transcribed Spacer) reģionu kalpo kā galvenie molekulārie pirkstu nospiedumu marķieri, pateicoties to ļoti konservētu un hipermainīgu reģionu kombinācijai, padarot tos par nenovērtējamiem instrumentiem prokariotu un eikariotu organismu raksturošanai. Šo reģionu pastiprināšana un sekvencēšana piedāvā bezizolācijas pieeju, lai izpētītu mikrobu sastāvu un daudzveidību dažādās ekosistēmās. Lai gan Illumina sekvencēšana parasti ir vērsta uz īsiem hipermainīgiem reģioniem, piemēram, 16S un ITS1 V3-V4, ir pierādīts, ka labāka taksonomiskā anotācija ir iespējama, sekvencējot 16S, 18S un ITS visā garumā. Šī visaptverošā pieeja nodrošina lielāku precīzi klasificētu secību procentuālo daudzumu, panākot izšķirtspējas līmeni, kas attiecas arī uz sugu identifikāciju. PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekvencēšanas platforma izceļas, nodrošinot ļoti precīzus garus nolasījumus (HiFi), kas aptver pilna garuma amplikonus, konkurējot ar Illumina sekvencēšanas precizitāti. Šī iespēja ļauj pētniekiem iegūt nepārspējamas priekšrocības — panorāmas skatu uz ģenētisko ainavu. Paplašinātais pārklājums ievērojami paaugstina sugu anotācijas izšķirtspēju, īpaši baktēriju vai sēnīšu kopienās, ļaujot dziļāk izprast mikrobu populāciju sarežģītību.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplikonu sekvencēšana ar Illumina tehnoloģiju, īpaši mērķējot uz 16S, 18S un ITS ģenētiskajiem marķieriem, ir spēcīga metode filoģenēzes, taksonomijas un sugu pārpilnības atšķetināšanai mikrobu kopienās. Šī pieeja ietver mājturības ģenētisko marķieru hipermainīgo reģionu sekvencēšanu. Sākotnēji kā molekulāro pirkstu nospiedumu ieviesaWoeses et al1977. gadā šī metode ir mainījusi mikrobiomu profilēšanu, ļaujot veikt analīzi bez izolācijas. Izmantojot 16S (baktērijas), 18S (sēnīšu) un iekšējās transkribētās starplikas (ITS, sēnes) sekvencēšanu, pētnieki var identificēt ne tikai bagātīgas sugas, bet arī retas un neidentificētas. Plaši pieņemts kā galvenais instruments, amplikonu sekvencēšana ir kļuvusi par noderīgu atšķirīgu mikrobu sastāvu noteikšanā dažādās vidēs, tostarp cilvēka mutē, zarnās, izkārnījumos un ne tikai.
-
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtota sekvencēšana
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtotas sekvencēšanas projekti ir ļoti svarīgi, lai veicinātu mikrobu genomiku, ļaujot pabeigt un salīdzināt mikrobu genomus. Tas atvieglo fermentācijas inženieriju, rūpniecisko procesu optimizāciju un sekundāro metabolisma ceļu izpēti. Turklāt sēnīšu un baktēriju atkārtota sekvencēšana ir ļoti svarīga, lai izprastu vides pielāgošanos, optimizētu celmus un atklātu ģenētiskās evolūcijas dinamiku, kas plaši ietekmē medicīnu, lauksaimniecību un vides zinātni.
-
PacBio-pilna garuma 16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma ir izstrādāta ar daudzu gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projektu analīzē, kas ietver standartizētu pamata analīzi un personalizētu analīzi: pamata analīze aptver pašreizējo mikrobu pētījumu galveno analīzes saturu, analīzes saturs ir bagātīgs un visaptverošs, un analīzes rezultāti tiek prezentēti projektu atskaišu veidā; Personalizētās analīzes saturs ir daudzveidīgs. Paraugus var atlasīt un parametrus var elastīgi iestatīt atbilstoši pamata analīzes ziņojumam un pētījuma mērķim, lai realizētu personalizētas prasības. Windows operētājsistēma, vienkārša un ātra.
-
PacBio-pilna garuma transkripts (nav atsauces)
Izmantojot Pacific Biosciences (PacBio) izoformu sekvencēšanas datus kā ievadi, šī lietotne spēj identificēt pilna garuma transkripta sekvences (bez montāžas). Kartējot pilna garuma sekvences pret atsauces genomu, transkriptus var optimizēt ar zināmiem gēniem, transkriptiem, kodējošiem reģioniem utt. Šādā gadījumā var panākt precīzāku mRNS struktūru identificēšanu, piemēram, alternatīvu splicēšanu utt. Kopīga analīze ar NGS transkripta sekvencēšanas datiem nodrošina visaptverošāku anotāciju un precīzāku izteiksmes kvantitatīvo noteikšanu transkripta līmenī, kas lielā mērā dod labumu pakārtotajai diferenciālajai izteiksmei un funkcionālajai analīzei.
-
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS) ir kļuvusi par rentablu un efektīvu alternatīvu visa genoma bisulfīta sekvencēšanai (WGBS) DNS metilēšanas pētījumos. Lai gan WGBS sniedz visaptverošu ieskatu, pārbaudot visu genomu ar vienas bāzes izšķirtspēju, tā augstās izmaksas var būt ierobežojošs faktors. RRBS stratēģiski mazina šo izaicinājumu, selektīvi analizējot reprezentatīvu genoma daļu. Šī metodoloģija balstās uz CpG salām bagāto reģionu bagātināšanu ar MspI šķelšanos, kam seko 200–500/600 bps fragmentu lieluma atlase. Līdz ar to tiek sekvencēti tikai reģioni, kas atrodas tuvāk CpG salām, savukārt tie, kuriem ir attālas CpG salas, tiek izslēgti no analīzes. Šis process apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu ļauj noteikt DNS metilēšanu ar augstu izšķirtspēju, un secības noteikšanas pieeja PE150 koncentrējas īpaši uz ieliktņu galiem, nevis uz vidu, palielinot metilēšanas profilēšanas efektivitāti. RRBS ir nenovērtējams rīks, kas nodrošina rentablu DNS metilēšanas izpēti un uzlabo zināšanas par epiģenētiskajiem mehānismiem.
-
Prokariotu RNS sekvencēšana
RNS sekvencēšana nodrošina visu RNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās īpašos apstākļos. Šī progresīvā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem. RNS sekvencēšana, kas plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulēšanas sarežģītībā. Mūsu prokariotu RNS paraugu apstrāde ir pielāgota prokariotu transkriptiem, kas ietver rRNS izsīkšanu un virziena bibliotēkas sagatavošanu.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskripta sekvencēšana
Izmantojot Illumina sekvencēšanas tehnoloģiju, BMKGENE metatranskripta sekvencēšanas pakalpojums atklāj dažādu mikrobu klāsta dinamisko gēnu ekspresiju, kas aptver eikariotus līdz prokariotiem un vīrusiem dabiskā vidē, piemēram, augsnē, ūdenī, jūrā, izkārnījumos un zarnās. Mūsu visaptverošais pakalpojums ļauj pētniekiem iedziļināties sarežģītu mikrobu kopienu pilnīgajos gēnu ekspresijas profilos. Papildus taksonomiskajai analīzei mūsu metatranskripta sekvencēšanas pakalpojums atvieglo funkcionālās bagātināšanas izpēti, atklājot atšķirīgi izteiktus gēnus un to lomu. Atklājiet daudz bioloģisku atziņu, virzoties pa sarežģītajām gēnu ekspresijas, taksonomiskās daudzveidības un funkcionālās dinamikas ainavām šajās dažādajās vides nišās.
-
De novo sēnīšu genoma montāža
BMKGENE piedāvā daudzpusīgus risinājumus sēnīšu genomiem, apmierinot dažādas pētniecības vajadzības un vēlamo genoma pilnīgumu. Īsi nolasāmas Illumina sekvencēšanas izmantošana vien ļauj ģenerēt genoma melnrakstu. Īsas lasīšanas un ilgstošas secības noteikšana, izmantojot Nanopore vai Pacbio, tiek apvienotas, lai iegūtu izsmalcinātāku sēnīšu genomu ar garākiem kontigiem. Turklāt Hi-C sekvencēšanas integrēšana vēl vairāk uzlabo iespējas, ļaujot sasniegt pilnīgu hromosomu līmeņa genomu.
