-
Hi-C balstīta hromatīna mijiedarbība
Hi-C ir metode, kas paredzēta genoma konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidspējas sekvencēšanu. Metodes pamatā ir hromatīna šķērssaistīšana ar formaldehīdu, kam seko sagremošana un atkārtota ligēšana tādā veidā, ka tikai kovalenti saistīti fragmenti veido ligācijas produktus. Sekvenējot šos ligācijas produktus, ir iespējams izpētīt genoma 3D organizāciju. Hi-C ļauj izpētīt to genoma daļu sadalījumu, kas ir viegli iepakotas (A nodalījumi, eihromatīns) un, visticamāk, ir transkripcijas ziņā aktīvi, un reģionus, kas ir ciešāk iesaiņoti (B nodalījumi, Heterohromatīns). Hi-C var izmantot arī, lai precīzi noteiktu topoloģiski saistītos domēnus (TAD), genoma reģionus, kuriem ir salocīta struktūra un kuriem, iespējams, ir līdzīgi ekspresijas modeļi, un lai identificētu hromatīna cilpas, DNS reģionus, kas ir savienoti kopā ar olbaltumvielām un kas ir bieži bagātināts ar regulējošiem elementiem. BMKGene Hi-C sekvencēšanas pakalpojums dod pētniekiem iespēju izpētīt genomikas telpiskās dimensijas, paverot jaunas iespējas, lai izprastu genoma regulējumu un tā ietekmi uz veselību un slimībām.
-
Hromatīna imūnprecipitācijas sekvencēšana (ChIP-seq)
Hromatīna imūnprecipitācija (CHIP) ir metode, kas izmanto antivielas, lai selektīvi bagātinātu DNS saistošos proteīnus un to atbilstošos genomikas mērķus. Tā integrācija ar NGS ļauj visā genomā profilēt DNS mērķus, kas saistīti ar histona modifikāciju, transkripcijas faktoriem un citiem DNS saistošiem proteīniem. Šī dinamiskā pieeja ļauj salīdzināt saistīšanās vietas dažādos šūnu tipos, audos vai apstākļos. ChIP-Seq lietojumprogrammas aptver no transkripcijas regulēšanas un attīstības ceļu izpētes līdz slimību mehānismu noskaidrošanai, padarot to par neaizstājamu līdzekli, lai izprastu genoma regulēšanas ainavas un uzlabotu terapeitisko ieskatu.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS)
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS) ir zelta standarta metodika padziļinātai DNS metilēšanas izpētei, īpaši piektajā pozīcijā citozīnā (5-mC), kas ir galvenais gēnu ekspresijas un šūnu aktivitātes regulators. WGBS pamatā esošais princips ietver apstrādi ar bisulfītu, izraisot nemetilētu citozīnu pārvēršanu par uracilu (C uz U), vienlaikus atstājot metilētus citozīnus nemainīgus. Šī metode piedāvā vienas bāzes izšķirtspēju, ļaujot pētniekiem vispusīgi izpētīt metilomu un atklāt neparastus metilēšanas modeļus, kas saistīti ar dažādiem apstākļiem, īpaši vēzi. Izmantojot WGBS, zinātnieki var gūt nepārspējamu ieskatu genoma mēroga metilēšanas ainavās, sniedzot niansētu izpratni par epiģenētiskajiem mehānismiem, kas ir dažādu bioloģisko procesu un slimību pamatā.
-
Transpozāzei pieejamā hromatīna noteikšana ar augstas caurlaidspējas sekvencēšanu (ATAC-seq)
ATAC-seq ir augstas caurlaidspējas sekvencēšanas metode, ko izmanto genoma mēroga hromatīna pieejamības analīzei. Tā izmantošana sniedz dziļāku izpratni par globālās epiģenētiskās kontroles sarežģītajiem mehānismiem pār gēnu ekspresiju. Metode izmanto hiperaktīvu Tn5 transpozāzi, lai vienlaikus fragmentētu un iezīmētu atvērtos hromatīna reģionus, ievietojot sekvencēšanas adapterus. Turpmākās PCR amplifikācijas rezultātā tiek izveidota sekvencēšanas bibliotēka, kas ļauj visaptveroši identificēt atvērtos hromatīna reģionus īpašos telpas un laika apstākļos. ATAC-seq nodrošina holistisku skatu uz pieejamām hromatīna ainavām, atšķirībā no metodēm, kas koncentrējas tikai uz transkripcijas faktoru saistīšanas vietām vai specifiskiem histonu modificētiem reģioniem. Sekvenējot šos atvērtos hromatīna reģionus, ATAC-seq atklāj reģionus, kuros, visticamāk, ir aktīvas regulējošās sekvences un iespējamās transkripcijas faktoru saistīšanās vietas, piedāvājot vērtīgu ieskatu gēnu ekspresijas dinamiskajā modulācijā visā genomā.
-
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS) ir kļuvusi par rentablu un efektīvu alternatīvu visa genoma bisulfīta sekvencēšanai (WGBS) DNS metilēšanas pētījumos. Lai gan WGBS sniedz visaptverošu ieskatu, pārbaudot visu genomu ar vienas bāzes izšķirtspēju, tā augstās izmaksas var būt ierobežojošs faktors. RRBS stratēģiski mazina šo izaicinājumu, selektīvi analizējot reprezentatīvu genoma daļu. Šī metodoloģija balstās uz CpG salām bagāto reģionu bagātināšanu ar MspI šķelšanos, kam seko 200–500/600 bps fragmentu lieluma atlase. Līdz ar to tiek sekvencēti tikai reģioni, kas atrodas tuvāk CpG salām, savukārt tie, kuriem ir attālas CpG salas, tiek izslēgti no analīzes. Šis process apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu ļauj noteikt DNS metilēšanu ar augstu izšķirtspēju, un secības noteikšanas pieeja PE150 koncentrējas īpaši uz ieliktņu galiem, nevis uz vidu, palielinot metilēšanas profilēšanas efektivitāti. RRBS ir nenovērtējams rīks, kas nodrošina rentablu DNS metilēšanas izpēti un uzlabo zināšanas par epiģenētiskajiem mehānismiem.
