Siltuma karte
Heatmap rīks pieņem matricas datu failu kā ievadi un ļauj lietotājiem filtrēt, normalizēt un grupēt datus. Galvenais siltuma karšu izmantošanas gadījums ir gēnu ekspresijas līmeņa klasteru analīze starp dažādiem paraugiem.
Gēnu anotācija
Gēnu anotācijas rīks veic gēnu anotāciju, pamatojoties uz ievades FASTA failu secību saskaņošanu ar dažādām datu bāzēm.
Pamata vietējās izlīdzināšanas meklēšanas rīks (BLAST)
BLAST rīks ir BMKCloud integrētā NCBI BLAST versija, un to var izmantot, lai veiktu tās pašas funkcijas, izmantojot datus, kas augšupielādēti BMKCloud kontā.
CDS_UTR prognoze
CDS_UTR prognozēšanas rīks ir izstrādāts, lai paredzētu kodēšanas reģionus (CDS) un nekodējošos reģionus (UTR) noteiktās transkripta sekvencēs, pamatojoties uz BLAST rezultātiem, salīdzinot ar zināmām olbaltumvielu datu bāzēm un ORF prognozēšanas rezultātiem.
Manhetenas sižets
Manhetenas diagrammas rīks ļauj parādīt lielu paraugu eksperimentus, un to parasti izmanto genoma mēroga asociācijas pētījumos (GWAS).
Circos diagramma
CIRCOS diagrammas rīks nodrošina efektīvu vizualizāciju par to, kā genoma iezīme tiek izplatīta visā genomā. Kopējās iezīmes ietver kvantitatīvos lokusus, SNP, InDels, strukturālos un kopiju skaita variantus.
Gēnu ontoloģijas (GO) bagātināšana
GO Enrichment rīks nodrošina funkcionālās bagātināšanas analīzi. Galvenā programmatūra šajā rīkā ir TopGO-Bioconductor pakotne, kas ietver diferenciālās izteiksmes analīzi, GO bagātināšanas analīzi un rezultātu vizualizāciju.
Svērtā gēnu koekspresijas tīkla analīze (WGCNA)
WGCNA ir plaši izmantota datu ieguves metode gēnu koekspresijas moduļu atklāšanai. Tas ir piemērojams dažādām ekspresijas datu kopām, tostarp microarray un NGS gēnu ekspresijas datiem.
InterProScan
InterProScan rīks nodrošina InterPro proteīnu secību analīzi un klasifikāciju.
GO KEGG bagātināšana
GO KEGG bagātināšanas rīks ir izstrādāts, lai ģenerētu GO bagātināšanas histogrammu, KEGG bagātināšanas histogrammu un KEGG bagātināšanas ceļu, pamatojoties uz nodrošināto gēnu kopu un atbilstošu anotāciju.