Augu/dzīvnieku visa genoma sekvencēšana
Pakalpojuma funkcijas
● Bibliotēkas sagatavošana var būt standarta vai bez PCR
● Pieejams 4 sekvencēšanas platformās: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 vai PacBio Revio.
● Bioinformātiskā analīze, kas vērsta uz variantu noteikšanu: SNP, InDel, SV un CNV
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredze un publikāciju ieraksti: uzkrātā pieredze genomu sekvencēšanā vairāk nekā 1000 sugām ir ļāvusi publicēt vairāk nekā 1000 gadījumu ar kumulatīvo ietekmes faktoru vairāk nekā 5000.
●Visaptveroša bioinformātikas analīze: ietverot variāciju izsaukšanu un funkciju anotāciju.
● Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
●Visaptveroša anotācija: Mēs izmantojam vairākas datu bāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētām variācijām un veiktu atbilstošo bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu vairākos pētniecības projektos.
Pakalpojuma specifikācijas
| Varianti, kas jāidentificē | Sekvences stratēģija | Ieteicamais dziļums |
| SNP un InDel | Illumina NovaSeq PE150 vai MGI T7 | 10x |
| SV un CNV (mazāk precīzi) | 30x | |
| SV un CNV (precīzāk) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV un CNV | PacBio Revio | 10x |
Prasību paraugs
| Audu vai ekstrahētas nukleīnskābes | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Dzīvnieku iekšējie orgāni | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dzīvnieku muskuļi | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Zīdītāju asinis | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Mājputnu/zivju asinis | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Augs - svaigas lapas | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivētas šūnas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Kukaiņu mīkstie audi/indivīds | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahēta DNS
| Koncentrācija: ≥ 1 ng/µL Daudzums: ≥ 30 ng Ierobežota degradācija vai piesārņojums vai nav
| Koncentrēšanās Summa
OD260/280
OD260/230
Ierobežota degradācija vai piesārņojums vai nav
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/plūsmas šūna/paraugs
1,7-2,2
≥1,5 | Koncentrēšanās Summa
OD260/280
OD260/230
Ierobežota degradācija vai piesārņojums vai nav | ≥ 50 ng/µL 10 µg/plūsmas šūna/paraugs
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Bibliotēkas sagatavošana bez PCR: Koncentrācija ≥ 40 ng/µL Daudzums≥ 500 ng | |||||
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Datu piegāde
Ietver šādu analīzi:
- Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
- Statistika par saskaņošanu ar atsauces genomu
- Variantu identifikācija: SNP, InDel, SV un CNV
- Variantu funkcionālā anotācija
Statistika par pielīdzināšanu atsauces genomam – sekvencēšanas dziļuma sadalījums
SNP izsaukšana starp vairākiem paraugiem
InDel identifikācija – InDel garuma statistika CDS reģionā un genoma mēroga reģionā
Variantu sadalījums pa genomu – Circos grafiks
Gēnu funkcionālā anotācija ar identificētiem variantiem – Gēnu ontoloģija
Chai, Q. et al. (2023) “Glutationa S-transferāze GhTT19 nosaka ziedu ziedlapu pigmentāciju, regulējot antocianīna uzkrāšanos kokvilnā”, Plant Biotechnology Journal, 21(2), 1. lpp. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) “Hromosomu līmeņa savvaļas Hevea brasiliensis genoms nodrošina jaunus rīkus genoma atbalstītai audzēšanai un vērtīgus lokusus, lai palielinātu gumijas ražu”, Plant Biotechnology Journal, 21(5), 1058.–1072. lpp. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) “Estuāra austeres genoms sniedz ieskatu klimata ietekmē un adaptīvajā plastiskumā”, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), 1.–12. lpp. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) “Ķīnas vietējo cāļu genoma un metilācijas izmaiņu analīze laika gaitā sniedz ieskatu sugu saglabāšanā”, Communications Biology, 5(1), 1.–12. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
