Pacbio pilna garuma transkripts

PacBio pilna garuma transkripta sekvencēšana, Isoseq, ļauj precīzi identificēt transkripta izoformas, izgaismojot alternatīvu poliadenilāciju un splicēšanu, kā arī nodrošina precīzāku gēnu ekspresijas analīzi. BMKCloud PacBio pilna garuma transkripta cauruļvads ir paredzēts, lai analizētu cDNS bibliotēkas, kas sekvencētas Circular Consensus Sequencing (CCS) režīmā, un identificē pilna garuma nehimēriskās (FLNC) sekvences, kuras pēc tam tiek sagrupētas neliekos transkriptos. Turpmākajā BUSCO analīzē tiek novērtēts transkripta komplekta pilnīgums. No samontētā transkripta tiek veiktas vairākas analīzes: alternatīva savienošana, vienkārša secības atkārtošana (SSR), lncRNS un atbilstošo mērķa gēnu prognozēšana, jaunu gēnu prognozēšana, gēnu ģimenes analīze, transkripcijas faktoru analīze un transkriptu funkcionālā anotācija.