PacBio 2+3 pilna garuma mRNS šķīdums
Funkcijas
● Pētījuma dizains:
Apvienots paraugs, kas sekvencēts ar PacBio, lai identificētu transkripta izoformas
Atsevišķi paraugi (atkārtojumi un pārbaudāmie apstākļi), kas sakārtoti arNGS, lai kvantitatīvi noteiktu transkripta izteiksmi
● PacBio sekvencēšana CCS režīmā, ģenerējot HiFi nolasījumus
● Pilna garuma atšifrējumu secība
● Analīzei nav nepieciešams atsauces genoms; tomēr to var izmantot
● Bioinformātiskā analīze ietver ne tikai ekspresiju gēnu un izoformu līmenī, bet arī lncRNS, gēnu saplūšanas, poliadenilācijas un gēnu struktūras analīzi.
Priekšrocības
● Augsta precizitāte: HiFi nolasa ar precizitāti >99,9% (Q30), salīdzināms ar NGS
● Alternatīvā savienojuma analīze: visu transkriptu sekvencēšana ļauj identificēt un raksturot izoformu.
● PacBio un NGS spēku kombinācija: ļauj kvantitatīvi noteikt ekspresiju izoformu līmenī, atklājot izmaiņas, kas var tikt maskētas, analizējot visu gēna ekspresiju
● Plašas zināšanas: ar vairāk nekā 1100 PacBio pilna garuma transkriptu projektu pabeigšanu un vairāk nekā 2300 paraugu apstrādi, mūsu komanda sniedz bagātīgu pieredzi katrā projektā.
● Pēcpārdošanas atbalsts: mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Prasību paraugs un piegāde
| Bibliotēka | Sekvences stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| PolyA bagātināta mRNS CCS bibliotēka | PacBio turpinājums II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A bagātināts | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotīdi
|
| Konc. (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Integritāte |
| Illumina bibliotēka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. | Augiem: RIN≥4,0; Dzīvniekiem: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma |
| PacBio bibliotēka | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. | Augi: RIN≥7,5 Dzīvnieki: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma |
Ieteicamā paraugu piegāde
Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus:Paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2. RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Ietver šādu analīzi:
Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
Alternatīvā poliadenilācijas analīze (APA)
Fusion transkripta analīze
Alternatīvā savienojuma analīze
Universālo viena eksemplāra ortologu (BUSCO) salīdzinošā analīze
Jauna transkripta analīze: kodēšanas secību (CDS) prognozēšana un funkcionālā anotācija
lncRNS analīze: lncRNS un mērķu prognozēšana
Mikrosatelītu identifikācija (SSR)
Diferenciāli izteiktu transkriptu (DET) analīze
Diferenciāli ekspresētu gēnu (DEG) analīze
DEG un DET funkcionālā anotācija
BUSCO analīze
Alternatīvā savienojuma analīze
Alternatīvā poliadenilācijas analīze (APA)
Diferencēti izteikti gēni (DEG) un transkripti (DET9 analīze).
DET un DEG proteīna-olbaltumvielu mijiedarbības tīkli
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene PacBio 2+3 pilna garuma mRNS sekvencēšana, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Chao, Q. et al. (2019) “Populus stumbra transkripta attīstības dinamika”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206.–219. lpp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) “Askorbīnskābes satura dinamiskās izmaiņas augļa attīstības un Actinidia latifolia (ar askorbātu bagāta augļu kultūra) un saistīto molekulāro mehānismu nogatavošanās laikā”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), lpp. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) “Efektīva biosintēzes ceļa gēnu prognozēšana, kas iesaistīti bioaktīvos polifilīnus in Paris polyphylla”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1.–10. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) “Tuta absoluta (Meyrick) transkripta un citohroma P450 gēnu kombinētā PacBio Iso-Seq un Illumina RNA-Seq analīze”, Insects, 14(4), 1. lpp. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vangs, Lidžuns un citi. (2019) “Transkriptu sarežģītības apsekojums, izmantojot PacBio vienas molekulas reāllaika analīzi apvienojumā ar Illumina RNS sekvencēšanu, lai labāk izprastu ricinoleīnskābes biosintēzi Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), 1.–17. lpp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
