MRNS sekvencēšana-NGS, kas nav atsauce
Funkcijas
● Poli mRNS uztveršana pirms bibliotēkas sagatavošanas
● Neatkarīgi no jebkura atsauces genoma: pamatojoties uz DE novo stenogrammu montāžu, ģenerējot vienību sarakstu, kas anotēti ar vairākām datu bāzēm (NR, Šveices-prot.
● Visaptveroša gēnu ekspresijas un stenogrammas struktūras bioinformātiskā analīze
Pakalpojumu priekšrocības
●Plaša kompetence: Tā kā BMKGENE tiek apstrādāta vairāk nekā 600 000 paraugu, kas aptver dažādus paraugu veidus, piemēram, šūnu kultūras, audus un ķermeņa šķidrumus, mūsu komanda katram projektam sniedz daudz pieredzes. Mēs esam veiksmīgi slēguši vairāk nekā 100 000 mRNS-seq projektus dažādās pētniecības jomās.
●Stingra kvalitātes kontrole: Mēs ieviešam galvenos vadības punktus visos posmos, sākot no parauga un bibliotēkas sagatavošanas līdz secībai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina pastāvīgi augstas kvalitātes rezultātu piegādi.
● Visaptveroša anotācija: Mēs izmantojam vairākas datu bāzes, lai funkcionāli anotētu diferenciāli izteiktos gēnus (DEG) un veiktu atbilstošo bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu par šūnu un molekulārajiem procesiem, kas ir transkripta reakcijas pamatā.
●Pēcpārdošanas atbalsts: Mūsu apņemšanās pārsniedz projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas dienesta periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projektu turpinājumu, palīdzības novēršanu un Q&A sesijas, lai risinātu visus rezultātus saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| Poli A bagātināts | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Konc. (Ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godīgums |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Ierobežots vai bez olbaltumvielu vai DNS piesārņojuma, kas parādīts uz gēla. | Augiem: rin ≥4,0; Dzīvniekiem: Rin ≥4,5; 5,0 ≥28s/18S≥1,0; ierobežots vai nav sākotnējais augstums |
● Augi:
Sakne, kāts vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 300 mg
Iekšējo orgeru vai smadzenes: 240 mg
Muskulis: 450 mg
Kauli, mati vai āda: 1g
● Piesaista:
Kukaiņi: 6g
Crustacea: 300 mg
● pilnas asinis: 1 caurule
● šūnas: 106 šūnās
Ieteicamā parauga piegāde
Konteiners: 2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicams alvas folija)
Parauga marķēšana: grupa+replicate, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: Paraugi jāiesaiņo maisos un jāapglabā sausā ledus.
2. RNASTABLE CEĻAS: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas caurulē (piemēram, RNastable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Servisa darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
Transkripta montāža un unigēna atlase
Unigēna anotācija
Parauga korelācija un bioloģisko atkārtojumu novērtēšana
Diferencēti izteikti gēni (DEG)
DEG funkcionālā anotācija
DEG funkcionālā bagātināšana
Izpētiet sasniegumus, ko atvieglo Bmkgene eikariotu NGS mRNS sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot izstrādātu publikāciju kolekciju.
Shen, F. et al. (2020) “De novo transkripta montāža un seksa neobjektīva gēna ekspresija Amur sams (Silurus asotus) dzimumdziedzeros”, Genomics, 112 (3), 2603.-2614. Lpp. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) “Saharozes metabolisma transkripta analīze sīpolu pietūkuma un attīstības laikā sīpolos (Allium Cepa L.)”, Robežas augu zinātnē, 7 (septembris), 1. lpp. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) “De novo montāža, raksturojums un anotācija Sarcocheilichthys sinensis”, plos One, 12 (2). doi: 10.1371/Journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) “De novo transkripta analīze sniedz ieskatu Podocarpus Macrophyllus sāls tolerancē zem sāļuma stresa”, BMC augu bioloģija, 21 (1), 1. - 17. Lpp. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/skaitļi/9.
