mRNS-seq (NGS) ar atsauces genomu

mRNS-seq (NGS) ar atsauces genomu

RNS-seq ir standarta rīks visā dzīves un kultūraugu zinātnēs, pārvarot plaisu starp genomiem un proteomiem. Tās stiprums ir jaunu atšifrējumu atklāšana un to izpausmes noteikšana vienā testā. To plaši izmanto salīdzinošajiem transkriptiskajiem pētījumiem, atklājot gēnus, kas saistīti ar dažādām pazīmēm vai fenotipiem, piemēram, salīdzinot mutantus ar savvaļas tipiem vai atklājot gēnu ekspresiju īpašos apstākļos. BMKCloud mRNS (atsauces) lietotne integrē ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu, diferenciālās ekspresijas analīzi (DEG) un secības struktūras analīzi mRNS-seq (NGS) bioinformātikas cauruļvadā un apvieno līdzīgas programmatūras stiprās puses, nodrošinot ērtības un lietotāju draudzīgumu. Lietotāji var augšupielādēt savus RNS-seq datus mākonī, kur lietotne piedāvā visaptverošu, vienas pieturas bioinformātiskās analīzes risinājumu. Turklāt tas prioritizē klientu pieredzi, piedāvājot personalizētas operācijas, kas pielāgotas lietotāju īpašajām vajadzībām. Lietotāji var iestatīt parametrus un paši par sevi iesniegt cauruļvada misiju, pārbaudīt interaktīvo pārskatu, skatīt datus/diagrammas un pilnīgu datu ieguvi, piemēram: mērķa gēna izvēle, funkcionālā klasterizācija, diagramma utt.

Demonstrācijas rezultāti

Datu ieguve

Importa prasība

Galvenā analīze

Atsauce

Demonstrācijas rezultāti

Datu ieguve

Importa prasība

Platforma:Illumina, MGI
Stratēģija:RNS-seq
Izkārtojums: Parēti, tīri dati.
Bibliotēkas tips:Fr-andstranded, FR-FirstStrand vai FR-Secondstrand
Lasīšanas garums:150 bp
Faila tips:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz vai *.fq.gz. Sistēma būsautomātiski savienojiet .fastq failus pēc to failu nosaukumiem,Piemēram, *_1.fastq pārī ar *._ 2.fastq.
Paraugu skaits:Skaitlim nav ierobežojumuparaugu, bet analīzes laiks palielināsies kā skaituParaugi aug.
Ieteicamā datu summa:6g par paraugu

Galvenā analīze

MRNS-seq (atsauces) galvenie analīzes un bioinformātiskie rīki (atsauce)Cauruļvads ir šāds:

1. RAWDATA kvalitātes kontrole:

• Zemas kvalitātes secību, adaptera secību noņemšana,utt;

• Rīki: iekšēji izstrādāts cauruļvads;

2. Datu saskaņošana ar atsauces genomu:

• Radījumu izlīdzināšana ar savienojumu apzinīgu algoritmu pretAtsauces genoms.

• Rīki:Hisat2, Samtools

3. Bibliotēkas kvalitātes analīze:

• Ievietojiet garuma analīzi, piesātinājuma analīzi par secību utt.;

• Rīki:Samtools;

4. Secības struktūras analīze:

• Alternatīva splicēšanas analīze, gēnu struktūras optimizācija,Jauna gēnu prognoze utt.;

• Rīki:Stīgu, gffcompare, GatksVerdzībaDimants, Starpproscance, unHmmers.

5. Diferenciālās izteiksmes analīze:

• DEG skrīnings, sadarbības analīze, funkcionālābagātināšana;

•Dažādi vizualizācijas rezultāti;

•RarSegaq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Atsauce

1. Kim, Daehwan et al. “Uz grafiku balstīta genoma izlīdzināšana ungenotipēšana ar Hisat2 un Hisat-genotipu. ”RakstursBiotehnoloģija37 (2019): 907 - 915.

2. Makkenna, Ārons et al. “Genoma analīzes instrumentu komplekts: aMapReduce ietvars nākamās paaudzes DNS analīzeiDatu secība. ”Genoma izpēte20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. “Secību izlīdzināšanas/kartes formāts unSamtools. ”Bioinformātika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. “Stringtie ļauj uzlabotREDS RNS-seq transkripta rekonstrukcija. ”RakstursBiotehnoloģija33 (2015): 290-295.

5. Mīlestība, Maikls I. et al. “Moderēts krokas izmaiņu unDispersija RNS-seq datiem ar deseq2. ”GenomsBioloģija15 (2014): n. Pag.

6. Edijs, Šons R .. “Paātrināts profils Hmm meklējumi.”Plosa Skaitļošanas bioloģija7 (2011): n. Pag.

mRNS-seq (NGS) ar atsauces genomu

mRNS-seq (NGS) ar atsauces genomu

Iegūstiet cenu

Nosūtiet mums savu ziņojumu: