Genoms
Hromosomu mēroga montāža un biomasas kultūras Miscanthus lutarioriparius genoma analīze
Nanoporu secība | Illumina | Hi-c | RNS sekvencēšana | Filoģenēze
Šajā pētījumā Biomarker Technologies sniedza tehnisku atbalstu nanoporu sekvencēšanai, de novo genoma montāžai, HI-C atbalstītajai montāžai utt.
Abstrakts
Miscanthus, Rhizomatous daudzgadīgam augam ir liels bioenerģijas ražošanas potenciāls tā augstajai biomasai un stresa tolerancei. Mēs ziņojam par hromosomu mēroga montāžuMiscanthus lutarioripariusGenoms, apvienojot Oksfordas nanoporu sekvencēšanu un HI-C tehnoloģijas. 2,07 GB mezgls aptver 96,64% no genoma, ar Contig N50 1,71 MB. Centromere un telomēru sekvences ir saliktas attiecīgi visām 19 hromosomām un 10. hromosomai. M. lutarioriparius Allotetraploid izcelsme tiek apstiprināta, izmantojot centromēru satelīta atkārtojumus. Tiek skaidri parādīti tetraploīdā genoma struktūra un vairāki hromosomu pārkārtojumi attiecībā pret sorgo. Tandēma dublikātiM. Lutarioripariusir funkcionāli bagātināti ne tikai ar stresa reakciju, bet arī šūnu sienas biosintēzi. Gēnu ģimenes, kas saistītas ar izturību pret slimībām, šūnu sienas biosintēzi un metāla jonu transportu, ir ievērojami paplašinātas un attīstītas. Šo ģimeņu paplašināšana var būt svarīgs genomisks pamats ievērojamu iezīmju uzlabošanaiM. Lutarioriparius.
Galvenā genoma montāžas statistika
Skaitlis. Pārskats par M. lutarioriparius genoma montāžu
Ziņas un galvenie punkti Mērķis dalīties ar jaunākajiem veiksmīgajiem gadījumiem ar biomarķieru tehnoloģijām, uztverot jaunus zinātniskus sasniegumus, kā arī ievērojamas metodes, kas tika izmantotas pētījuma laikā.
Pasta laiks: janvāris-05-222