Nanopore Pilna garuma transkripts

Nanoporu transkripta sekvencēšana ir spēcīga metode pilna garuma cDNS sekvencēšanai, precīzi identificējot un kvantitatīvi nosakot transkripta izoformas. BMKCloud Nanopore pilna garuma transkripta cauruļvads ir paredzēts, lai analizētu RNA-Seq datus, kas ģenerēti Nanopore platformā, salīdzinot ar augstas kvalitātes labi anotētu atsauces genomu, nodrošinot kvalitatīvu un kvantitatīvu analīzi gan gēnu, gan transkripta līmenī. Pēc kvalitātes kontroles tiek iegūtas pilna garuma nehimēriskas (FLNC) sekvences un konsensa sekvences tiek kartētas uz atsauces genomu, lai noņemtu liekos transkriptus. No šīs transkriptu kopas ekspresija tiek kvantitatīvi noteikta un diferencēti izteikti gēni un transkripti tiek identificēti un funkcionāli anotēti. Cauruļvads ietver arī alternatīvās poliadenilācijas (APA) analīzi, alternatīvās splicēšanas analīzi, vienkāršas secības atkārtošanas (SSR) analīzi, lncRNS un atbilstošo mērķu prognozēšanu, kodēšanas secību (CDS), gēnu saimes analīzi, transkripcijas faktoru analīzi, jaunu gēnu prognozēšanu. un stenogrammu funkcionālās anotācijas.