mRNS-seq (NGS) — de novo
mRNS sekvencēšana ļauj profilēt visus mRNS transkriptus šūnās īpašos apstākļos, un tā ir plaši izmantota tehnoloģija dažādās pētniecības jomās. BMKCloud De novo mRNA-seq cauruļvads ir paredzēts, lai analizētu ar poli-A bagātinātas sekvencēšanas bibliotēkas, ja nav pieejams atsauces genoms. Cauruļvads sākas ar kvalitātes kontroli, kam sekode novostenogrammu montāža un unigene komplektu izvēle. Unigēnās struktūras analīze paredz kodēšanas secību (CDS) un vienkāršus secību atkārtojumus (SSR). Pēc tam diferenciālās ekspresijas analīzē starp pārbaudītajiem apstākļiem tiek atrasti atšķirīgi izteikti gēni (DEG), kam seko funkcionāla anotācija un DEG bagātināšana, lai iegūtu bioloģisku ieskatu.
Bioinformātika
