Metatranscriptome sekvencēšana
Apkalpošanas funkcijas
● RRNS samazināšanās, kam seko virziena mRNS bibliotēkas sagatavošana.
● Illumina novaseq sekvencēšana.
Pakalpojumu priekšrocības
●Izpētiet sarežģītu mikrobu kopienu izmaiņas:Tas notiek transkripcijas līmenī un izpētiet potenciālos jaunos gēnus.
●Izskaidrojot mikrobu kopienas mijiedarbību ar saimnieku vai vidi.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze: Tas sniedz ieskatu par kopienas taksonomisko un funkcionālo kompozīciju, kā arī diferenciālo gēnu ekspresijas analīzi.
●Plaša gēnu anotācija:Mikrobu kopienu informatīvās gēnu ekspresijas informācijas informatīva informācija par gēnu funkciju datu bāzēm.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās pārsniedz projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas dienesta periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projektu turpinājumu, palīdzības novēršanu un Q&A sesijas, lai risinātu visus rezultātus saistītos jautājumus.
Pakalpojumu specifikācijas
| Sekvencēšanas platforma | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| Illumina Novaseq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µl) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µL) | OD260/280 | OD260/230 | Rin |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5. | ≥6,5 |
Servisa darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Datu kvalitātes kontroles secība
● stenogrammas montāža
● Taksonomiskā anotācija un pārpilnība
● Funkcionālā anotācija un pārpilnība
● izteiksmes kvantitatīvā noteikšana un diferenciālā analīze
Katra parauga taksonomiskais sadalījums:
Beta daudzveidības analīze: UPGMA
Funkcionālā anotācija - iet daudz
Diferenciālā taksonomijas pārpilnība - Lefse
Izpētiet sasniegumus, ko atvieglo BMKGENE meta transkriptikas secības pakalpojumi, izmantojot izstrādātu publikāciju kolekciju.
Lu, Z. et al. (2023) “Laktātu izmantojošo baktēriju skābes tolerance, ko baktēroīdi veicina baktēroīdu baktērijas, kas veicina ruminālās acidozes profilaksi kazās, kas pielāgotas diētas ar augstu koncentrātu”, "Dzīvnieku uzturs, 14, 130. - 140. Lpp. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Dziesma, Z. et al. (2017) “Atklājot galveno funkcionālo mikrobiotu tradicionālajā cietvielu fermentācijā ar augstas caurlaides spējas amplikoniem un metatranscriptomics sekvencēšanu”,Robežas mikrobioloģijā, 8 (jūlijs). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/pilns.
Wang, W. et al. (2022) “Jaunie mikrovīrusi, kas atklāti no fitopatogēnās alternārijas sēnītes Metatranscriptics apsekojuma”,Vīrusi, 14 (11), lpp. 2552. Doi: 10.3390/v14112552/s1.
Wei, J. et al. (2022) “Paralēlā metatranscriptome analīze atklāj augu sekundāro metabolītu sadalīšanos ar vabolēm un to zarnu simbiontiem”,Molekulārs Ekoloģija, 31 (15), 3999–4016 lpp. doi: 10.1111/mec.16557.
