Metagenomika (NGS)

Shotgun metagenomika ar Illumina ir populārs rīks mikrobiomu izpētei, tieši secinot DNS no sarežģītiem paraugiem, ļaujot pētīt gan taksonomisko, gan funkcionālo daudzveidību. BMKCloud metagenomiskā (NGS) konveijera darbība sākas ar kvalitātes kontroli un metagenomu montāžu, no kuras tiek prognozēti gēni un sagrupēti nedublīgās datu kopās, kurām ir anotētas funkcijas un taksonomija, izmantojot vairākas datu bāzes. Šī informācija tiek izmantota, lai analizētu taksonomisko daudzveidību paraugā (alfa daudzveidība) un starp paraugu dažādību (beta daudzveidība). Diferenciālā analīze starp grupām atklāj OTU un bioloģiskās funkcijas, kas atšķiras starp abām grupām, izmantojot gan parametriskos, gan neparametriskos testus, savukārt korelācijas analīze šīs atšķirības saista ar vides faktoriem.