HI-C balstīta genoma montāža
HI-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas iegūšanai, apvienojot zondēšanas mijiedarbību un augstas caurlaides secību. Tiek uzskatīts, ka šo mijiedarbības intensitāte ir negatīvi korelēta ar fizisko attālumu hromosomās. Tāpēc HI-C dati tiek izmantoti, lai vadītu salikto secību klasterizāciju, pasūtīšanu un orientāciju genomā un noenkurotu tos noteiktā skaitā hromosomu. Šī tehnoloģija pilnvaro hromosomu līmeņa genoma montāžu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes. Katram genomam ir nepieciešams hi-c.
Apkalpošanas funkcijas
● Illumina novaseq sekvencēšana ar PE150.
● Apkalpošanai nepieciešami audu paraugi, nevis ekstrahētas nukleīnskābes, lai savstarpēji savienotos ar formaldehīdu un saglabātu DNS-olbaltumvielu mijiedarbību.
● HI-C eksperiments ietver lipīgo galu ierobežošanu un gala labošanu ar biotīnu, kam seko iegūto neass galu cirkulācija, vienlaikus saglabājot mijiedarbību. Pēc tam DNS tiek novilkta ar streptavidīna lodītēm un attīrīta turpmākai bibliotēkas sagatavošanai.
Pakalpojumu priekšrocības
HI-C pārskats
(Lieberman-Aideden E et al.,Zinātne, 2009)
●Novērstiet nepieciešamību pēc ģenētisko populācijas datiem:Hi-C aizstāj būtisko informāciju, kas nepieciešama kondiciāla noenkurošanai.
●Augsts marķiera blīvums:novedot pie augsta konditorejas noenkurošanas koeficienta virs 90%.
●Plašas kompetences un publikāciju ieraksti:Bmkgene ir milzīga pieredze ar vairāk nekā 2000 HI-C genoma montāžas gadījumiem no 1000 dažādām sugām un dažādiem patentiem. Vairāk nekā 200 publicētiem gadījumiem ir akumulatīva ietekmes koeficients vairāk nekā 2000.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda:Ar iekšējiem patentiem un programmatūras autortiesībām HI-C eksperimentiem un datu analīzei pašattīstītā vizualizācijas datu programmatūra ļauj manuālu bloku pārvietošanu, apvēršanu, atsaukšanu un pārtaisīšanu.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās pārsniedz projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas dienesta periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projektu turpinājumu, palīdzības novēršanu un Q&A sesijas, lai risinātu visus rezultātus saistītos jautājumus.
●Visaptveroša anotācija: Mēs izmantojam vairākas datu bāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētām variācijām un veiktu atbilstošo bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu par vairākiem pētniecības projektiem.
Pakalpojumu specifikācijas
| Bibliotēkas sagatavošana | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| Hi-C bibliotēka | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Parauga prasības
| Audi | Nepieciešamā summa |
| Dzīvnieku iekšējie orgāni | ≥ 2 g |
| Dzīvnieku muskulis | |
| Zīdītāju asinis | ≥ 2 ml |
| Mājputnu/zivju asinis | |
| Augu- svaiga lapa | ≥ 3 g |
| Kultivētas šūnas | ≥ 1x107 |
| Kukainis | ≥ 2 g |
Servisa darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1) Neapstrādāti dati QC
2) HI-C bibliotēka QC: derīgas HI-C mijiedarbības novērtējums
3) Hi-C montāža: kontigu klasterizācija grupās, kam seko kontigas pasūtīšana katrā grupā un norādot kontinenta orientāciju
4) HI-C novērtējums
HI-C bibliotēka QC-HI-C derīgu mijiedarbības pāru novērtējums
Hi-C montāža-statistika
Pēc montāžas novērtēšana-signāla intensitātes siltuma karte starp tvertnēm
Izpētiet sasniegumus, ko veicina Bmkgene HI-C montāžas pakalpojumi, izmantojot kuratoru publikāciju kolekciju.
Tian, T. et al. (2023) “Genoma montāža un ievērojamas sausuma izturīgas kukurūzas germplasmas ģenētiskā sadalīšana”, dabas ģenētika 2023 55: 3, 55 (3), 496.-506. Lpp. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) “Āzijas medus bišu apisa Cerana genoma hromosomu mēroga montāža ģenētikā, 11, 1. lpp. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) “Tropāna alkaloīdu biosintēzes evolūcija, analizējot divus genomus Solanaceae ģimenē”, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), 1. - 18. Lpp. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) “Banyan koka un apputeksnētāja lapsenes genomi sniedz ieskatu fig-wasp coevolution”, šūna, 183 (4), 875.-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
