Hi-C balstīta hromatīna mijiedarbība
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana Illumina NovaSeq ar PE150.
● Apkalpošanai ir nepieciešams, lai audu paraugi, nevis ekstrahētas nukleīnskābes, tiktu savienoti ar formaldehīdu un saglabātu DNS un proteīna mijiedarbību.
● Hi-C eksperiments ietver lipīgo galu ierobežošanu un beigu labošanu ar biotīnu, kam seko iegūto neaso galu cirkularizācija, vienlaikus saglabājot mijiedarbību. Pēc tam DNS tiek novilkta ar streptavidīna lodītēm un attīrīta turpmākai bibliotēkas sagatavošanai.
Pakalpojuma priekšrocības
●Optimāls ierobežojošo enzīmu dizains: lai nodrošinātu augstu Hi-C efektivitāti dažādām sugām ar līdz pat 93% derīgiem mijiedarbības pāriem.
●Plaša pieredze un publikāciju ieraksti:BMKGene ir liela pieredze ar >2000 Hi-C sekvencēšanas projektiem no 800 dažādām sugām un dažādiem patentiem. Vairāk nekā 100 publicētu gadījumu, kuru kumulatīvā ietekmes koeficients pārsniedz 900.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda:ar iekšējiem patentiem un programmatūras autortiesībām Hi-C eksperimentiem un datu analīzei, kā arī pašu izstrādātu vizualizācijas datu programmatūru.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
●Visaptveroša anotācija: mēs izmantojam vairākas datu bāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētām variācijām un veiktu atbilstošo bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu vairākos pētniecības projektos.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvences stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Hi-C signāla izšķirtspēja |
| Hi-C bibliotēka | Illumina PE150 | Hromatīna cilpa: 150x TAD: 50x | Hromatīna cilpa: 10Kb TAD: 40Kb |
Servisa prasības
| Parauga veids | Nepieciešamā summa |
| Dzīvnieku audi | ≥ 2g |
| Veselas asinis | ≥ 2 ml |
| Sēnītes | ≥1g |
| Augs- jauni audi | 1g/alikvotā daļa, ieteicamas 2-4 alikvotas |
| Kultivētas šūnas | ≥1x107 |
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu QC;
● Kartēšana un Hi-C bibliotēkas QC: derīgi mijiedarbības pāri un mijiedarbības samazināšanās eksponenti (IDE);
● Genoma mēroga mijiedarbības profilēšana: cis/trans analīze un Hi-C mijiedarbības karte;
● A/B nodalījumu sadalījuma analīze;
● TAD un hromatīna cilpu identificēšana;
● 3D hromatīna struktūras elementu diferenciālā analīze starp paraugiem un atbilstošā saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
Cis un trans proporciju sadalījums
Hromosomu mijiedarbības starp paraugiem siltuma karte
A/B nodalījumu sadalījums visā genomā
Hromatīna cilpu izplatība visā genomā
TAD vizualizācija
Izpētiet pētniecības sasniegumus, ko veicina BMKGene Hi-C sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Meng, T. et al. (2021) “Salīdzinošā integrētā multi-omikas analīze identificē CA2 kā jaunu hordomas mērķi”,Neiro-onkoloģija, 23(10), 1709.–1722. lpp. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "3D dezorganizācija un genoma pārkārtošana sniedz ieskatu NAFLD patoģenēzē, izmantojot integrētu Hi-C, Nanopore un RNS sekvencēšanu".Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150.–3164. lpp. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
