Genoma mēroga asociācijas analīze
Darbplūsma
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredze un publikāciju ieraksti: ar uzkrāto pieredzi GWAS, BMKGene ir pabeidzis simtiem sugu projektu populācijas GWAS izpētē, palīdzējis pētniekiem publicēt vairāk nekā 100 rakstus, un kumulatīvā ietekmes faktors sasniedza 500.
● Visaptveroša bioinformātikas analīze: darbplūsma ietver SNP iezīmju asociācijas analīzi, nodrošinot kandidātu gēnu kopu un to atbilstošo funkcionālo anotāciju.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īss analīzes cikls: ar lielu pieredzi progresīvā genomikas analīzē, BMKGene komanda nodrošina visaptverošas analīzes ar ātru izpildes laiku.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Pakalpojuma specifikācijas un prasības
| Secības veids | Ieteicamais iedzīvotāju mērogs | Sekvences stratēģija | Nukleotīdu prasības |
| Visa genoma sekvencēšana | 200 paraugi | 10x | Koncentrācija: ≥ 1 ng/µL Kopējais daudzums≥ 30ng Ierobežota degradācija vai piesārņojums vai nav |
| Specifiskā lokusa pastiprinātais fragments (SLAF) | Birkas dziļums: 10x Atzīmju skaits: < 400 Mb: ieteicams WGS < 1 Gb: 100 000 atzīmju 1Gb > 2 Gb: 300 000 atzīmju Maksimāli 500 000 atzīmju | Koncentrācija ≥ 5 ng/µL Kopējais daudzums ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozes želeja: nav vai ir ierobežota sadalīšanās vai piesārņojums
|
Materiālu izvēle
Dažādas šķirnes, pasugas, zemes rases/gēnu bankas/jauktas ģimenes/savvaļas resursi
Dažādas šķirnes, pasugas, zemes rases
Pusmāšu ģimene/pilna brāļa ģimene/savvaļas resursi
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
- Genoma mēroga asociācijas analīze: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM modelis
- Kandidātu gēnu funkcionālā anotācija
SNP iezīmju asociācijas analīze - Manhetenas grafiks
SNP iezīmju asociācijas analīze – QQ diagramma
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene de GWAS pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju:
Lv, L. u.c. (2023) “Ieskats amonjaka tolerances ģenētiskajā pamatā žiletei Sinonovacula constricta, izmantojot genoma mēroga asociācijas pētījumu”,Akvakultūra, 569. lpp. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022. gads) "398 lapsastes prosa pievienošanās multi-omikas analīzes atklāj genoma reģionus, kas saistīti ar pieradināšanu, metabolītu iezīmēm un pretiekaisuma iedarbību".Molekulārais augs, 15(8), 1367.–1383. lpp. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Genoma mēroga asociācijas kartēšana bez korpusa tikko fenotipiem sausuma vidē",Augu zinātnes robežas, 13, lpp. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) “GmST1, kas kodē sulfotransferāzi, nodrošina rezistenci pret sojas pupu mozaīkas vīrusa celmiem G2 un G3”,Augi, šūnas un vide, 44(8), 2777.–2792. lpp. doi: 10.1111/PCE.14066.
