De novo sēnīšu genoma montāža
BMKGENE piedāvā daudzpusīgus risinājumus sēnīšu genomiem, apmierinot dažādas pētniecības vajadzības un vēlamo genoma pilnīgumu. Īsi nolasāmas Illumina sekvencēšanas izmantošana vien ļauj ģenerēt genoma melnrakstu. Īsas lasīšanas un ilgstošas secības noteikšana, izmantojot Nanopore vai Pacbio, tiek apvienota, lai iegūtu izsmalcinātāku sēnīšu genomu ar garākiem kontigiem. Turklāt Hi-C sekvencēšanas integrēšana vēl vairāk uzlabo iespējas, ļaujot sasniegt pilnīgu hromosomu līmeņa genomu.
Pakalpojuma funkcijas
Atkarībā no vēlamās genoma pilnības pakāpes ir trīs iespējamās izvēles iespējas:
● Melnraksta genoma opcija: īsas nolasīšanas secība ar Illumina NovaSeq PE150.
● Fungal Fine Genome Option:
Genoma apsekojums: Illumina NovaSeq PE150.
Genoma montāža: PacBio Revio (HiFi nolasīšana) vai Nanopore PromethION 48.
● Hromosomu līmeņa sēnīšu genoms:
Genoma apsekojums: Illumina NovaSeq PE150.
Genoma montāža: PacBio Revio (HiFi nolasīšana) vai Nanopore PromethION 48.
Contig enkurošana ar Hi-C montāžu.
Pakalpojuma priekšrocības
●Ir pieejamas vairākas secības noteikšanas stratēģijas: dažādiem pētniecības mērķiem un genoma pilnības prasībām
●Pilnīga bioinformātikas darbplūsma:Tas ietver genoma montāžu un vairāku genoma elementu prognozēšanu, funkcionālo gēnu anotāciju un kontig noenkurošanu.
●Plaša ekspertīze: Samontējot vairāk nekā 12 000 mikrobu genomu, mēs piedāvājam vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīžu komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Pakalpojuma specifikācijas
| Serviss | Sekvences stratēģija | Kvalitātes kontrole |
| Genoma melnraksts | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Labs Genoms | Genoma aptauja: Illumina PE150 50 x Montāža: PacBio HiFi 30x vai Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥ 2Mb (ONT vienšūnu) contig N50 ≥500 kb (citi) |
| Hromosomu līmeņa genoms | Genoma aptauja: Illumina PE150 50 x Montāža: PacBio HiFi 30x vai Nanopore 100x Hi-C montāža 100x | Contig enkurojuma attiecība > 90%
|
Servisa prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Vienšūnu sēne: ≥3,5x1010 šūnas
Makrosēne: ≥10 g
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
Genoma aptauja:
- Secības datu kvalitātes kontrole
- Genoma novērtējums: lielums, heterozigotitāte, atkārtoti elementi
Smalks genoma komplekts:
- Secības datu kvalitātes kontrole
- De novoMontāža
- Genoma komponentu analīze: CDS un vairāku genoma elementu prognozēšana
- Funkcionāla anotācija ar vairākām vispārīgām datu bāzēm (GO, KEGG utt.) un uzlabotām datu bāzēm (CARD, VFDB utt.)
Hi-C montāža:
- Hi-C bibliotēkas novērtējums.
- Kontigu enkurošanas klasterizācija, pasūtīšana un orientēšana
- HI-C montāžas novērtējums: pamatojoties uz atsauces genomu un siltuma karti
Genoma aptauja: k-mer izplatība
Genoma montāža: gēnu homologā anotācija (NR datu bāze)
Genoma montāža: funkcionālā gēnu anotācija (GO)
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene sēnīšu genoma montāžas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Hao, J. et al. (2023) "Integrēta ārstnieciskās sēnes Inonotus obliquus omiskā profilēšana iegremdētos apstākļos",BMC Genomika, 24(1), 1.–12.lpp. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) "Genoma sekvencēšana atklāj kviešu asu acu plankumu patogēna Rhizoctonia cerealis attīstību un patogēnos mehānismus",Augkopības žurnāls, 11(2), 405.–416. lpp. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Džans, H. et al. (2023) "Genoma resursi četrām Clarireedia sugām, kas izraisa dolāra plankumus uz daudzveidīgām zālieniem",Augu slimība, 107(3), 929.–934. lpp. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Džans, SS et al. (2023) "Ģenētiski un molekulāri pierādījumi par tetrapolāru pārošanās sistēmu ēdamajā sēnē Grifola frondosa",Sēņu žurnāls, 9(10), 1. lpp. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
