Eikariotu mRNS analīze (pieejamas uz atsauci balstītas un de novo opcijas)
Šajā cauruļvadā kā ievadi tiek izmantoti NGS RNS-seq dati un tiek iegūti rezultāti no vairākām pakārtotajām analīzēm, ieskaitot, bet ne tikai: datu kvalitātes novērtēšanas secību,de novoTranskripcijas vietas anotācija, mainīga splicēšanas analīze, diferenciālās ekspresijas analīze, funkciju anotācija un bagātināšanas analīze.
Ilga nekodējoša RNS analīze
Garas nekodējošas RNS (lncRNS) ir nekodējoši transkripti ar garumu, kas ir garāks par 200 NT, un, kā zināms, tiem ir loma hromatīna organizācijā un regulēšanā. Augstas caurlaides spējas sekvencēšanas tehnoloģijas un bioinformātiskās ir ļāvušas mūsu izpratnei par lncRNS sekvencēm un pozicionēšanas informāciju, lai identificētu lncRNS ar izšķirošām regulatīvajām funkcijām. Šis cauruļvads nodrošina lncRNS analīzi papildus analīzēm, kas minētas eikariotu mRNS analīzes cauruļvadā.
16S/18S/tā amplikona sekvencēšana
Amplikonu sekvencēšanas mikrobu daudzveidības analīzes cauruļvads tika izstrādāts, pamatojoties uz gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projekta analīzē. Cauruļvads satur standartizētu pamata analīzi, kas aptver pašreizējo mikrobu pētījumu vispārējo analīzes saturu un personalizēto analīzi. Analīzes ziņojums ir bagāts un visaptverošs, ar iespēju veikt daudzveidīgu personīgo analīzi. Turklāt paraugus un grupas var modificēt lidojumā papildu pielāgošanai un kontrolei.
Bise metagenomikas analīze
Bise metagenomiskās analīzes cauruļvadā tiek izmantoti NGS dati no jauktiem genomiskiem materiāliem, kas iegūti no vides paraugiem. Iekļautās analīzes sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīkliem ar vides faktoriem.
NGS-WGS varianta analīze
NGS-WGS varianta analīze ir integrēts variantu noteikšanas cauruļvads, kas veic datu kvalitātes kontroli, secību izlīdzināšanu, anotāciju un gēnu mutāciju analīzi. Cauruļvads seko GATK paraugpraksei SNP un Indel noteikšanai un izmanto mantu strukturālo variantu izsaukšanai.
Genoma plaša asociācijas pētījums (GWAS)
GWAS cauruļvads ir pakārtota analīze, kurā tiek ņemti iepriekš ģenerēti VCF faili un atbilstošie fenotipa dati indivīdu grupai kā ievadei. Izmantojot īpašas statistiskās metodoloģijas, GWAS mērķis ir atklāt genoma mēroga nukleotīdu variācijas, kas korelē ar fenotipiskajām atšķirībām. Tam ir izšķiroša loma funkcionālo gēnu, kas saistīti ar sarežģītām cilvēku slimībām, izpētē un sarežģītās pazīmes augos un dzīvniekos.
Lielapjoma segregācijas analīze (BSA)
BSA analīze ietver indivīdu apvienošanu ar ekstrēmām fenotipiskām īpašībām no segregējošas populācijas. Salīdzinot diferenciālos lokus starp apvienotajiem paraugiem, šī pieeja ātri identificē cieši saistītus molekulāros marķierus, kas saistīti ar mērķa gēniem. Plaši izmantots augu un dzīvnieku ģenētiskajā kartēšanā, tas ir vērtīgs rīks marķierim atbalstītai vaislai.
Evolūcijas ģenētikas analīze
Evolūcijas ģenētikas analīzes darbplūsma izmanto Bmkgene plašo pieredzi ģenētiskās evolūcijas projektos un ietver filoģenētisko koku veidošanu, saišu līdzsvara analīzi, ģenētiskās daudzveidības novērtējumu, selektīvu slaucīšanas identifikāciju, radniecības analīzi, galveno komponentu analīzi un populācijas struktūras raksturojumu.
