Evolūcijas ģenētika
Pakalpojumu priekšrocības
Takagi et al.,Augu žurnāls, 2013
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze:dodot iespēju novērtēt ģenētisko daudzveidību, kas atspoguļo sugu evolūcijas potenciālu un atklāj ticamu filoģenētisko saistību starp sugām ar samazinātu konverģenta evolūcijas un paralēlās evolūcijas ietekmi
●Izvēles pielāgota analīze: piemēram, atšķirības laika un ātruma novērtēšana, pamatojoties uz variācijām nukleotīdu un aminoskābju līmenī.
●Plašas kompetences un publikāciju ieraksti: BMKGENE vairāk nekā 15 gadus ir uzkrājusi milzīgu pieredzi populācijas un evolūcijas ģenētikas projektos, aptverot tūkstošiem sugu utt. Un veicinot vairāk nekā 1000 augsta līmeņa projektus, kas publicēti dabas sakaros, molekulāros augos, augu biotehnoloģijas žurnālā utt.
● Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īsa analīzes cikls: Ar lielu pieredzi progresīvās genomikas analīzē Bmkgene komanda sniedz visaptverošas analīzes ar ātru pavērsiena laiku.
● Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās pārsniedz projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas dienesta periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projektu turpinājumu, palīdzības novēršanu un Q&A sesijas, lai risinātu visus rezultātus saistītos jautājumus.
Pakalpojuma specifikācijas un prasības
| Sekvencēšanas veids | Ieteicamā populācijas skala | Sekvencēšanas stratēģija | Nukleotīdu prasības |
| Vesela genoma secība | ≥ 30 indivīdi ar ≥ 10 indivīdiem no katras apakšgrupas
| 10x | Koncentrācija: ≥ 1 ng/ µL Kopējā summa ≥ 30ng Ierobežota vai bez degradācijas vai piesārņojuma |
| Specifisks-lokusa pastiprināts fragments (SLAF) | Tagu dziļums: 10x Tagu skaits: <400 MB: ieteicams WGS <1GB: 100k tagi 1 GB > 2GB: 300K tagi Max 500K tagi | Koncentrācija ≥ 5 ng/µl Kopējais daudzums ≥ 80 ng NanoDrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarozes želeja: nav vai ierobežota degradācija vai piesārņojums
|
Servisa darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Pakalpojums ietver populācijas struktūras analīzi (filoģenētiskais koks, PCA, populācijas stratifikācijas diagramma), populācijas daudzveidība un populācijas izvēle (saišu līdzsvars, izdevīgu vietu selektīva slaucīšana). Pakalpojums var ietvert arī pielāgotu analīzi (piemēram, atšķirības laiks, gēnu plūsma).
*Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar BMKGENE
1.Evolūcijas analīze satur filoģenētiskā koka, populācijas struktūras un PCA uzbūvi, pamatojoties uz ģenētiskām variācijām.
Filoģenētiskais koks ir taksonomiskās un evolūcijas attiecības starp sugām ar kopīgu senču.
PCA mērķis ir vizualizēt tuvumu starp apakšpopulācijām.
Iedzīvotāju struktūra parāda ģenētiski atšķirīgas subpopulācijas klātbūtni alēļu frekvenču ziņā.
Chen, et. al.,PNAS, 2020. gads
2.Selektīva slaucīšana
Selektīvā slaucīšana attiecas uz procesu, kurā tiek izvēlēta izdevīga vietne un palielinās saistīto neitrālo vietu frekvences un samazinās nesaistīto vietu frekvences, kā rezultātā samazinās reģionālais.
Genoma mēroga noteikšana selektīvos slaucīšanas reģionos tiek apstrādāta, aprēķinot populācijas ģenētisko indeksu （π ， fst, tajima d) no visiem SNPS bīdāmā logā (100 kb) noteiktā solī (10 kb).
Nukleotīdu daudzveidība (π）
Tadžima d
Fiksācijas indekss (FST)
Wu, et. al.,Molekulārais augs, 2018
3.gene plūsma
Wu, et. al.,Molekulārais augs, 2018
4. Demogrāfiskā vēsture
Džan, et. al.,Dabas ekoloģija un evolūcija, 2021. gads
5.Viverģences laiks
Džan, et. al.,Dabas ekoloģija un evolūcija, 2021. gads
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGENE evolūcijas ģenētikas pakalpojumi, izmantojot kuratoru publikāciju kolekciju:
Hasanyar, Ak et al. (2023) “SNP molekulāro marķieru un kandidātu gēnu atklāšana, kas saistīta ar Sacbrood vīrusa rezistenci API Cerana Cerana kāpuros, izmantojot visu genomu, atjaunojot”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) “Savvaļas, ģenētiski tīra ķīniešu milzu Salamander atklāšana rada jaunas saglabāšanas iespējas”,Zooloģiskais pētījums, 2022, sēj. 43, 3. izdevums, lapas: 469-480, 43 (3), 469.-480. Lpp. doi: 10.24272/j.sn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) “Vietējo Elymus Sibiricus L. filoģeogrāfiskais modelis un populācijas evolūcijas vēsture uz Qinghai-Tibetan plato”,Robežas augu zinātnē, 13, lpp. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) “Genoma ieskats Longanas evolūcijā no hromosomu līmeņa genoma montāžas un Longan pievienošanās populācijas genomikas”,Dārzkopības pētījumi, 9. Doi: 10.1093/h/uhac021.
