Platforma | Bibliotēkas izmērs | Teorētisko datu raža (uz vienu šūnu) | Vienas bāzes precizitāte | Pieteikumi |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, ultralong, cDNS-PCR | 70-90GB/šūna | 85-92% | SV zvana, de novo, pilna garuma sekvencēšana, ISO-seq, gēnu anotācija, DNS metilēšanas noteikšana |
● Vairāk nekā 5 gadu pieredze Pacbio secības platformā ar tūkstošiem slēgtu projektu ar dažādām sugām.
● Bmkgene ir Oxford Nanopore oficiālais partneris ar dubultās platformas RNS/DNS sertifikātu.
● Ir galvenie sekvenču modeļi ar pilnīgu aprīkojumu un pietiekamu secības caurlaidspēju.
● Balstoties uz Nanopore platformu, starptautiski slavenos žurnālos ir publicēti vairāk nekā 10 dzīvnieku un augu Denovo pētījumi.
Parauga tips | Summa | Koncentrācija (QUBIT ®) | Tilpums | Tīrība | Citi |
Genoma DNS | Atkarīgs no datu prasības | ≥20 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 ≥1,5 ; Skaidrs maksimums pie 260 nm , nav piesārņojumu | Koncentrācija jānovērtē ar kvarbitu un qubit/nanopore ≤ 2 |
Kopējā RNS | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7–2,5; OD260/230 = 0,5–2,5 ; Nav piesārņojumu | RIN vērtība ≥7,5 |
DNS parauga datu kvalitātes novērtējums
1. tabula. Statistika par tīriem datiem.
Bmkid | izveicība | izejviela | attīrīt | tīrīšana | Cleann50Len | tīrīšana | tīrs | cleanmaxlen | tīrs |
DNA_BMK01 | 1 218 239 | 26.37 | 1,121 736 | 25.90 | 28 014 | 15 764 | 23 090 | 143,181 | 9 |
RNS parauga datu kvalitātes novērtējums
1. tabula. Statistika par tīriem datiem.
Faila nosaukums | Klients | Lasāms | Bāzenums | N50 | Vidējais garums | Maksimālais garums | Meanqscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230 083 | 398 | 452 | 129 227 | Q12 |
1. attēls. Lasīt garuma sadalījums
2. attēls. Tīro datu kvalitātes punktu sadalījums
3. attēls. Tīro datu garuma un kvalitātes punktu sadalījums