DNS/RNS sekvencēšana -pacbio sekvenceris
Funkcijas
Divi sekvencēšanas režīmi Pacbio sekvencerā: nepārtraukta gara lasīšana (CLR) un apļveida vienprātības lasīšana (CCS)
| Sekvencēšanas režīms | Bibliotēkas izmērs | Teorētiskie datiRaža (uz vienu šūnu) | Vienreizēja bāzePrecizitāte | Pieteikumi |
| Clr | 20 kb, 30kb utt. | 80 GB līdz 130 GB | Apm. 85% | De novo, SV zvana utt. |
| CCS | 15-20 kb | 14 līdz 40 GB/šūna (II turpinājums) 70 līdz 110 GB/šūna (Revio) Atkarīgs no paraugiem | Apm. 99% | De novo, SNP/indel/SV zvana, ISO-seq, |
Revio un turpinājuma II veiktspējas un funkciju salīdzinājums
| Noteikumi | II turpinājuma sistēma | Revio sistēma | Palielināties |
| Lielāks blīvums | 8 miljoni ZMWS | 25 miljoni ZMWS | 3x |
| Neatkarīgi posmi | 1 | 4 | 4x |
| Īsāks skrējiena laiks | 30 stundas | 24 stundas | 1,25x |
| 30x Hifi cilvēka genomi gadā | 88 | 1300 | 15x kopumā |
Pakalpojumu priekšrocības
● Vairāk nekā 8 gadu pieredze Pacbio sekvencēšanas platformā ar tūkstošiem slēgtu projektu ar dažādām sugām.
● Pilnībā aprīkots ar jaunākajām Pacbio sekvencēšanas platformām, Revio, lai garantētu pietiekamu secības caurlaidspēju.
● Ātrāks pagrieziena laiks, lielāks datu raža un precīzāki dati.
● Ieguldīts simtiem augstas ietekmes Pacbio balstītās publikācijās.
Parauga prasības
| Parauga tips | Summa | Koncentrācija （QUBIT®） | Tilpums | Tīrība | Citi |
| Genoma DNS | Atkarīgs no datu prasības | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8–2,5 ； Skaidrs virsotne pie 260 nm ，nav piesārņojumu | Koncentrācija jānovērtē ar Quit un Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Kopējā RNS | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7–2,5; OD260/230 = 0,5–2,5 ；nav piesārņojumu | RIN vērtība ≥7,5 5 ≥28s/18s≥1 |
Dienesta darbplūsma
Parauga sagatavošana
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Projektu piegāde
1. ēkas datu raža
Dati, kas iegūti no 63 ccs šūnām (no 26 sugām)
| Dati-Pacbio-CCS-15 KB | Vidējs | Maksimums | Minimāls | Mediāna |
| Raža - apakšējās daļas (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerāze N50 | 145 651 | 175 430 | 118 118 | 144 689 |
| Apakšējās daļas N50 | 17,509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Vidējā garuma polimerāze | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Vidēji garuma apgaismojumi | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Vidējais garums-CCS | 14 489 | 19 074 | 8575 | 14 655 |
Dati, kas iegūti no 16 CLR šūnām (no 76 sugām)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Vidējs | Maksimums | Minimāls | Mediāna |
| Raža - apakšējās daļas (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimerāze N50 | 39 456 | 121,191 | 15 389 | 35 231 |
| Apakšējās daļas N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Vidējā garuma polimerāze | 22 063 | 48 886 | 8747 | 21 555 |
| Vidēji garuma apgaismojumi | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC - demonstrācijaStatistika par datu ražu
| Paraugs | CCS lasa Num | Kopējās CCS bāzes (BP) | CCS nolasa N50 (BP) | CCS vidējais garums (BP) | CCS garākais lasījums (BP) | apakšējās bāzes (BP) | CCS likme (%) |
| PB_BMKXXX | 3 444 159 | 54,164,122 586 | 15 728 | 15 726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
