Pilna garuma mRNS sekvencēšana - PacBio
Funkcijas
● cDNS sintēze no poli-A mRNS, kam seko bibliotēkas sagatavošana
● Sekvencēšana CCS režīmā, ģenerējot HiFi nolasījumus
● Pilna garuma atšifrējumu secība
● analīzei nav nepieciešams atsauces genoms; tomēr to var izmantot
● Bioinformātiskā analīze ļauj analizēt lncRNS izoformas transkriptus, gēnu saplūšanu, poliadenilāciju un gēnu struktūru.
Pakalpojuma priekšrocības
●Augsta precizitāte: HiFi nolasa ar precizitāti >99,9% (Q30), salīdzināms ar NGS
● Alternatīvā savienojuma analīze: visu transkriptu sekvencēšana ļauj identificēt un raksturot izoformu
●Plaša ekspertīze: ar vairāk nekā 1100 PacBio pilna garuma transkriptu projektu pabeigšanu un vairāk nekā 2300 paraugu apstrādi, mūsu komanda sniedz bagātīgu pieredzi katrā projektā.
●Pēcpārdošanas atbalsts: mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu ar 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Prasību paraugs un piegāde
| Bibliotēka | Sekvences stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| PolyA bagātināta mRNS CCS bibliotēka | PacBio turpinājums II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Prasību paraugs:
Nukleotīdi:
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēklas: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 300 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 450 mg
Kauli, mati vai āda: 1g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 6g
Vēžveidīgie: 300 mg
● Pilnas asinis: 1 caurule
● Šūnas: 106 šūnas
| Konc. (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Integritāte |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. | Augiem: RIN≥7,5; Dzīvniekiem: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma |
Ieteicamā paraugu piegāde
Konteiners: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2. RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● Alternatīvā poliadenilācijas analīze (APA)
● Fusion transkripta analīze
● Alternatīvā savienojuma analīze
● Universālo viena eksemplāra ortologu (BUSCO) salīdzinošā analīze
● Jauna transkripta analīze: kodēšanas secību (CDS) prognozēšana un funkcionālā anotācija
● lncRNS analīze: lncRNS un mērķu prognozēšana
● Mikrosatelītu identifikācija (SSR)
BUSCO analīze
Alternatīvā savienojuma analīze
Alternatīvā poliadenilācijas analīze (APA)
Romānu stenogrammu funkcionālā anotācija
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene Nanopore pilna garuma mRNS sekvencēšanas pakalpojumi šajā piedāvātajā publikācijā.
Ma, Y. et al. (2023) “PacBio un ONT RNS sekvencēšanas metožu salīdzinošā analīze Nemopilema Nomurai indes identifikācijai”, Genomics, 115(6), lpp. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) “Populus stumbra transkripta attīstības dinamika”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206.–219. lpp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) “Askorbīnskābes satura dinamiskās izmaiņas augļa attīstības un Actinidia latifolia (ar askorbātu bagāta augļu kultūra) un saistīto molekulāro mehānismu nogatavošanās laikā”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), lpp. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) “Efektīva biosintēzes ceļa gēnu prognozēšana, kas iesaistīti bioaktīvos polifilīnus in Paris polyphylla”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1.–10. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) “Tuta absoluta (Meyrick) transkripta un citohroma P450 gēnu kombinētā PacBio Iso-Seq un Illumina RNA-Seq analīze”, Insects, 14(4), 1. lpp. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vangs, Lidžuns un citi. (2019) “Transkriptu sarežģītības apsekojums, izmantojot PacBio vienas molekulas reāllaika analīzi apvienojumā ar Illumina RNS sekvencēšanu, lai labāk izprastu ricinoleīnskābes biosintēzi Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), 1.–17. lpp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
