Salīdzinošā genomika
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredze un publikāciju ieraksti: ar uzkrāto BMKGene ir pabeidzis vairāk nekā 90 salīdzinošās genomikas projektus, kuru kumulatīvā ietekmes koeficients sasniedza 900.
●Visaptveroša bioinformātikas analīze: analīžu pakotne satur astoņas visbiežāk pieprasītās analīzes, nodrošinot labi izstrādātus publicēšanai gatavus skaitļus un ļaujot viegli interpretēt rezultātus
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īss analīzes cikls: ar lielu pieredzi salīdzinošajā genomikas analīzē, BMKGene komanda īsā laikā izpilda dažādas personalizētas analīzes prasības.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Pakalpojuma specifikācijas
| Paredzamais apgrozības laiks | Sugu skaits | Analīzes |
| 30 darba dienas | 6-12 | Gēnu ģimenes klasterizācija Gēnu ģimenes paplašināšanās un saraušanās Filoģenētiskā koku konstrukcija Diverģences laika novērtējums (nepieciešama fosilā kalibrēšana) LTR ievietošanas laiks (augiem) Visa genoma dublēšanās (augiem) Selektīvs spiediens Sintēnijas analīze |
Bioinformātikas analīzes
● Gēnu ģimene
● Filoģenētika
● Diverģences laiks
● Selektīvs spiediens
● Sintēnijas analīze
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
Audi vai DNS genoma sekvencēšanai un montāžai
Par audumu
| Sugas | Audu | Aptauja | PacBio CCS |
| Dzīvnieks | Viscerālie audi | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskuļu audi | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Zīdītāju asinis | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Mājputnu/zivju asinis | |||
| Augu | Svaiga Lapa | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Ziedlapa/Stumbrs | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Sakne/Sēkla | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Šūnas | Kultivēta šūna | - | ≥ 1 x 108 |
Dati
Cieši saistītu sugu genoma secību faili (.fasta) un anotācijas faili (.gff3).
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
*Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies
1.LTR ievietošanas laika novērtējums: attēlā parādīts unikāls bimodālais sadalījums LTR-RT ievietošanas laikos Vainingas rudzu genomā, salīdzinot ar citām sugām. Jaunākā virsotne parādījās apmēram pirms 0,5 miljoniem gadu.
Li Guangs un citi,Dabas ģenētika, 2021. gads
2. Chayote (Sechium edule) filoģenēzes un gēnu dzimtas analīze: Analizējot čajotu un pārējās 13 radniecīgās sugas gēnu saimē, tika konstatēts, ka Chayote ir visciešākā radniecība ar čūsku ķirbi (Trichosanthes anguina). Chayote, kas iegūta no čūskas ķirbja aptuveni 27–45 Mya un visa genoma dublēšanās (WGD) tika novērota chayote 25±4 Mya, kas ir trešais WGD notikums cucuibitaceae.
Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
3. Sintēnijas analīze. Daži gēni, kas saistīti ar fitohormoniem augļu attīstībā, tika atrasti čajotā, čūsku ķirbī un skvošā. Korelācija starp čajotu un skvošu ir nedaudz augstāka nekā starp čajotu un čūsku ķirbi.
Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
4. Gēnu saimes analīze: KEGG bagātināšana uz gēnu saimes paplašināšanos un kontrakciju G.thurberi un G.davidsonii genomos parādīja, ka ar steroīdu biosintēzi un brassinosteroīdu biosintēzi saistītie gēni tika paplašināti.
Yang Z et al.,BMC bioloģija, 2021. gads
5. Visa genoma dublēšanās analīze: 4DTV un Ks sadalījuma analīze parāda visa genoma dublēšanās notikumu. Intrasugu maksimumi parādīja dublēšanās notikumus. Starpsugu virsotnēs parādīti sugu veidošanās notikumi. Analīze norādīja, ka, salīdzinot ar pārējām trim cieši radniecīgām sugām, O. europaea nesen piedzīvoja liela mēroga gēnu dublēšanos.
Rao G et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
BMK lieta
Roze bez dzeloņstieņa: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos
Publicēts: Nacionālais zinātnes apskats, 2021. gads
Secības noteikšanas stratēģija:
'BasjēBez ērkšķiem' (R.Wichurainan) genoms:
Apm. 93 X PacBio + apm. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Galvenie rezultāti
1. Augstas kvalitātes R.wichuraiana genoms tika izveidots, izmantojot ilgi lasītas sekvencēšanas metodes, kas nodrošina 530,07 Mb komplektāciju (aptuvenais genoma izmērs bija aptuveni 525,9 Mb pēc plūsmas citometrijas un 525,5 Mb pēc genoma aptaujas; Heterozigotitāte bija aptuveni 1,03%). BUSCO aprēķinātais rezultāts bija 93,9%. Salīdzinot ar “Old blush” (haploOB), šī genoma kvalitāti un pilnīgumu apstiprināja bāzes vienas bāzes precizitāte un LTR montāžas indekss (LAI = 20, 03). R.wichuraiana genoms satur 32 674 proteīnus kodējošos gēnus.
2. Multi-omics kopīgā analīze, kas sastāv no salīdzinošās genomikas, transkriptomikas, ģenētiskās populācijas QTL analīzes, atklāja būtisko R. wichuraiana un Rosa chinensis specifiku. Arī saistīto gēnu ekspresijas variācijas QTL, iespējams, bija saistītas ar stublāju durstīšanas modeli.
Salīdzinošā genomikas analīze starp Basye;s Thornless un Rosa chinensis, ieskaitot sintēzes analīzi, gēnu ģimenes kopu, paplašināšanās un kontrakcijas analīzi, atklāja lielu skaitu variāciju, kas bija saistītas ar rožu būtiskām iezīmēm. Unikālā NAC un FAR1 / FRS gēnu saimes paplašināšanās, ļoti iespējams, bija saistīta ar rezistenci pret melno plankumu.
Salīdzinošā genomikas analīze starp BT un haploOB genomiem.
Zhong, M. u.c. "Roze bez dzeloņstieņa: genoma atziņas, kas saistītas ar mitruma pielāgošanos"Nacionālais zinātnes apskats, 2021;, nwab092.
