De novo baktēriju genoma asambleja
Mēs sniedzam pilnīgu baktēriju genoma montāžas pakalpojumu, garantējot 0 spraugas. Tas ir iespējams, integrējot ilgstošas nolasīšanas sekvencēšanas tehnoloģijas, piemēram, Nanopore un PacBio montāžai un īsu nolasīšanas secību ar Illumina montāžas validācijai un ONT nolasījumu kļūdu labošanai. Mūsu pakalpojums nodrošina pilnīgu bioinformātisko darbplūsmu no montāžas, funkcionālās anotācijas un uzlabotas bioinformātiskās analīzes, izpildot konkrētus pētniecības mērķus. Šis pakalpojums ļauj izstrādāt precīzus atsauces genomus dažādiem ģenētiskiem un genoma pētījumiem. Turklāt tas veido pamatu lietojumprogrammām, piemēram, celmu optimizācijai, gēnu inženierijai un mikrobu tehnoloģiju attīstībai, nodrošinot uzticamus un bez nepilnības genoma datus, kas ir būtiski zinātnisko ieskatu un biotehnoloģisko jauninājumu attīstībai.
Pakalpojuma funkcijas
● Ar divām iespējamām opcijām atkarībā no vēlamās genoma pilnības pakāpes.
● Melnraksta genoma opcija: īsas nolasīšanas secība ar Illumina NovaSeq PE150.
● Pabeigt 0 spraugas genomu.
● Ilgi nolasīta secība uz Nanopore PromethION 48 vai PacBio Revio genoma montāžai.
● Īsas nolasīšanas secība Illumina NovaSeq genoma validācijai un kļūdu labošanai (Nanopore) vai genoma uzmetuma ģenerēšanai.
Pakalpojuma priekšrocības
●Nulles atstarpes genoms garantēts: Tas ir saistīts ar Illumina sekvencēšanas integrāciju ar ilgu lasīšanas secību (Nanopore vai PacBio).
●Pilnīga bioinformātikas darbplūsma:Tas ietver genoma montāžu un vairāku genoma elementu prognozēšanu, funkcionālo gēnu anotāciju un genoma vizualizāciju, piemēram, Circos diagrammu.
●Plaša ekspertīze: Ar vairāk nekā 20 000 samontētiem mikrobu genomiem BMKGENE piedāvā vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīžu komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
●Ir pieejamas vairākas secības noteikšanas stratēģijas:Dažādiem pētījuma mērķiem un genoma pilnības prasībām.
Pakalpojuma specifikācijas
| Serviss | Sekvences stratēģija |
| Genoma melnraksts | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genoms | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (pēc izvēles) |
Prasību paraugs:
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Baktērijas: ≥3,5x1010 šūnas
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Secības datu kvalitātes kontrole
● Genoma montāža
● Genoma komponentu analīze: CDS un vairāku genoma elementu prognozēšana
● Funkcionāla anotācija ar vairākām vispārīgām datu bāzēm (GO, KEGG utt.) un uzlabotām datu bāzēm (CARD, VFDB utt.)
● Genoma vizualizācija
Mēs nodrošinām genomu viegli pieejamā fasta formātā un genoma anotācijas failu (gff).
Gēnu anotācija – GO
Gēnu anotācija – CAZY ogļhidrāti
Genoma vizualizācija – Circos sižets
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene baktēriju genoma montāžas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Dai, W. et al. (2023) “Bacteroides uniformis F18-22 kā drošas un jaunas probiotiskas baktērijas atklāšana čūlainā kolīta ārstēšanai no veselīga cilvēka resnās zarnas”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 24(19), 1. lpp. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Daudzrezistenti Proteus mirabilis izolāti, kas satur blaOXA-1 un blaNDM-1 no savvaļas dzīvniekiem Ķīnā: pieaugošs sabiedrības veselības apdraudējums".Integratīvā zooloģija, 16(6), 798.–809. lpp. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Vangs, TT et al. (2017) “Pilnīga endofīta Bacillus flexus KLBMP 4941 genoma secība atklāj tā augu augšanas veicināšanas mehānismu un sāls tolerances ģenētisko pamatu”,Biotehnoloģijas žurnāls, 260, 38.–41.lpp. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "Klebsiella vairāku replikonu rezistences plazmīdas veicina plašu pretmikrobu gēnu izplatību",Mikrobioloģijas robežas, 12, lpp. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
