Amplikonu sekvencēšana (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekvencēšana ar Illumina ir mikrobu daudzveidības analīzes metode, identificējot mikrobu profilus atbilstoši to sekvencēm un pēc tam mēģinot atšifrēt sabiedrības bagātību un daudzveidību katrā paraugā un starp paraugiem. BMKCloud amplikona (NGS) cauruļvads ļauj analizēt 16S, 18S, tā un vairāku funkcionālos gēnus. Tas sākas ar lasīšanas apgriešanu, pāra beigu lasīšanas montāžu un kvalitātes novērtējumu, kam seko līdzīgu lasījumu klasterizācija, lai ģenerētu operatīvās taksonomijas vienības (OTU), ko izmanto sešās dažādās analīzes sadaļās. Taksonomiskā anotācija sniedz informāciju par katra parauga relatīvo pārpilnību un sastāvu, savukārt alfa un beta daudzveidības analīzes koncentrējas uz mikrobu daudzveidību attiecīgi paraugos un starp tiem. Diferenciālā analīze starp grupām atrod OTU, kas atšķiras, izmantojot gan parametriskos, gan parametriskos testus, savukārt korelācijas analīze saista šīs atšķirības ar vides faktoriem. Visbeidzot, tiek prognozēts funkcionālā gēna pārpilnība, pamatojoties uz marķieru gēnu pārpilnību, sniedzot ieskatu funkcijā un ekoloģijā katrā paraugā.