16S/18S/tā amplikona sekvencēšanas-Pacbio
Apkalpošanas funkcijas
● Sekvencēšanas platforma: Pacbio Revio
● Secības režīms: CCS (HIFI lasījumi)
● Mērķa reģiona pastiprināšana, kam seko amplikonu savienošana pirms HIFI SMRT zvanu bibliotēkas sagatavošanas
Pakalpojumu priekšrocības
●Augstāka taksonomijas izšķirtspēja: THan īsās amplikonu sekvencēšana,dodot augstāku OTU klasifikācijas ātrumu sugas līmenī.
●Ļoti precīzs pamata izsaukums: Pacbio CCS režīma sekvencēšana (HIFI Reads).
●Bez izolācijas: Ātra mikrobu sastāva identificēšana vides paraugos.
●Plaši piemērojams: Daudzveidīgi mikrobu kopienas pētījumi.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze: Jaunākā Qiime2 pakete (kvantitatīvs ieskats mikrobu ekoloģijā) ar dažādām analīzēm datu bāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.
●Plaša kompetence: Ar tūkstošiem amplikonu sekvencēšanas projektu, kas tiek veikti katru gadu, Bmkgene sniedz vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku atbalstu pēc pārdošanas.
Pakalpojumu specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati |
| Amplikons | Pacbio Revio | 10/30/50 K tagi (CCS) |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µl) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Ieteicamā parauga piegāde
Saldējiet paraugus šķidrā slāpeklī 3-4 stundas un uzglabā šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgtermiņa rezervēšanai. Nepieciešama parauga piegāde ar sausu ledus.
Servisa darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● OTU klasterizēšana/de-troise (ASV)
● OTU anotācija
● Alfa daudzveidības analīze: vairāki indeksi, ieskaitot Šenonu, Simpsonu un Ace.
● Beta daudzveidības analīze
● Starp grupu analīze
● Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un sastāvu un daudzveidību
● 16S funkcionālā gēna prognoze
Taksonomijas sadalījuma histogramma
Sabiedrības sadalījums filoģenētiskais koks
Alfa daudzveidības analīze: Ace
indekss
Beta daudzveidības analīze: PCOA
Starpgrupu analīze: ANOVA
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGENE amplikonu sekvencēšanas pakalpojumi ar Pacbio, izmantojot izstrādātu publikāciju kolekciju.
Gao, X. un Wang, H. (2023) 'Spurekļa baktēriju profilu un funkciju salīdzinošā analīze pielāgošanās dažādām fenoloģijai (Regreen pret Grassy) Alpu merino aitu ar diviem augošiem posmiem uz kalnu pļavas', fermentācija, 9 (9 (9 (9 (9 (fermentācija, 9 (9 (9 (fermentācija, 9 (9 (9 (9 (fermentācija, 9 (9 (9 (fermentācija, 9 (9 (9 (fermentācija, 9 (9 (9 (fermentācija) (9) (9 (Fermentācija) (9) (9 (Fermentācija) (9) (9 (Fermentācija) (9) (9) (9 (Fermentācija) (9) (9) (9 (Fermentācija), 9 (9 ( 1), lpp. 16. Doi: 10.3390/fermentācija9010016/s1.
Li, S. et al. (2023) “Mikrobu tumšās vielas uztveršana tuksneša augsnēs, izmantojot uz kultūromiku balstītu metagenomiku un augstas izšķirtspējas analīzi”, NPJ bioplēves un mikrobiomi 2023 9: 1, 9 (1), 1.-14. Lpp. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) “Taukskābju sāļu ietekme uz fermentācijas īpašībām, baktēriju daudzveidību un sajaukta skābbarības aerobo stabilitāti, kas sagatavota ar lucernu, rīsu salmu un kviešu kliju”, žurnāls par pārtikas un lauksaimniecības zinātni, 102 (4), 1475. - 1475. lpp. 1487. gads. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. et al. (2023) “Mijiedarbība starp oksidatīvā stresa biomarķieriem un zarnu mikrobiotu ekstraktu antioksidantu iedarbībā no Sonchus brachyotus DC. oksazolona izraisītā zarnu oksidatīvā stresā pieaugušo zebrafish ”, antioksidanti 2023, sēj. 12, 192., 12. lpp. (1), 1. lpp. 192. doi: 10.3390/antiox12010192.
