16S/18S/tā amplikona sekvencēšana-NGS
Apkalpošanas funkcijas
● Sekvencēšanas platforma: Illumina Novaseq.
● Starp citiem pastiprināšanas mērķiem īsu reģionu pastiprināšana - 16S, 18S un tā.
● Elastīga amplikona izvēle.
● Iepriekšējā projekta pieredze ar vairākiem pastiprināšanas mērķiem.
Pakalpojumu priekšrocības
●Bez izolācijas:Ātra mikrobu sastāva identificēšana vides paraugos.
●Augsta izšķirtspēja: Vides paraugos zemu samazinātu komponentus.
●Plaši piemērojams: Daudzveidīgi mikrobu kopienas pētījumi.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze: Jaunākā Qiime2 pakete (kvantitatīvs ieskats mikrobu ekoloģijā) ar dažādām analīzēm datu bāzes, anotācijas, OTU/ASV ziņā.
●Plaša kompetence: Ar 150 tūkstošiem amplikonu sekvencēšanas projektu, kas tiek veikti katru gadu, Bmkgene sniedz vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku atbalstu pēc pārdošanas.
Pakalpojumu specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati |
| Amplikons | Illumina PE250 | 50/100/300K tagi (lasīt pāri) |
Pakalpojuma prasības
| Koncentrācija (ng/µl) | Kopējā summa (ng) | Tilpums (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Augsne/dūņas: 1-2g
● zarnu saturs-dzīvnieks: 0,5-2g
● Zarnu saturs-insects: 0,1-0,25G
● Augu virsma (bagātināti nogulumi): 0,1-0,5 g
● Fermentācijas buljona bagātināti nogulumi): 0,1-0,5 g
● Fekālijas (lieli dzīvnieki): 0,5-2g
● Fekālijas (pele): 3-5grain
● Plaušu alveolu skalošanas šķidrums: filtrpapīrs
● Vaginālais tampons: 5-6 tamponi
● Ādas/dzimumorgānu tampons/siekalas/perorālie mīkstie audi/faringeālā tampons/taisnās zarnas tampons: 2-3 tamponi
● Virsmas mikroorganismi: filtrpapīrs
● Waterbody/Gaisa/bioplēvi: filtrpapīrs
● Endofīti: 1-2g
● Zobu aplikācija: 0,5-1g
Servisa darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
- Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
- OTU klasterizācija /de-troise (ASV)
- OTU anotācija
- Alfa daudzveidības analīze: vairāki indeksi, ieskaitot Šenonu, Simpsonu un Ace.
- Beta daudzveidības analīze
- Starp grupu analīze
- Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un sastāvu un daudzveidību
- 16S funkcionālā gēna prognoze
Taksonomijas sadalījuma histogramma
taksonomijas pārpilnības klasterizācijas siltuma karte
Alfa daudzveidības analīze: retināšanas līkne
Beta daudzveidības analīze: NMDS
Starpgrupu analīze: Lefse Biomarker Discovery
Izpētiet sasniegumus, ko veicina Bmkgene amplikonu sekvencēšanas pakalpojumi ar Illumina, izmantojot izstrādātu publikāciju kolekciju.
Dong, C. et al. (2022) “Augsnes un mizas mikrobiota rizosfēras un mizas mikrobiota serdeņa mikrobiota un mizas mikrobiota darbība ulmoides”, robežas mikrobioloģijā, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/pilna.
Li, Y. et al. (2023) “Sintētisko baktēriju konsorciju transplantācija Gardnerella vaginalis izraisītas baktēriju vaginozes ārstēšanai pelēm”, mikrobioms, 11 (1), 1.-14. Lpp. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. un Liu, H. (2022) “Gaisa putekļu mikrobiomi, kas savākti uz zemes bāzes slēgtas bioreneratīva dzīvības atbalsta eksperimenta eksperimenta“ Mēness pilī 365 ”, vides mikrobiomas, 17 (1), lpp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/skaitļi/8.
Yin, S. et al. (2022) “No izejvielu atkarīgs funkcionālo gēnu pārpilnība, kas saistīti ar slāpekļa transformācijas kontrolētu slāpekļa zudumu kompostēšanā”, Bioresource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
