10x genomika Visium telpiskais transkriptoms
Tehniskā shēma
Funkcijas
● izšķirtspēja: 100 µm
● Spot diametrs: 55 µm
● Gaidījumu skaits: 4992
● Uztveršanas laukums: 6,5 x 6,5 mm
● Katru svītrkodēto vietu piekrauts ar grunti, kas sastāv no 4 sekcijām:
- poli (dt) aste mRNS gruntēšanai un cDNS sintēzei
- Unikāls molekulārais identifikators (UMI), lai labotu pastiprināšanas neobjektivitāti
- Telpiskais svītrkods
- Daļējas lasīšanas 1 sekvencēšanas gruntējuma saistošā secība
● H&E sadaļu krāsošana
Priekšrocības
●Vienas pieturas pakalpojums: Integrē visus pieredzi un uz prasmēm balstītus soļus, ieskaitot krio sadaļu, krāsošanu, audu optimizāciju, telpisko svītrkodēšanu, bibliotēkas sagatavošanu, secību un bioinformātiku.
● Augsti kvalificēta tehniskā komanda: ar pieredzi vairāk nekā 250 audu tipos un 100+ sugās, ieskaitot cilvēku, peles, zīdītāju, zivju un augu.
●Reālā laika atjauninājums visam projektam: ar pilnīgu eksperimentālā progresa kontroli.
●Visaptveroša standarta bioinformātika:Komplektā ietilpst 29 analīzes un 100+ augstas kvalitātes skaitļi.
●Pielāgota datu analīze un vizualizācija: Pieejams dažādiem pētniecības pieprasījumiem.
●Izvēles locītavu analīze ar vienšūnu mRNS sekvencēšanu
Specifikācija
| Parauga prasības | Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| Oct-Embedded Cryo paraugi (Optimālais diametrs: aptuveni 6x6x6 mm³) 2 bloki vienā paraugā | 10x Visium cDNS bibliotēka | Illumina PE150 | 50k PE lasa par vienu vietu (60 GB) | Rin> 7 |
Lai iegūtu sīkāku informāciju par sagatavošanas sagatavošanas vadību un pakalpojumu darbplūsmu, lūdzu, nekautrējieties runāt ar aBMKGENE eksperts
Dienesta darbplūsma
Parauga sagatavošanas fāzē tiek veikts sākotnējais lielapjoma RNS ekstrakcijas izmēģinājums, lai nodrošinātu augstas kvalitātes RNS. Audu optimizācijas stadijā sekcijas tiek iekrāsotas un vizualizētas, un tiek optimizēti mRNS izdalīšanās no audiem permeabilizācijas apstākļi. Pēc tam optimizēts protokols tiek izmantots bibliotēkas būvniecības laikā, kam seko sekvencēšana un datu analīze.
Pilnīga servisa darbplūsma ietver reālā laika atjauninājumus un klientu apstiprinājumus, lai saglabātu atsaucīgu atgriezenisko saiti, nodrošinot vienmērīgu projekta izpildi.
Ietver šādu analīzi:
Datu kvalitātes kontrole:
o Datu izvade un kvalitātes punktu sadalījums
o gēnu noteikšana uz vietas
o audu pārklājums
Iekšējā parauga analīze:
o gēnu bagātība
o Spot klasterizācija, ieskaitot samazinātu dimensiju analīzi
o Diferenciālās ekspresijas analīze starp kopām: marķieru gēnu identificēšana
o Marķieru gēnu funkcionālā anotācija un bagātināšana
Starp grupu analīze
o Atkārtoti kombinācija no abiem paraugiem (piemēram, slimiem un kontrolē) un atkārtoti sakrīt
o Katra klastera marķieru gēnu identificēšana
o Marķieru gēnu funkcionālā anotācija un bagātināšana
o Diferenciālā viena klastera ekspresija starp grupām
Iekšējā parauga analīze
Plankumainība
Marķieru gēnu identifikācija un telpiskais sadalījums
Starp grupu analīze
Datu kombinācija no abām grupām un atkārtota kopija
Jaunu kopu marķieru gēni
Izpētiet sasniegumus, ko veicina Bmkgene telpiskā transkriptikas dienests, ko veic 10x Visium šajās piedāvātajās publikācijās:
Chen, D. et al. (2023) “Mthl1, potenciāls Drosophila homologs zīdītāju adhēzijas GPCR, ir iesaistīts pretvēža reakcijās uz injicētām onkogēnām šūnām mušās”,Amerikas Savienoto Valstu Nacionālās zinātņu akadēmijas raksti, 120 (30), lpp. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) “Tērauds ļauj augstas izšķirtspējas norobežot telpiskos transkriptiskos datus”,Bioinformātikas instruktāža, 24 (2), 1. - 10. Lpp. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) “Orhideju ziedu attīstībā”Nukleīnskābju izpēte, 50 (17), 9724. - 9737. Lpp. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) “Telpiskās transkriptikas integrēšana un viena nukleus RNS sekvencēšana atklāj potenciālās dzemdes leiomomas terapeitiskās stratēģijas”,Starptautiskais bioloģisko zinātņu žurnāls, 19 (8), 2515. - 2530. Lpp. doi: 10.7150/ijbs.83510.
