Specifinis lokuso amplifikuotas fragmentų seka (SLAF-SEQ)
Darbo eiga
Techninė schema
Aptarnavimo funkcijos
● NovaSeq sekos nustatymas naudojant PE150.
● Bibliotekos paruošimas su dvigubu brūkšniniu kodu, leidžiančiu surinkti daugiau nei 1000 pavyzdžių.
● Ši technika gali būti naudojama su pamatiniu genomu arba be jo, kiekvienam atvejui su skirtingais bioinformaciniais vamzdynais:
Su informaciniu genomu: SNP ir indelio atradimas
Be pamatinio genomo: mėginių grupavimas ir SNP atradimas
●Silico miesteIšankstinio projektavimo stadijos daugybiniai apribojimų fermentų deriniai yra tikrinami, kad būtų galima rasti tuos, kurie genomo genome sukuria vienodą SLAF žymų pasiskirstymą.
● Išankstinio eksperimento metu trys fermentų deriniai yra išbandyti 3 mėginiuose, kad būtų sugeneruotos 9 SLAF bibliotekos, ir ši informacija naudojama norint pasirinkti optimalų projekto fermento derinį.
Aptarnavimo pranašumai
●Aukštas genetinio žymeklio atradimas: Didelio pralaidumo dvigubo brūkšninio kodo sistemos integravimas leidžia tuo pačiu metu sekti dideles populiacijas, o specifinis lokuso amplifikacija padidina efektyvumą, užtikrinant, kad žymų skaičius atitiktų įvairius įvairių tyrimų klausimų reikalavimus.
● Maža priklausomybė nuo genomo: Tai gali būti taikoma rūšims su pamatiniu genomu arba be jo.
●Lankstus schemos dizainas: Gali būti pasirinkta vienkartinis, dvigubo enzimo, daugialypio ermento virškinimas ir įvairių rūšių fermentai, kad būtų galima patenkinti skirtingus tyrimų tikslus ar rūšis.Silico miesteIšankstinis dizainas atliekamas siekiant užtikrinti optimalų fermento dizainą.
● Didelis fermentinio virškinimo efektyvumas: Ant laidumoSilico miesteIšankstinis dizainas ir išankstinis eksperimentas užtikrintas optimalus dizainas, tolygus SLAF žymų pasiskirstymas chromosomoje (1 SLAF žyma/4KB) ir sumažinta pasikartojanti seka (<5%).
●Didelė patirtis: Mūsų komanda suteikia daug patirties kiekvienam projektui, turėdama daug daugiau nei 5000 „Slaf-Seq“ projektų šimtams rūšių, įskaitant augalus, žinduolius, paukščius, vabzdžius ir vandens organizmus.
● Savarankiškai išsivysčiusi bioinformatinė darbo eiga: BMKGENE sukūrė integruotą bioinformatinę SLAF-Seq darbo eigą, kad būtų užtikrintas galutinio išvesties patikimumas ir tikslumas.
Aptarnavimo specifikacijos
| Analizės tipas | Rekomenduojama populiacijos skalė | Sekos strategija | |
| Žymų sekos gylis | Žymos numeris | ||
| Genetiniai žemėlapiai | 2 tėvai ir> 150 palikuonių | Tėvai: 20x WG Paliekėjimas: 10x | Genomo dydis: <400 MB: rekomenduojama WGS <1GB: 100K žymos 1-2 GB :: 200K žymos > 2 GB: 300K žymos Maksimali 500K žymos |
| Genomo visos asociacijos tyrimai (GWAS) | ≥200 mėginių | 10x | |
| Genetinė evoliucija | ≥30 mėginių, kurių kiekvieno pogrupio mėginiai yra> 10 | 10x | |
Aptarnavimo reikalavimai
Koncentracija ≥ 5 ng/µl
Bendra suma ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5
Agarozės gelis: nėra arba ribotas skilimas ar užterštumas
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Konteineris: 2 ml centrifugos vamzdis
(Daugeliui mėginių rekomenduojame neišsaugoti etanolio)
Pavyzdžių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai pažymėti ir identiški pateiktai informacijos informacijos formai.
Siuntimas: Sausas ledas: Mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sauso ledo.
Aptarnavimo darbo eiga
QC pavyzdys
Piloto eksperimentas
SLAF-EXPERIMENT
Bibliotekos paruošimas
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
- Duomenų sekos nustatymas QC
- SLAF žymų kūrimas
Žemėlapis į nuorodą į genomą
Be pamatinio genomo: grupavimas
- SLAF žymų analizė: statistika, pasiskirstymas visame genome
- Žymeklių atradimas: SNP, Indel, SNV, CV skambutis ir anotacija
SLAF žymų pasiskirstymas chromosomose:
SNP pasiskirstymas chromosomose:
SNP anotacija
| Metai | Žurnalas | IF | Pavadinimas | Paraiškos |
| 2022 m | Gamtos ryšiai | 17.694 | Giga-chromosomų genomo pagrindas ir medžių bijūnų giga-genomas Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 m | Naujas fitologas | 7.433 | Prijaukinimo pėdsakai Inkaro genomo regionai, turintys agronominę reikšmę Sojų pupelės | SLAF-GWAS |
| 2022 m | Žurnalas „Advanced Research“ | 12.822 | Viso genomo dirbtiniai Gossypium barbadense intrigai į G. hirsutum Atskleiskite aukštesnius lokus bruožai | SLAF-evoliucinė genetika |
| 2019 m | Molekulinė augalas | 10.81 | Gyventojų genomo analizė ir de novo susirinkimas atskleidžia piktžolių kilmę Ryžiai kaip evoliucinis žaidimas | SLAF-evoliucinė genetika |
| 2019 m | Gamtos genetika | 31.616 | Bendrojo karpio genomo seka ir genetinė įvairovė, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage žemėlapis |
| 2014 m | Gamtos genetika | 25.455 | Auginto žemės riešuto genomas suteikia įžvalgos apie ankštinius kariotipus, poliploidą Evoliucija ir pasėlių prijaukinimas. | SLAF-Linkage žemėlapis |
| 2022 m | Augalų biotechnologijų žurnalas | 9.803 | ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, apimančią sėklų morfologijos autostopą ir naftos kiekis sojų pupelių prijaukinimo metu | SLAF-MARKER plėtra |
| 2022 m | Tarptautinis molekulinių mokslų žurnalas | 6.208 | Kviečių-liumbus mollis 2NS (2D) identifikavimo ir DNR žymeklių vystymasis (2D) Disominis chromosomų pakeitimas | SLAF-MARKER plėtra |
| Metai | Žurnalas | IF | Pavadinimas | Paraiškos |
| 2023 m | Augalų mokslo sienos | 6.735 | QTL kartografavimas ir cukraus kiekio transkriptoma analizė vaisių nokinimo pyrago pyrus pyrus | Genetinis žemėlapis |
| 2022 m | Augalų biotechnologijų žurnalas | 8.154 | ST1 identifikavimas atskleidžia atranką, susijusią su sėklų morfologijos ir naftos kiekio autostopu
| SNP skambutis |
| 2022 m | Augalų mokslo sienos | 6.623 | Genomo masto asociacijos korpuso žemėlapis vos fenotipai sausros aplinkoje.
| Gwas |
