Sumažinto bisulfito sekos nustatymas (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) DNR metilinimo tyrimuose pasirodė kaip ekonomiška ir efektyvi viso genomo bisulfito sekos (WGBS) alternatyva. Nors WGBS pateikia išsamias įžvalgas, nagrinėdamas visą genomą vienos bazės skiriamąja geba, jos didelė kaina gali būti ribojantis veiksnys. RRBS strategiškai sušvelnina šį iššūkį, selektyviai analizuodama reprezentatyvią genomo dalį. Ši metodika remiasi CpG salų turtingų regionų praturtinimu MspI skilimu, po kurio pasirenkamas 200–500/600 bps fragmentų dydis. Todėl sekvenuojami tik regionai, esantys netoli CpG salų, o tie, kuriuose yra tolimos CpG salos, neįtraukiami į analizę. Šis procesas kartu su bisulfito sekos nustatymu leidžia didelės skiriamosios gebos aptikti DNR metilinimą, o sekos nustatymo metodas PE150 daugiausia dėmesio skiria įdėklų galams, o ne viduriui, todėl padidėja metilinimo profiliavimo efektyvumas. RRBS yra neįkainojama priemonė, leidžianti ekonomiškai efektyviai atlikti DNR metilinimo tyrimus ir tobulinti žinias apie epigenetinius mechanizmus.
Paslaugos ypatybės
● Reikalingas etaloninis genomas.
● Bisulfito konversijos efektyvumui stebėti naudojama lambda DNR.
● Taip pat stebimas MspI virškinimo efektyvumas.
● Augalų mėginių virškinimas dvigubu fermentu.
● Sekos nustatymas naudojant Illumina NovaSeq.
Paslaugos privalumai
●Ekonomiška ir efektyvi WGBS alternatyva: leidžia atlikti analizę mažesnėmis sąnaudomis ir mažesniais mėginių reikalavimais.
●Pilna platforma:teikti vieno langelio puikias paslaugas nuo mėginių apdorojimo, bibliotekos konstravimo ir sekos nustatymo iki bioinformatinės analizės.
●Plati ekspertizė: sėkmingai užbaigus įvairių rūšių RRBS sekos sudarymo projektus, BMKGENE suteikia daugiau nei dešimtmečio patirtį, aukštos kvalifikacijos analizės komandą, išsamų turinį ir puikų palaikymą po pardavimo.
Paslaugos specifikacijos
| biblioteka | Sekos sudarymo strategija | Rekomenduojama duomenų išvestis | Kokybės kontrolė |
| MspI suardyta ir bisulfitu apdorota biblioteka | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Bisulfito konversija > 99 % MspI pjovimo efektyvumas > 95 % |
Pavyzdiniai reikalavimai
| Koncentracija (ng/µL) | Bendras kiekis (µg) |
| |
| Genominė DNR | ≥ 30 | ≥ 1 | Ribotas skilimas arba užteršimas |
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
● Neapdorotos sekos kokybės kontrolė;
● Susiejimas su etaloniniu genomu;
● 5mC metilintų bazių aptikimas ir motyvų identifikavimas;
● Metilinimo pasiskirstymo ir mėginių palyginimo analizė;
● Diferencialiai metiluotų regionų (DMR) analizė;
● Su DMR susijusių genų funkcinė anotacija.
Kokybės kontrolė: virškinimo efektyvumas (genomo kartografijoje)
Kokybės kontrolė: bisulfito konversija (išgaunant informaciją apie metilinimą)
Metilinimo žemėlapis: 5mC metilinimo genomo pasiskirstymas
Pavyzdžio palyginimas: pagrindinių komponentų analizė
Diferencijiškai metiluotų regionų (DMR) analizė: šilumos žemėlapis
Naršykite mokslinių tyrimų pažangą, kurią palengvino BMKGene viso genomo bisulfito sekos nustatymo paslaugos per kuruojamą publikacijų rinkinį.
Li, Z. ir kt. (2022 m.) „Didelio tikslumo perprogramavimas į Leydig panašias ląsteles naudojant CRISPR aktyvavimą ir parakrininius veiksnius“,PNAS Nexus, 1 straipsnio 4 dalis. doi: 10.1093 / PNASNEXUS / PGAC179.
Tian, H. ir kt. (2023) „Kinų monozigotinių dvynių kūno sudėties genomo masto DNR metilinimo analizė“,Europos klinikinių tyrimų žurnalas, 53 (11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. ir kt. (2022) „DNR metilinimas ir juosmens bei klubų santykis: epigenomo masto asociacijos tyrimas su Kinijos monozigotiniais dvyniais“,Endokrinologinių tyrimų žurnalas, 45(12), p. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
