Prokariotų RNR sekos nustatymas
Savybės
● RNR mėginio apdorojimas apėmė rRNR išeikvojimą, po kurio buvo ruošiama kryptinga RNR biblioteka.
● Bioinformatinė analizė, pagrįsta suderinimu su etaloniniu genomu
● Analizė apima genų ekspresiją ir DEG, taip pat transkripto struktūrą ir sRNR analizę
Paslaugos privalumai
●Griežta kokybės kontrolė: diegiame pagrindinius valdymo taškus visuose etapuose, nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekos nustatymo ir bioinformatikos. Šis kruopštus stebėjimas užtikrina nuolatinių aukštos kokybės rezultatų teikimą.
●Konkrečios krypties sekos duomenys: dėl to, kad RNR bibliotekos paruošimas yra kryptingas, leidžiantis identifikuoti priešprasminius nuorašus.
●Išsami analizė, pritaikyta prokariotų transkriptams: bioinformatinis vamzdynas apima ne tik genų ekspresijos analizę, bet ir transkripto struktūros analizę, įskaitant operonų, UTR ir promotorių identifikavimą. Ji taip pat apima sRNR analizę, būtent anotaciją ir antrinės struktūros bei taikinių numatymą.
●Pagalba po pardavimo: mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| rRNR išeikvota kryptinė biblioteka | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai:
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | RIN≥6,5 |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siuntimas:
1. Sausas ledas: Mėginiai turi būti supakuoti į maišus ir užkasti sausajame lede.
2. RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatinės analizės darbo eiga
Apima šią analizę:
● Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
● Lygiavimas su etaloniniu genomu
● Bibliotekos kokybės vertinimas: RNR fragmentacijos atsitiktinumas, intarpo dydis ir sekos prisotinimas
● Numatytų koduojančių genų funkcinė anotacija
● Išraiškos analizė: koreliacijos ir pagrindinių komponentų analizė (PCA)
● Diferencinė genų ekspresija (DEG)
● Funkcinė anotacija ir DEG praturtinimas
● sRNR analizė: numatymas, anotacija, tikslo ir antrinės struktūros numatymas
● Transkripto struktūros analizė: operonai, pradžios ir pabaigos pozicijos, neišverstas regionas (UTS), promotorius ir SNP / InDel analizė
Sekos prisotinimas
Koduojančių genų funkcinė anotacija
Koreliacija tarp mėginių
Diferencialinių išreikštų genų (DEG) analizė
Funkcinio sodrinimo analizė
sRNR anotacija
Ištirkite pažangą, kurią palengvino BMKGene „Nanopore“ viso ilgio mRNR sekos nustatymo paslaugos šiame populiariame leidinyje.
Guanas, CP ir kt. (2018) „Biofilmą formuojančio Staphylococcus epidermidis visuotiniai transkripto pokyčiai, reaguojantys į Sophorea alopecuroides bendrus alkaloidus“,Lenkijos mikrobiologijos žurnalas, 67 (2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
