-
Vieno branduolio RNR sekos nustatymas
Vienos ląstelės fiksavimo ir pasirinktinių bibliotekos kūrimo metodų kūrimas kartu su didelio našumo sekos nustatymu sukėlė revoliuciją genų ekspresijos tyrimuose ląstelių lygiu. Šis proveržis leidžia atlikti gilesnę ir išsamesnę sudėtingų ląstelių populiacijų analizę, įveikti apribojimus, susijusius su vidutiniu genų ekspresijos nustatymu visose ląstelėse ir išsaugant tikrąjį šių populiacijų nevienalytiškumą. Nors vienos ląstelės RNR sekos nustatymas (scRNA-seq) turi neabejotinų pranašumų, jis susiduria su iššūkiais tam tikruose audiniuose, kur sunku sukurti vienos ląstelės suspensiją ir reikia naujų mėginių. „BMKGene“ sprendžiame šią kliūtį siūlydami vieno branduolio RNR sekos nustatymą (snRNA-seq) naudodami naujausią „10X Genomics Chromium“ technologiją. Šis metodas išplečia mėginių, tinkamų transkripto analizei vienos ląstelės lygmeniu, spektrą.
Branduoliai izoliuojami naudojant naujovišką 10X Genomics Chromium lustą, turintį aštuonių kanalų mikroskysčių sistemą su dvigubomis kryžmėmis. Šioje sistemoje gelio karoliukai su brūkšniniais kodais, gruntais, fermentais ir vienu branduoliu yra kapsuliuojami į nanolitro dydžio aliejaus lašelius, suformuojant gelio granules emulsijoje (GEM). Po GEM susidarymo kiekviename GEM įvyksta ląstelių lizė ir brūkšninio kodo atpalaidavimas. Vėliau mRNR molekulės yra atvirkštinės transkripcijos į cDNR, įtraukiant 10X brūkšninius kodus ir unikalius molekulinius identifikatorius (UMI). Tada šioms cDNR atliekamos standartinės sekos bibliotekos konstravimas, palengvinantis tvirtą ir išsamų genų ekspresijos profilių tyrimą vienos ląstelės lygmeniu.
Platforma: 10× Genomics Chromium ir Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium erdvinis transkriptas
Erdvinė transkriptomika yra pažangiausia technologija, leidžianti tyrėjams ištirti genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą. Viena galinga platforma šioje srityje yra 10x Genomics Visium kartu su Illumina sekos nustatymu. 10X Visium principas slypi specializuotame mikroschemoje su nustatyta fiksavimo zona, kurioje dedamos audinių sekcijos. Šioje fiksavimo srityje yra brūkšniniu kodu pažymėtų dėmių, kurių kiekviena atitinka unikalią erdvinę vietą audinyje. Atvirkštinės transkripcijos proceso metu iš audinio užfiksuotos RNR molekulės yra paženklintos unikaliais molekuliniais identifikatoriais (UMI). Šios brūkšninio kodo dėmės ir UMI leidžia tiksliai sudaryti erdvinius žemėlapius ir kiekybiškai įvertinti genų ekspresiją vienos ląstelės skiriamąja geba. Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą. Naudodami šią erdvinės transkriptomikos technologiją, mokslininkai gali įgyti gilesnį supratimą apie erdvinį ląstelių organizavimą ir sudėtingas molekulines sąveikas, vykstančias audiniuose, suteikdami neįkainojamų įžvalgų apie mechanizmus, kuriais grindžiami biologiniai procesai įvairiose srityse, įskaitant onkologiją, neuromokslą, vystymosi biologiją, imunologiją. , ir botanikos studijos.
Platforma: 10X Genomics Visium ir Illumina NovaSeq
-
Viso ilgio mRNR sekos nustatymas-nanoporas
Nors NGS pagrįsta mRNR sekos nustatymas yra universali priemonė genų ekspresijai nustatyti, jos priklausomybė nuo trumpų skaitymų riboja jo veiksmingumą atliekant sudėtingas transkripto analizes. Kita vertus, nanoporų sekos nustatymui naudojama ilgai skaitoma technologija, leidžianti nustatyti viso ilgio mRNR transkriptų seką. Šis metodas palengvina išsamų alternatyvaus sujungimo, genų suliejimo, poliadenilinimo ir mRNR izoformų kiekybinio įvertinimo tyrimą.
Nanoporų sekos nustatymas, metodas, pagrįstas nanoporų vienos molekulės realaus laiko elektriniais signalais, suteikia rezultatus realiuoju laiku. Dvigubos grandinės DNR, vadovaujama motorinių baltymų, jungiasi prie nanoporų baltymų, įterptų į bioplėvelę, ir išsivynioja, kai ji praeina per nanoporų kanalą esant įtampos skirtumui. Skirtingi elektriniai signalai, kuriuos sukuria skirtingos DNR grandinės bazės, aptinkami ir klasifikuojami realiuoju laiku, o tai palengvina tikslią ir nuolatinę nukleotidų seką. Šis novatoriškas metodas įveikia trumpo skaitymo apribojimus ir suteikia dinamišką platformą sudėtingai genomo analizei, įskaitant sudėtingus transkriptominius tyrimus, duodančius tiesioginius rezultatus.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Viso ilgio mRNR sekos nustatymas - PacBio
Nors NGS pagrįsta mRNR sekos nustatymas yra universali priemonė genų ekspresijai nustatyti, jos priklausomybė nuo trumpų skaitymų riboja jos naudojimą sudėtingose transkriptominėse analizėse. Kita vertus, PacBio sekvenavime (Iso-Seq) naudojama ilgai skaitoma technologija, leidžianti nustatyti viso ilgio mRNR transkriptų seką. Šis metodas palengvina išsamų alternatyvaus sujungimo, genų suliejimo ir poliadenilinimo tyrimą. Tačiau yra ir kitų genų ekspresijos kiekybinio įvertinimo pasirinkimų, nes reikia daug duomenų. PacBio sekos nustatymo technologija remiasi vienos molekulės, realaus laiko (SMRT) sekos nustatymu, suteikiančiu aiškų pranašumą fiksuojant viso ilgio mRNR nuorašus. Šis novatoriškas metodas apima nulinio režimo bangolaidžių (ZMW) ir mikrofabrikuotų šulinių naudojimą, kurie leidžia realiu laiku stebėti DNR polimerazės aktyvumą sekos nustatymo metu. Šiuose ZMW PacBio DNR polimerazė sintezuoja papildomą DNR grandinę, sukurdama ilgus skaitymus, apimančius visus mRNR nuorašus. PacBio veikimas Circular Consensus sekvenavimo (CCS) režimu padidina tikslumą pakartotinai nustatant tos pačios molekulės seką. Sugeneruotų HiFi skaitymų tikslumas yra panašus į NGS, o tai dar labiau prisideda prie išsamios ir patikimos sudėtingų transkriptinių savybių analizės.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukariotų mRNR sekos nustatymas-NGS
mRNR sekos nustatymas, universali technologija, leidžia atlikti išsamų visų mRNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis. Šis pažangiausias įrankis, turintis platų pritaikymą, atskleidžia sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais. Plačiai naudojamas fundamentiniuose tyrimuose, klinikinėje diagnostikoje ir vaistų kūrime, mRNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą, sukeldamas smalsumą apie jos potencialą įvairiose srityse.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Nereferencinis mRNR sekos nustatymas-NGS
mRNR sekos nustatymas suteikia galimybę atlikti išsamų visų mRNR transkriptų profiliavimą ląstelėse tam tikromis sąlygomis. Ši pažangiausia technologija yra galingas įrankis, atskleidžiantis sudėtingus genų ekspresijos profilius, genų struktūras ir molekulinius mechanizmus, susijusius su įvairiais biologiniais procesais. Plačiai taikomas atliekant fundamentinius tyrimus, klinikinę diagnostiką ir vaistų kūrimą, mRNR sekos nustatymas suteikia įžvalgų apie ląstelių dinamikos ir genetinio reguliavimo sudėtingumą.
Platforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Ilgas nekoduojantis sekvenavimas-Illumina
Ilgos nekoduojančios RNR (lncRNR) yra ilgesnės nei 200 nukleotidų, kurios turi minimalų kodavimo potencialą ir yra pagrindiniai nekoduojančios RNR elementai. Šios RNR, esančios branduolyje ir citoplazmoje, atlieka lemiamą vaidmenį epigenetiniame, transkripcijos ir potranskripcijos reguliavime, pabrėždamos jų reikšmę formuojant ląstelių ir molekulinius procesus. LncRNR sekos nustatymas yra galingas ląstelių diferenciacijos, ontogenezės ir žmogaus ligų įrankis.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Mažos RNR sekos nustatymas-Illumina
Mažos RNR (sRNR) molekulės apima mikroRNR (miRNR), mažas trukdančias RNR (siRNR) ir su piwi sąveikaujančias RNR (piRNR). Tarp jų, maždaug 18–25 nukleotidų ilgio miRNR yra ypač svarbios dėl savo pagrindinio reguliavimo vaidmens įvairiuose ląstelių procesuose. Dėl specifinių audinių ir stadijų ekspresijos modelių miRNR pasižymi dideliu išsaugojimu įvairiose rūšyse.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA sekvenavimas-Illumina
Circular RNR sekos nustatymas (circRNA-seq) skirtas profiliuoti ir analizuoti žiedines RNR, RNR molekulių klasę, kurios sudaro uždaras kilpas dėl nekanoninių sujungimo įvykių, suteikiant šiai RNR didesnį stabilumą. Nors buvo įrodyta, kad kai kurios cirRNR veikia kaip mikroRNR kempinės, išskiriančios mikroRNR ir neleidžiančios joms reguliuoti tikslinių mRNR, kitos cirkRNR gali sąveikauti su baltymais, moduliuoti genų ekspresiją arba atlikti vaidmenį ląstelių procesuose. cirRNR ekspresijos analizė suteikia įžvalgų apie šių molekulių reguliavimo vaidmenis ir jų reikšmę įvairiems ląstelių procesams, vystymosi stadijoms ir ligų sąlygoms, padedant giliau suprasti RNR reguliavimo sudėtingumą genų ekspresijos kontekste.
-
Visa transkripto seka – Illumina
Visas transkripto sekos nustatymas siūlo išsamų požiūrį į įvairių RNR molekulių profiliavimą, apimantį koduojančias (mRNR) ir nekoduojančias RNR (lncRNR, cirRNR ir miRNR). Šis metodas tam tikru momentu užfiksuoja visą konkrečių ląstelių transkriptą, leidžiantį visapusiškai suprasti ląstelių procesus. Taip pat žinomas kaip „bendras RNR sekos nustatymas“, juo siekiama atskleisti sudėtingus reguliavimo tinklus transkripto lygiu, leidžiančius atlikti išsamią analizę, pvz., konkuruojančią endogeninę RNR (ceRNR) ir bendrą RNR analizę. Tai žymi pradinį žingsnį link funkcinio apibūdinimo, ypač atskleidžiant reguliavimo tinklus, susijusius su cirRNR-miRNR-mRNR sąveika.
