-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Erdvinė transkriptomika yra mokslo naujovių priešakyje, suteikianti tyrėjams galimybę gilintis į sudėtingus genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą. Tarp įvairių platformų BMKGene sukūrė BMKManu S3000 erdvinį transkripto lustą, pasižymintį padidinta 3,5 µm skiriamąja geba, pasiekiančiu tarpląstelinį diapazoną ir leidžiantį kelių lygių skyros nustatymus. S3000 lustas, turintis maždaug 4 milijonus dėmių, naudoja mikrošulinėlius, sluoksniuotus rutuliukais, užpildytais erdviniu brūkšniniu kodu fiksuotais fiksavimo zondais. cDNR biblioteka, praturtinta erdviniais brūkšniniais kodais, paruošiama iš S3000 lusto ir vėliau sekvenuojama Illumina NovaSeq platformoje. Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą. BMKManu S3000 lustas yra labai universalus, siūlantis kelių lygių skyros nustatymus, kuriuos galima tiksliai suderinti su įvairiais audiniais ir norimu detalumo lygiu. Dėl šio pritaikomumo lustas yra puikus pasirinkimas įvairiems erdvinės transkriptomikos tyrimams, užtikrinant tikslų erdvinį grupavimą su minimaliu triukšmu. Ląstelių segmentavimo technologijos naudojimas su BMKManu S3000 leidžia atriboti transkripcijos duomenis iki ląstelių ribų, todėl analizė turi tiesioginę biologinę reikšmę. Be to, dėl patobulintos S3000 skiriamosios gebos vienoje ląstelėje aptinkamas didesnis genų ir UMI skaičius, todėl galima daug tiksliau analizuoti erdvinės transkripcijos modelius ir ląstelių grupes.
-
Vieno branduolio RNR sekos nustatymas
Vienos ląstelės fiksavimo ir pasirinktinių bibliotekos kūrimo metodų kūrimas kartu su didelio našumo sekos nustatymu sukėlė revoliuciją genų ekspresijos tyrimuose ląstelių lygiu. Šis proveržis leidžia atlikti gilesnę ir išsamesnę sudėtingų ląstelių populiacijų analizę, įveikti apribojimus, susijusius su vidutiniu genų ekspresijos nustatymu visose ląstelėse ir išsaugant tikrąjį šių populiacijų nevienalytiškumą. Nors vienos ląstelės RNR sekos nustatymas (scRNA-seq) turi neabejotinų pranašumų, jis susiduria su iššūkiais tam tikruose audiniuose, kur sunku sukurti vienos ląstelės suspensiją ir reikia naujų mėginių. „BMKGene“ sprendžiame šią kliūtį siūlydami vieno branduolio RNR sekos nustatymą (snRNA-seq) naudodami naujausią „10X Genomics Chromium“ technologiją. Šis metodas išplečia mėginių, tinkamų transkripto analizei vienos ląstelės lygmeniu, spektrą.
Branduoliai izoliuojami naudojant naujovišką 10X Genomics Chromium lustą, turintį aštuonių kanalų mikroskysčių sistemą su dvigubomis kryžmėmis. Šioje sistemoje gelio karoliukai su brūkšniniais kodais, gruntais, fermentais ir vienu branduoliu yra kapsuliuojami į nanolitro dydžio aliejaus lašelius, suformuojant gelio granules emulsijoje (GEM). Po GEM susidarymo kiekviename GEM įvyksta ląstelių lizė ir brūkšninio kodo atpalaidavimas. Vėliau mRNR molekulės yra atvirkštinės transkripcijos į cDNR, įtraukiant 10X brūkšninius kodus ir unikalius molekulinius identifikatorius (UMI). Tada šioms cDNR atliekamos standartinės sekos bibliotekos konstravimas, palengvinantis tvirtą ir išsamų genų ekspresijos profilių tyrimą vienos ląstelės lygmeniu.
Platforma: 10× Genomics Chromium ir Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium erdvinis transkriptas
Erdvinė transkriptomika yra pažangiausia technologija, leidžianti tyrėjams ištirti genų ekspresijos modelius audiniuose, išsaugant jų erdvinį kontekstą. Viena galinga platforma šioje srityje yra 10x Genomics Visium kartu su Illumina sekos nustatymu. 10X Visium principas slypi specializuotame mikroschemoje su nustatyta fiksavimo zona, kurioje dedamos audinių sekcijos. Šioje fiksavimo srityje yra brūkšniniu kodu pažymėtų dėmių, kurių kiekviena atitinka unikalią erdvinę vietą audinyje. Atvirkštinės transkripcijos proceso metu iš audinio užfiksuotos RNR molekulės yra paženklintos unikaliais molekuliniais identifikatoriais (UMI). Šios brūkšninio kodo dėmės ir UMI leidžia tiksliai sudaryti erdvinius žemėlapius ir kiekybiškai įvertinti genų ekspresiją vienos ląstelės skiriamąja geba. Erdvinio brūkšninio kodo pavyzdžių ir UMI derinys užtikrina generuojamų duomenų tikslumą ir specifiškumą. Naudodami šią erdvinės transkriptomikos technologiją, mokslininkai gali įgyti gilesnį supratimą apie erdvinį ląstelių organizavimą ir sudėtingas molekulines sąveikas, vykstančias audiniuose, suteikdami neįkainojamų įžvalgų apie mechanizmus, kuriais grindžiami biologiniai procesai įvairiose srityse, įskaitant onkologiją, neuromokslą, vystymosi biologiją, imunologiją. , ir botanikos studijos.
Platforma: 10X Genomics Visium ir Illumina NovaSeq
