-
Priemonių rinkiniai
BMKCloud yra pirmaujanti bioinformatinė platforma, teikianti vieno langelio sprendimą genominėms programoms, kuria plačiai pasitiki įvairių sričių mokslininkai, įskaitant medicinos, žemės ūkio, aplinkosaugos ir kt., BMKCloud yra įsipareigojusi teikti integruotas, patikimas ir efektyvias paslaugas, įskaitant bioinformatinės analizės platformas ir įrankius. , skaičiavimo ištekliai, vieša duomenų bazė, bioinformaciniai internetiniai kursai ir kt. BMKCloud turi įvairių dažnai naudojamų bioinformatinių priemonių, įskaitant genų anotaciją, evoliucinius genetinius įrankius, ncRNR, duomenų kokybės kontrolė, surinkimas, derinimas, duomenų išgavimas, mutacijos, statistika, figūrų generatorius, sekos analizė ir kt.
-
De novo bakterijų genomo surinkimas
Teikiame pilną bakterijų genomo surinkimo paslaugą, garantuojame 0 tarpų. Tai įmanoma integruojant ilgo skaitymo sekos nustatymo technologijas, tokias kaip Nanopore ir PacBio surinkimui ir trumpo skaitymo sekos nustatymą su Illumina surinkimo patvirtinimui ir ONT nuskaitymo klaidų taisymui. Mūsų paslauga teikia visą bioinformatinę darbo eigą nuo surinkimo, funkcinės anotacijos ir pažangios bioinformatinės analizės, siekiant konkrečių tyrimų tikslų. Ši paslauga leidžia sukurti tikslius etaloninius genomus įvairiems genetiniams ir genominiams tyrimams. Be to, jis sudaro pagrindą tokioms taikomoms programoms kaip padermių optimizavimas, genų inžinerija ir mikrobų technologijų kūrimas, užtikrinant patikimus ir be spragų genominius duomenis, labai svarbius mokslinėms įžvalgoms ir biotechnologinėms naujovėms tobulinti.
-
maža RNR
Mažos RNR yra trumpos nekoduojančios RNR, kurių vidutinis ilgis yra 18-30 nt, įskaitant miRNR, siRNR ir piRNR. Buvo pranešta, kad šios mažos RNR dalyvauja įvairiuose biologiniuose procesuose, tokiuose kaip mRNR skaidymas, transliacijos slopinimas, heterochromatino susidarymas ir kt. Mažos RNR sekos analizė buvo plačiai taikoma tiriant gyvūnų/augalų vystymąsi, ligas, virusus ir kt. Maža RNR sekos analizės platforma susideda iš standartinės analizės ir pažangios duomenų gavybos. Remiantis RNR-seq duomenimis, standartine analize galima pasiekti miRNR identifikavimą ir prognozavimą, miRNR tikslinio geno prognozavimą, anotaciją ir ekspresijos analizę. Išplėstinė analizė leidžia pritaikyti miRNR paiešką ir ekstrahavimą, Venno diagramos generavimą, miRNR ir tikslinių genų tinklo kūrimą.
-
NGS-WGS („Illumina“ / BGI)
NGS-WGS yra viso genomo pakartotinio sekos analizės platforma, sukurta remiantis turtinga Biomarker Technologies patirtimi. Ši lengvai naudojama platforma leidžia greitai pateikti integruotą analizės darbo eigą, tiesiog nustatant kelis pagrindinius parametrus, kurie tinka DNR sekos nustatymo duomenims, generuojamiems iš Illumina platformos ir BGI sekos nustatymo platformos. Ši platforma yra įdiegta didelio našumo skaičiavimo serveryje, kuris suteikia galimybę labai efektyviai analizuoti duomenis per labai ribotą laiką. Galimas suasmenintas duomenų gavyba, remiantis standartine analize, įskaitant mutavusių genų užklausą, PGR pradmenų dizainą ir kt.
-
mRNR (nuoroda)
Transkriptas yra ryšys tarp genominės genetinės informacijos ir biologinės funkcijos proteomos. Transkripcijos lygio reguliavimas yra svarbiausias ir plačiausiai ištirtas organizmų reguliavimo būdas. Transkripto sekos nustatymas gali nustatyti transkripto seką bet kuriuo momentu arba bet kokiomis sąlygomis su vieno nukleotido skiriamąja geba. Jis gali dinamiškai atspindėti genų transkripcijos lygį, tuo pačiu metu nustatyti ir kiekybiškai įvertinti retus ir normalius nuorašus bei pateikti struktūrinę informaciją apie transkriptą. konkrečių nuorašų pavyzdžiai.
Šiuo metu transkripto sekos nustatymo technologija plačiai naudojama agronomijoje, medicinoje ir kitose tyrimų srityse, įskaitant gyvūnų ir augalų vystymosi reguliavimą, prisitaikymą prie aplinkos, imuninę sąveiką, genų lokalizaciją, rūšių genetinę evoliuciją ir navikų bei genetinių ligų aptikimą.
-
Metagenomika (NGS)
Ši analizės platforma skirta metagenominių šautuvų duomenų analizei remiantis ilgamete patirtimi. Ją sudaro integruota darbo eiga, apimanti įvairias dažniausiai reikalingas metagenomines analizes, įskaitant duomenų apdorojimą, rūšių lygio tyrimus, genų funkcijos lygio tyrimus, metagenomų susiejimą ir kt. Be to, standartinės analizės darbo eigoje yra pritaikytų duomenų gavybos įrankių, įskaitant genų ir rūšių užklausą. , parametrų nustatymas, personalizuotos figūros generavimas ir kt.
-
LncRNR
Ilgos nekoduojančios RNR (lncRNR) yra transkriptai, kurių ilgis didesnis nei 200 nt, kurie negali koduoti baltymų. Sukaupti įrodymai rodo, kad dauguma lncRNR greičiausiai bus funkcionalūs. Didelio našumo sekos nustatymo technologijos ir bioinformatinės analizės įrankiai įgalina mus efektyviau atskleisti lncRNR sekas ir padėties nustatymo informaciją bei leidžia atrasti lncRNR, atliekančias esmines reguliavimo funkcijas. BMKCloud didžiuojasi galėdamas suteikti savo klientams lncRNR sekos analizės platformą, kad būtų galima greitai, patikimai ir lanksčiai atlikti lncRNR analizę.
-
GWAS
Genomo masto asociacijos tyrimas (GWAS) skirtas nustatyti genetinius variantus (genotipus), susijusius su specifiniais bruožais (fenotipu). GWA tyrimai tiria genetinius žymenis per visą didelio skaičiaus individų genomą ir prognozuoja genotipo ir fenotipo asociacijas atliekant statistinę analizę populiacijos lygiu. Viso genomo pakartotinė seka gali atrasti visus genetinius variantus. Sujungus su fenotipiniais duomenimis, GWAS gali būti apdorotas siekiant nustatyti su fenotipu susijusius SNP, QTL ir kandidatų genus, o tai stipriai palaiko šiuolaikinę gyvūnų / augalų veisimą. SLAF yra pačių sukurta supaprastinta genomo sekos nustatymo strategija, kuri atranda genomo mastu paskirstytus žymenis, SNP. Šie SNP, kaip molekuliniai genetiniai žymenys, gali būti apdoroti asociacijos tyrimams su tiksliniais bruožais. Tai ekonomiškai efektyvi strategija nustatant sudėtingus bruožus, susijusius su genetinėmis variacijomis.
-
„Nanopore“ viso ilgio transkriptomika
Sudėtingos ir kintamos alternatyvios izoformos organizmuose yra svarbūs genetiniai mechanizmai, reguliuojantys genų ekspresiją ir baltymų įvairovę. Tikslus nuorašo struktūrų identifikavimas yra pagrindas nuodugniai ištirti genų ekspresijos reguliavimo modelius. Nanoporų sekos nustatymo platforma sėkmingai perkėlė transkriptominį tyrimą į izoformų lygį. Ši analizės platforma skirta analizuoti RNA-Seq duomenis, sugeneruotus Nanopore platformoje remiantis etaloniniu genomu, kuris leidžia atlikti kokybines ir kiekybines analizes tiek genų, tiek transkriptų lygiu.
-
cir-RNR
Žiedinė RNR (cirRNR) yra nekoduojančios RNR rūšis, kuri neseniai buvo nustatyta, kad ji atlieka gyvybiškai svarbų vaidmenį reguliavimo tinkluose, susijusiuose su vystymusi, atsparumu aplinkai ir kt. Skiriasi nuo linijinių RNR molekulių, pvz., mRNR, lncRNR, 3′ ir 5′ cirRNR galai yra sujungti, kad susidarytų apskrita struktūra, kuri apsaugo juos nuo egzonukleazės virškinimo ir yra stabilesni nei dauguma linijinės RNR. Nustatyta, kad CircRNA atlieka įvairias genų ekspresijos reguliavimo funkcijas. CircRNA gali veikti kaip ceRNR, kuri konkurenciškai suriša miRNR, žinoma kaip miRNR kempinė. „CirRNA“ sekos analizės platforma suteikia galimybę atlikti cirkRNR struktūros ir ekspresijos analizę, nuspėti tikslą ir atlikti bendrą analizę su kitų tipų RNR molekulėmis.
-
BSA
Masinės segregantinės analizės platformą sudaro vieno žingsnio standartinė analizė ir išplėstinė analizė su pritaikytu parametrų nustatymu. BSA yra metodas, naudojamas greitai nustatyti su fenotipu susijusius genetinius žymenis. Pagrindinę BSA darbo eigą sudaro: 1. atrenkamos dvi labai priešingų fenotipų individų grupės; 2. visų individų DNR, RNR arba SLAF-seq (sukurta Biomarker) sujungimas, kad susidarytų dvi DNR dalys; 3. diferencinių sekų nustatymas pagal etaloninį genomą arba tarp jų, 4. kandidatų susietų regionų numatymas pagal ED ir SNP indekso algoritmą; 5. Funkcinė analizė ir genų sodrinimas regionuose kandidatuose ir tt Taip pat galimas pažangesnis duomenų, įskaitant genetinių žymenų patikrinimą ir pradmenų projektavimą, gavyba.
-
„Amplikon“ (16S / 18S / ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma sukurta su ilgamete mikrobų įvairovės projektų analizės patirtimi, kuri apima standartizuotą bazinę analizę ir personalizuotą analizę: pagrindinė analizė apima pagrindinį dabartinių mikrobų tyrimų analizės turinį, analizės turinys yra turtingas ir išsamus, ir analizės rezultatai pateikiami projektų ataskaitų forma; Personalizuotos analizės turinys yra įvairus. Mėginiai gali būti atrenkami ir parametrai gali būti lanksčiai nustatyti pagal pagrindinę analizės ataskaitą ir tyrimo tikslą, kad būtų galima realizuoti individualizuotus reikalavimus. Windows operacinė sistema, paprasta ir greita.
-
Evoliucinė genetika
„Evolutionary Genetics“ yra išsami sekos nustatymo paslauga, sukurta siekiant pasiūlyti įžvalgų evoliucijos interpretaciją didelėje asmenų grupėje, remiantis genetiniais variantais, įskaitant SNP, InDels, SV ir CNV. Ši paslauga apima visas esmines analizes, reikalingas populiacijų evoliuciniams pokyčiams ir genetinėms ypatybėms išsiaiškinti, įskaitant populiacijos struktūros, genetinės įvairovės ir filogenetinių ryšių vertinimą. Be to, jis gilinasi į genų srauto tyrimus, leidžiančius įvertinti efektyvų populiacijos dydį ir skirtumo laiką. Evoliucinės genetikos tyrimai suteikia vertingų įžvalgų apie rūšių kilmę ir prisitaikymą.
BMKGENE siūlome du būdus atlikti evoliucinius genetikos tyrimus didelėse populiacijose: naudoti viso genomo sekos nustatymą (WGS) arba pasirinkti sumažintą genomo sekos nustatymo metodą, pačių sukurtą specifinio lokuso sustiprintą fragmentą (SLAF). Nors WGS tinka mažesniems genomams, SLAF pasirodo kaip ekonomiškai efektyvi alternatyva tiriant didesnes populiacijas su ilgesniais genomais, veiksmingai sumažinant sekos nustatymo išlaidas.
