-
Hi-C pagrįsta chromatino sąveika
Hi-C yra metodas, skirtas užfiksuoti genomo konfigūraciją, derinant zondavimo artumo sąveiką ir didelio našumo sekos nustatymą. Metodas pagrįstas chromatino kryžminiu ryšiu su formaldehidu, po kurio atliekamas virškinimas ir perrišimas taip, kad tik kovalentiškai susieti fragmentai sudarytų ligavimo produktus. Nustačius šių ligavimo produktų seką, galima ištirti 3D genomo organizaciją. Hi-C leidžia ištirti genomo dalių, kurios yra lengvai supakuotos (A skyriai, euchromatinas) ir labiau tikėtina, kad bus transkripcijos aktyvios, pasiskirstymą, ir regionus, kurie yra labiau supakuoti (B skyriai, heterochromatinas). Hi-C taip pat gali būti naudojamas siekiant tiksliai nustatyti topologiškai susietus domenus (TAD), genomo sritis, kurios turi sulankstytą struktūrą ir gali turėti panašius raiškos modelius, ir nustatyti chromatino kilpas, DNR sritis, sujungtas kartu su baltymais ir kurios yra dažnai praturtintas reguliavimo elementais. BMKGene Hi-C sekos nustatymo paslauga suteikia mokslininkams galimybę tyrinėti erdvinius genomikos matmenis, atverdama naujas galimybes suprasti genomo reguliavimą ir jo poveikį sveikatai ir ligoms.
-
Chromatino imunoprecipitacijos sekvenavimas (ChIP-seq)
Chromatino imunoprecipitacija (CHIP) yra metodas, kuris panaudoja antikūnus, kad selektyviai praturtintų DNR surišančius baltymus ir juos atitinkančius genomikos taikinius. Jo integracija su NGS leidžia genomo mastu profiliuoti DNR taikinius, susijusius su histono modifikacija, transkripcijos faktoriais ir kitais DNR surišančiais baltymais. Šis dinaminis metodas leidžia palyginti surišimo vietas įvairiuose ląstelių tipuose, audiniuose ar sąlygose. „ChIP-Seq“ programos apima nuo transkripcijos reguliavimo ir vystymosi būdų tyrimo iki ligų mechanizmų išaiškinimo, todėl tai yra būtina priemonė norint suprasti genomo reguliavimo kraštovaizdžius ir tobulinti terapines įžvalgas.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Viso genomo bisulfito sekos nustatymas (WGBS)
Viso genomo bisulfito sekvenavimas (WGBS) yra aukso standarto metodika, skirta nuodugniam DNR metilinimo tyrimui, ypač penktoje citozino (5 mC), pagrindinio genų ekspresijos ir ląstelių aktyvumo reguliatoriaus, pozicijoje. WGBS principas apima apdorojimą bisulfitu, skatinantį nemetilintų citozinų pavertimą uracilu (C į U), o metilinti citozinai paliekami nepakitę. Šis metodas siūlo vienos bazės skiriamąją gebą, leidžiančią mokslininkams visapusiškai ištirti metilomą ir atskleisti nenormalius metilinimo modelius, susijusius su įvairiomis sąlygomis, ypač vėžiu. Naudodami WGBS, mokslininkai gali įgyti neprilygstamų įžvalgų apie genomo masto metilinimo kraštovaizdžius, suteikdami niuansų supratimą apie epigenetinius mechanizmus, kuriais grindžiami įvairūs biologiniai procesai ir ligos.
-
Transpozazei prieinamo chromatino tyrimas su didelio našumo sekos nustatymu (ATAC-seq)
ATAC-seq yra didelio našumo sekos nustatymo metodas, naudojamas genomo masto chromatino prieinamumo analizei. Jo naudojimas suteikia gilesnį supratimą apie sudėtingus pasaulinės epigenetinės genų ekspresijos kontrolės mechanizmus. Metodas naudoja hiperaktyvią Tn5 transpozazę, kad vienu metu fragmentuotų ir žymėtų atviras chromatino sritis, įterpiant sekos nustatymo adapterius. Vėlesnė PGR amplifikacija sukuria sekos sudarymo biblioteką, kuri leidžia visapusiškai identifikuoti atviras chromatino sritis tam tikromis erdvės ir laiko sąlygomis. ATAC-seq suteikia holistinį prieinamų chromatino kraštovaizdžių vaizdą, skirtingai nuo metodų, kurie orientuojasi tik į transkripcijos faktoriaus surišimo vietas arba specifinius histonu modifikuotus regionus. Sekvenuodama šias atviras chromatino sritis, ATAC-seq atskleidžia sritis, kuriose labiau tikėtina, kad aktyvios reguliavimo sekos ir potencialios transkripcijos faktoriaus surišimo vietos, suteikdamos vertingų įžvalgų apie dinaminį genų ekspresijos moduliavimą visame genome.
-
Sumažinto bisulfito sekos nustatymas (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) DNR metilinimo tyrimuose pasirodė kaip ekonomiška ir efektyvi viso genomo bisulfito sekos (WGBS) alternatyva. Nors WGBS pateikia išsamias įžvalgas, nagrinėdamas visą genomą vienos bazės skiriamąja geba, jos didelė kaina gali būti ribojantis veiksnys. RRBS strategiškai sušvelnina šį iššūkį, selektyviai analizuodama reprezentatyvią genomo dalį. Ši metodika remiasi CpG salų turtingų regionų praturtinimu MspI skilimu, po kurio pasirenkamas 200–500/600 bps fragmentų dydis. Todėl sekvenuojami tik regionai, esantys netoli CpG salų, o tie, kuriuose yra tolimos CpG salos, neįtraukiami į analizę. Šis procesas kartu su bisulfito sekos nustatymu leidžia didelės skiriamosios gebos aptikti DNR metilinimą, o sekos nustatymo metodas PE150 daugiausia dėmesio skiria įdėklų galams, o ne viduriui, todėl padidėja metilinimo profiliavimo efektyvumas. RRBS yra neįkainojama priemonė, leidžianti ekonomiškai efektyviai atlikti DNR metilinimo tyrimus ir tobulinti žinias apie epigenetinius mechanizmus.
