Augalų/gyvūnų viso genomo sekos nustatymas
Paslaugos ypatybės
● Bibliotekos paruošimas gali būti standartinis arba be PGR
● Galima rinktis iš 4 sekos nustatymo platformų: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 arba PacBio Revio.
● Bioinformatinė analizė, orientuota į variantų aptikimą: SNP, InDel, SV ir CNV
Paslaugos privalumai
●Išsamios kompetencijos ir publikacijų įrašai: Sukaupta daugiau nei 1000 rūšių genomo sekos nustatymo patirtis lėmė daugiau nei 1000 paskelbtų atvejų, kurių bendras poveikio koeficientas viršija 5000.
●Išsami bioinformatikos analizė: Įskaitant variacijų iškvietimą ir funkcijų anotaciją.
● Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
●Išsami anotacija: Mes naudojame kelias duomenų bazes, kad galėtume funkciškai anotuoti genus su nustatytais variantais ir atlikti atitinkamą sodrinimo analizę, suteikdami įžvalgų apie kelis tyrimų projektus.
Paslaugos specifikacijos
| Variantai, kuriuos reikia nustatyti | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojamas gylis |
| SNP ir InDel | Illumina NovaSeq PE150 arba MGI T7 | 10x |
| SV ir CNV (mažiau tikslūs) | 30x | |
| SV ir CNV (tiksliau) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV ir CNV | PacBio Revio | 10x |
Pavyzdiniai reikalavimai
| Audiniai arba ekstrahuotos nukleorūgštys | „Illumina“ / MGI | Nanoporas | PacBio
| ||
| Gyvūnų vidaus organai | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Gyvūnų raumenys | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Žinduolių kraujas | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Paukštienos / žuvies kraujas | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Augalas - šviežias lapas | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivuojamos ląstelės |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Vabzdžių minkštasis audinys/individas | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Išskirta DNR
| Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Kiekis: ≥ 30 ng Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra
| Koncentracija Suma
OD260/280
OD260/230
Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra
| ≥ 40 ng/µL 4 µg srauto ląstelėje / mėginyje
1,7-2,2
≥1,5 | Koncentracija Suma
OD260/280
OD260/230
Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra | ≥ 50 ng/µL 10 µg srauto ląstelėje / mėginyje
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Bibliotekos paruošimas be PGR: Koncentracija ≥ 40 ng/µL Kiekis≥ 500 ng | |||||
Aptarnavimo darbų eiga
Mėginio pristatymas
DNR išskyrimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Duomenų pristatymas
Apima šią analizę:
- Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
- Išlygiavimo su etaloniniu genomu statistika
- Variantų identifikavimas: SNP, InDel, SV ir CNV
- Variantų funkcinė anotacija
Išlygiavimo su etaloniniu genomu statistika – sekos gylio pasiskirstymas
SNP skambinimas tarp kelių pavyzdžių
InDel identifikavimas – InDel ilgio statistika CDS regione ir viso genomo regione
Variantų pasiskirstymas visame genome – Circos brėžinys
Genų su identifikuotais variantais funkcinė anotacija – Genų ontologija
Chai, Q. ir kt. (2023) „Glutationo S-transferazė GhTT19 nustato gėlių žiedlapių pigmentaciją, reguliuodama antocianino kaupimąsi medvilnėje“, „Plant Biotechnology Journal“, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. ir kt. (2023) „Chromosomų lygio laukinis Hevea brasiliensis genomas suteikia naujų įrankių genomo pagalbai veisti ir vertingus lokusus, kad padidėtų gumos derlius“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), p. 1058–1072. doi: 10.1111 / PBI.14018.
Li, A. ir kt. (2021) „Estuarinės austrės genomas suteikia įžvalgų apie klimato poveikį ir prisitaikymo plastiškumą“, Communications Biology 2021, 4:1, 4(1), p. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. ir kt. (2022) „Kinijos vietinių viščiukų genomo ir metilinimo pokyčių analizė laikui bėgant suteikia supratimo apie rūšių išsaugojimą“, Communications Biology, 5(1), p. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
