Augalų/gyvūnų de Novo genomo sekos nustatymas
De Novosekos nustatymas reiškia viso rūšies genomo sukūrimą naudojant sekos nustatymo technologijas, kai nėra etaloninio genomo. Trečiosios kartos sekos su ilgesniu skaitymu įvedimas ir plačiai pritaikytas genomo surinkimas žymiai padidino skaitymų sutapimą. Šis patobulinimas ypač aktualus sprendžiant sudėtingus genomus, tokius kaip tie, kurie pasižymi dideliu heterozigotiškumu, dideliu pasikartojančių regionų santykiu, poliploidais ir regionais su pasikartojančiais elementais, nenormaliu GC turiniu arba dideliu sudėtingumu, kurie paprastai yra prastai surenkami naudojant trumpo nuskaitymo seką. vienas.
Mūsų vieno langelio sprendimas teikia integruotas sekos nustatymo paslaugas ir bioinformatinę analizę, kuri užtikrina aukštos kokybės de novo surinktą genomą. Pradiniame genomo tyrime su Illumina pateikiamas genomo dydžio ir sudėtingumo įvertinimas, o ši informacija naudojama vadovaujant kitam ilgai skaitomo sekos nustatymo su PacBio HiFi žingsniu, o po tode novokontigų surinkimas. Vėlesnis HiC agregato naudojimas leidžia pritvirtinti kontigus prie genomo ir gauti chromosomos lygio agregatą. Galiausiai genomas komentuojamas genų numatymu ir išreikštų genų sekos nustatymu, naudojant trumpus ir ilgus skaitymus.
Paslaugos ypatybės
● Kelių sekos nustatymo ir bioinformatikos paslaugų integravimas į vieno langelio sprendimą:
Genomo tyrimas naudojant „Illumina“, kad įvertintų genomo dydį ir nukreiptų tolesnius veiksmus;
Ilga skaitymo sekade novokontigų surinkimas;
Hi-C sekos nustatymas chromosomų tvirtinimui;
mRNR sekos nustatymas genų anotacijai;
Surinkimo patvirtinimas.
● Paslauga, tinkama naujų genomų kūrimui arba esamų etaloninių dominančių rūšių genomų tobulinimui.
Paslaugos privalumai
Sekvenavimo platformų ir bioinformatikos kūrimas inde novogenomo surinkimas
(Amarasinghe SL ir kt.,Genomo biologija, 2020)
●Didelė ekspertizė ir publikacijų įrašas: BMKGene sukaupė didžiulę patirtį kuriant aukštos kokybės įvairių rūšių genomą, įskaitant diploidinius genomus ir labai sudėtingus poliploidinių ir alopoliploidinių rūšių genomus. Nuo 2018 metų prisidėjome prie daugiau300 didelio poveikio publikacijų ir daugiau nei 20 iš jų yra paskelbta Nature Genetics.
● Vieno langelio sprendimas: mūsų integruotas požiūris sujungia kelias sekos nustatymo technologijas ir bioinformatinę analizę į vientisą darbo eigą, užtikrinančią aukštos kokybės surinktą genomą.
●Pritaikyta pagal jūsų poreikius: Mūsų paslaugų darbo eiga yra pritaikoma, todėl galima pritaikyti genomus su įvairiomis funkcijomis ir specifiniais tyrimų poreikiais. Tai apima milžiniškus genomus, poliploidinius genomus, labai heterozigotinius genomus ir kt.
●Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos ir laboratorijų komanda: turintis didelę patirtį sudėtingų genomo agregatų eksperimentinėje ir bioinformatikos srityje bei daugybę patentų ir programinės įrangos autorių teisių.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos
| Genomo tyrimas | Genomo surinkimas | Chromosomų lygis | Genomo anotacija |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi nuskaito | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (neprivaloma) Viso ilgio RNA-seq PacBio 40 Gb arba Nanopore 12 Gb |
Paslaugos reikalavimai
„Genome Survey“, „Genome Assembly“ ir „Hi-C“ surinkimui:
| Audiniai arba ekstrahuotos nukleorūgštys | Genomo tyrimas | Genomo surinkimas su PacBio | Hi-C surinkimas |
| Gyvūnų vidaus organai | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Gyvūnų raumenys | ≥ 5 g | ||
| Žinduolių kraujas | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Paukštienos / žuvies kraujas | ≥ 0,5 ml | ||
| Augalas - šviežias lapas | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Kultivuojamos ląstelės |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Vabzdys | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Išskirta DNR | Koncentracija: ≥1 ng/µL Kiekis ≥ 30 ng Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra | Koncentracija: ≥ 50 ng/µL Kiekis: 10 µg / srauto ląstelė / mėginys OD260/280=1,7-2,2 OD260/230=1,8-2,5 Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra |
-
|
Genomo anotacijai su transkriptika:
| Audiniai arba ekstrahuotos nukleorūgštys | „Illumina“ transkriptas | PacBio transkriptas | Nanoporo transkriptas |
| Augalas – šaknis/stiebas/žiedlapis | 450 mg | 600 mg | |
| Augalas – Lapas/sėkla | 300 mg | 300 mg | |
| Augalas – vaisius | 1,2 g | 1,2 g | |
| Gyvūno širdis/žarnynas | 300 mg | 300 mg | |
| Gyvūno vidaus organai / smegenys | 240 mg | 240 mg | |
| Gyvūnų raumenys | 450 mg | 450 mg | |
| Gyvūnų kaulai/plaukai/oda | 1 g | 1 g | |
| Nariuotakojis – vabzdys | 6 | 6 | |
| Nariuotakojai - Vėžiagyviai | 300 mg | 300 mg | |
| Visas kraujas | 1 vamzdelis | 1 vamzdelis | |
| Išskirta RNR | Koncentracija: ≥ 20 ng/µL Kiekis ≥ 0,3 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Koncentracija: ≥ 100 ng/µL Kiekis ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Koncentracija: ≥ 100 ng/µL Kiekis ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
(Daugelio mėginių rekomenduojame nelaikyti etanolyje.)
Mėginių ženklinimas: Mėginiai turi būti aiškiai paženklinti ir identiški pateiktoje pavyzdžio informacijos formoje.
Siuntimas: sausas ledas: mėginius pirmiausia reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
Darbo eiga
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
DNR išskyrimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Pilna bioinformatinė analizė, suskirstyta į 4 etapus:
1) Genomo tyrimas, pagrįstas k-mer analize su NGS:
Genomo dydžio įvertinimas
Heterozigotiškumo įvertinimas
Pasikartojančių regionų įvertinimas
2) Genomo surinkimas su PacBio HiFi:
De novosurinkimas
Surinkimo įvertinimas: įskaitant BUSCO analizę genomo išsamumui nustatyti ir NGS bei PacBio HiFi rodmenų atvaizdavimą
3) Hi-C surinkimas:
Hi-C bibliotekos QC: galiojančių Hi-C sąveikų įvertinimas
Hi-C surinkimas: kontigų suskirstymas į grupes, po to kontigų išdėstymas kiekvienoje grupėje ir kontigų orientacijos priskyrimas
Hi-C įvertinimas
4) Genomo anotacija:
Nekoduojanti RNR prognozė
Pasikartojančių sekų identifikavimas (transpozonai ir tandeminiai pakartojimai)
Genų prognozė
§De novo: ab initio algoritmai
§ Remiantis homologija
§ Remiantis transkriptu, su ilgais ir trumpais skaitymais: skaitoma yrade novosurinkti arba susieti su juodraščio genomu
§ Numatytų genų anotacija su keliomis duomenų bazėmis
1) Genome Survey- k-mer analizė
2) Genomo surinkimas
2) Genomo surinkimas – PacBio HiFi nuskaito susiejimą su juodraščiu
2) Hi-C Assembly – Hi-C galiojančių sąveikų porų įvertinimas
3) Hi-C įvertinimas po surinkimo
4) Genomo anotacija – prognozuojamų genų integracija
4) Genomo anotacija – prognozuojamų genų anotacija
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene de novo genomo surinkimo paslaugos, per kuruojamą publikacijų rinkinį:
Li, C. ir kt. (2021) „Genomo sekos atskleidžia pasaulinius sklaidos kelius ir siūlo konvergencinius genetinius prisitaikymus jūrų arkliuko evoliucijoje“, Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Li, Y. ir kt. (2023) „Didelio masto chromosomų pokyčiai lemia genomo lygio ekspresijos pokyčius, prisitaikymą prie aplinkos ir gajaus (Bos frontalis) specifiką“, Molekulinė biologija ir evoliucija, 40(1). doi: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
Tian, T. ir kt. (2023) „Žymios sausrai atsparios kukurūzų gemalų genomo surinkimas ir genetinis išskyrimas“, Nature Genetics 2023, 55:3, 55(3), p. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. ir kt. (2023) „Tropano alkaloidų biosintezės evoliucijos atskleidimas analizuojant du Solanaceae šeimos genomus“, Nature Communications 2023, 14:1, 14(1), p. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Sudėtingi atvejų tyrimai:
Telomerų-telomerų surinkimas:Fu, A. ir kt. (2023) „Karčiojo meliono (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) genomo telomeras ir telomeras atskleidžia vaisių vystymosi, sudėties ir nokinimo genetines ypatybes“, Sodininkystės tyrimai, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotipo surinkimas:Hu, W. ir kt. (2021) „Alelių apibrėžtas genomas atskleidžia dvialelinę diferenciaciją kasavos evoliucijos metu“, Molecular Plant, 14(6), p. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Milžiniškas genomo surinkimas:Yuan, J. ir kt. (2022) „Medžio bijūno Paeonia ostii gigachromosomų ir gigagenomo genominis pagrindas“, Nature Communications 2022, 13:1, 13(1), p. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploidinio genomo surinkimas:Zhang, Q. ir kt. (2022) „Genominės įžvalgos apie neseniai įvykusį autopoliploidinių cukranendrių Saccharum spontaneum chromosomų redukciją“, Nature Genetics 2022, 54:6, 54(6), p. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
