PacBio 2+3 viso ilgio mRNR tirpalas
Savybės
● Studijų dizainas:
Sujungti mėginiai, sekvenuoti naudojant PacBio, siekiant nustatyti transkripto izoformas
Atskiri mėginiai (pakartojimai ir tikrintinos sąlygos), suskirstyti į sekąNGS, kad būtų galima kiekybiškai įvertinti nuorašo išraišką
● PacBio sekvenavimas CCS režimu, generuojantis HiFi skaitymus
● Viso ilgio nuorašų seka
● Analizei nereikia etaloninio genomo; tačiau jis gali būti naudojamas
● Bioinformatinė analizė apima ne tik ekspresiją genų ir izoformų lygiu, bet ir lncRNR, genų susiliejimo, poliadenilinimo ir genų struktūros analizę.
Privalumai
● Didelis tikslumas: HiFi nuskaito >99,9 % tikslumu (Q30), palyginama su NGS
● Alternatyvi sujungimo analizė: visų transkriptų seka leidžia identifikuoti ir apibūdinti izoformą.
● PacBio ir NGS stipriųjų pusių derinys: leidžia kiekybiškai įvertinti ekspresiją izoformų lygiu, atskleidžiant pokyčius, kurie gali būti užmaskuoti analizuojant visą geno ekspresiją
● Didelė kompetencija: įvykdžiusi daugiau nei 1100 PacBio pilno ilgio transkripto projektų ir apdorojusi daugiau nei 2300 pavyzdžių, mūsų komanda kiekvienam projektui suteikia daug patirties.
● Pagalba po pardavimo: mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Pavyzdžių reikalavimai ir pristatymas
| biblioteka | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| PolyA praturtinta mRNR CCS biblioteka | „PacBio“ tęsinys II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Poli A praturtintas | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidai
|
| Konc. (ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Sąžiningumas |
| Illumina biblioteka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalams: RIN≥4,0; Gyvūnams: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
| PacBio biblioteka | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ant gelio rodomas ribotas baltymų ar DNR užterštumas arba jo nėra. | Augalai: RIN≥7,5 Gyvūnai: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ribotas arba jo nėra |
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Talpykla: 2 ml centrifugos mėgintuvėlis (Alavo folija nerekomenduojama)
Mėginio ženklinimas: Grupė+pakartojimas pvz. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siuntimas:
1. Sausas ledas:Mėginius reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sausame lede.
2. RNR stabilūs mėgintuvėliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo mėgintuvėlyje (pvz., RNAstable®) ir gabenti kambario temperatūroje.
Apima šią analizę:
Neapdorotų duomenų kokybės kontrolė
Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
Fusion transkripto analizė
Alternatyvi sujungimo analizė
Lyginamoji universaliųjų vieno kopijų ortologų (BUSCO) analizė
Nauja nuorašo analizė: kodavimo sekų (CDS) numatymas ir funkcinė anotacija
lncRNR analizė: lncRNR ir taikinių numatymas
„MicroSatelite Identification“ (SSR)
Diferencijiškai išreikštų transkriptų (DET) analizė
Diferencijiškai išreikštų genų (DEG) analizė
Funkcinė DEG ir DET anotacija
BUSCO analizė
Alternatyvi sujungimo analizė
Alternatyvi poliadenilinimo analizė (APA)
Skirtingai išreikšti genai (DEG) ir nuorašai (DET9 analizė).
DET ir DEG baltymų ir baltymų sąveikos tinklai
Išbandykite pažangą, kurią palengvino BMKGene PacBio 2+3 viso ilgio mRNR sekos nustatymas per kuruojamą publikacijų kolekciją.
Chao, Q. ir kt. (2019) „Populus stiebo transkripto vystymosi dinamika“, „Plant Biotechnology Journal“, 17(1), p. 206–219. doi: 10.1111 / PBI.12958.
Deng, H. ir kt. (2022) „Dinaminiai askorbo rūgšties kiekio pokyčiai vaisiams vystantis ir Actinidia latifolia (askorbato turtingas vaisių derlius) ir su juo susiję molekuliniai mechanizmai brendant vaisiams“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. ir kt. (2022) „Efektyvi biosintetinio kelio genų, dalyvaujančių bioaktyviuose polifilinuose Paryžiaus polyphylla, numatymas“, Communications Biology 2022, 5:1, 5(1), p. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ir kt. (2023) „Tuta absoluta (Meyrick) transkripto ir citochromo P450 genų kombinuota PacBio Iso-Seq ir Illumina RNA-Seq analizė“, Vabzdžiai, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ir kt. (2019) „Transkripto sudėtingumo tyrimas naudojant PacBio vienos molekulės analizę realiuoju laiku kartu su Illumina RNR sekos nustatymu, siekiant geriau suprasti ricinolio rūgšties biosintezę Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), p. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
