Be nuorodos pagrįstų mRNR sekos-NG
Savybės
● Poli mRNR užfiksavimas prieš paruošimą bibliotekai
● Nepriklausomai nuo bet kokio etaloninio genomo: Remiantis nuorašų de novo surinkimu, generuojant unigenų, anotuojamų su keliomis duomenų bazėmis, sąrašą (NR, Šveicarijos-PROT, COG, KOG, Eggnog, PFAM, Go, KEGG)
● Išsami bioinformatinė genų ekspresijos ir nuorašo struktūros analizė
Aptarnavimo pranašumai
●Didelė patirtis: „Bmkgene“ apdorojant daugiau nei 600 000 mėginių apdorojimo, apimančio įvairius mėginių tipus, tokius kaip ląstelių kultūros, audiniai ir kūno skysčiai, mūsų komanda suteikia daug patirties kiekvienam projektui. Mes sėkmingai uždarėme daugiau nei 100 000 mRNR-SEQ projektų įvairiose tyrimų srityse.
●Griežta kokybės kontrolė: Mes įgyvendiname pagrindinius kontrolės taškus visuose etapuose, pradedant nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekos nustatymo ir bioinformatikos. Šis kruopštus stebėjimas užtikrina nuolat aukštos kokybės rezultatus.
● Išsami anotacija: Mes naudojame kelias duomenų bazes, kad funkciškai komentuojame skirtingai išreikštus genus (DEG) ir atliekame atitinkamą praturtinimo analizę, suteikdami įžvalgų apie ląstelių ir molekulinius procesus, kuriais grindžiamas transkripto atsakas.
●Palaikymas po pardavimo: Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto pabaigą su 3 mėnesių aptarnavimo laikotarpiu po pardavimo. Per tą laiką mes siūlome projekto tolesnius veiksmus, pagalbą trikčių šalinimui ir klausimų ir atsakymų sesijoms, kad išspręstume bet kokius su rezultatus susijusius klausimus.
Imties reikalavimai ir pristatymas
| Biblioteka | Sekos strategija | Rekomenduojami duomenys | Kokybės kontrolė |
| Poli a praturtintas | „Illumina PE150“ DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Imties reikalavimai:
Nukleotidai:
| Konc. (Ng/μl) | Kiekis (μg) | Grynumas | Vientisumas |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Ribotas baltymų ar DNR užterštumas, parodytas ant gelio. | Augalams: RIN ≥ 4,0; Gyvūnams: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S ≥1,0; Ribotas arba jo nėra pradiniame aukštyje |
● Augalai:
Šaknis, kamienas ar žiedlapis: 450 mg
Lapai ar sėkla: 300 mg
Vaisiai: 1,2 g
● Gyvūnas:
Širdis ar žarnynas: 300 mg
Vėžė arba smegenys: 240 mg
Raumenys: 450 mg
Kaulai, plaukai ar oda: 1G
● Narofodai:
Vabzdžiai: 6g
Crustacea: 300 mg
● Visas kraujas: 1 vamzdis
● Ląstelės: 106 ląstelės
Rekomenduojamas pavyzdžių pristatymas
Konteineris: 2 ml centrifugos vamzdis (alavo folija nerekomenduojama)
Imties ženklinimas: grupė+pakartoja EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Siunta:
1. Sausas ledas: mėginius reikia supakuoti į maišus ir palaidoti sauso ledo.
2. RNASTABLE vamzdeliai: RNR mėginius galima džiovinti RNR stabilizavimo vamzdyje (pvz., RNASTABLE®) ir išsiunčiami kambario temperatūroje.
Aptarnavimo darbo srautas
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Bioinformatika
Transkripto surinkimas ir unigeno pasirinkimas
„Unigene“ anotacija
Imties koreliacija ir biologinių pakartojimų įvertinimas
Diferencijuotai išreikšti genai (DEG)
Funkcinis DEG anotacija
Funkcinis DEG praturtinimas
Ištirkite pažangą, kurią palengvina Bmkgene eukariotų NGS mRNR sekos nustatymo paslaugos per kurtą leidinių kolekciją.
Shen, F. et al. (2020 m.) „De novo transkripto surinkimas ir lyties šališkumo genų ekspresija amūrų šamų (Silurus asotus) lytinėse liaukose“, „Genomics“, 112 (3), p. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „Sacharozės metabolizmo transkriptoma analizė lempučių patinimo ir vystymosi metu svogūnų (Allium cepa L.)“, „Frontiers in Plant Science“, 7 (rugsėjis), p. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo“ asamblėja, apibūdinimas ir anotacija Sarcocheilichthys sinensis transkriptomui “,„ PLoS One “, 12 (2). doi: 10.1371/Journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021 m.) „De novo transkripto analizė suteikia įžvalgos apie druskos toleranciją podocarpus makrofilliui esant druskingumo stresui“, BMC augalų biologija, 21 (1), p. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/paveikslai/9.
