mRNR seka (NGS) su etaloniniu genomu
RNA-seq yra standartinė gyvybės ir augalininkystės mokslų priemonė, mažinanti atotrūkį tarp genomų ir proteomų. Jo stiprybė yra naujų nuorašų atradimas ir jų išraiškos kiekybinis įvertinimas viename tyrime. Jis plačiai naudojamas lyginamiesiems transkriptominiams tyrimams, atskleidžiantiems genus, susijusius su įvairiais bruožais ar fenotipais, pavyzdžiui, lyginant mutantus su laukiniais tipais arba atskleidžiant genų ekspresiją tam tikromis sąlygomis. BMKCloud mRNA (Reference) APP integruoja ekspresijos kiekybinį nustatymą, diferencinę ekspresijos analizę (DEG) ir sekos struktūros analizę į mRNA-seq (NGS) bioinformatikos vamzdyną ir sujungia panašios programinės įrangos stipriąsias puses, užtikrindama patogumą ir patogumą vartotojui. Vartotojai gali įkelti savo RNA-seq duomenis į debesį, kur programėlė siūlo išsamų, vieno langelio bioinformatinės analizės sprendimą. Be to, ji teikia pirmenybę klientų patirčiai, siūlydama individualizuotas operacijas, pritaikytas pagal konkrečius vartotojų poreikius. Vartotojai gali patys nustatyti parametrus ir pateikti dujotiekio misiją, patikrinti interaktyvią ataskaitą, peržiūrėti duomenis / diagramas ir atlikti duomenų gavybą, pvz., tikslinio geno parinkimą, funkcinį klasterizavimą, diagramų sudarymą ir kt.
Platforma:„Illumina“, MGI
Strategija:RNR-Seq
Išdėstymas: Sulyginti, švarūs duomenys.
Bibliotekos tipas:fr-unranded, fr-firstrand arba fr-secondrand
Skaitymo trukmė:150 bp
Failo tipas:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz arba *.fq.gz. Sistema busautomatiškai susieti .fastq failus pagal jų pavadinimus,pvz., *_1.fastq suporuotas su *._2.fastq.
Mėginių skaičius:Skaičiui nėra jokių apribojimųmėginių, tačiau analizės laikas ilgės didėjant jų skaičiuipavyzdžiai auga.
Rekomenduojamas duomenų kiekis:6G vienam mėginiui