Genomo evoliucija, pangenomas
Kas yra „Pan-Genome“?
Sukauptos įrodymai rodo, kad skirtumai tarp skirtingų rūšių padermių gali būti didžiulis. Vienas genomas yra toli gražu ne tiek, kad būtų galima gauti visą genetinės informacijos apie vienos rūšies vaizdą. Pan-genomo tyrimo tikslas yra gauti išsamesnį rūšies genominį grafiką ir iššifruoti ryšius tarp bruožų ir genetinių kodų, atliekant daugybės padermių genomo de novo surinkimą, o tai leidžia gilesnį ir platesnį variacijų kasybą.
Pan-genomo tyrimo tendencijos
1 paveikslas Pan-genomo paskelbtų tyrimų dokumentų tendencijos.
Pastaba: paveiksle parodytas „pan-genomo“ kaip pagrindinis žodis ieškant straipsnių, paskelbtų gamtos, ląstelių ir mokslo serijos žurnaluose, rezultatas
a. Skaitymai iš kelių pavyzdžių yra suderinti su etalonine, o nevienodos yra surinktos į naujus kontigus. Pridėjus šiuos naujus kontigus prie pradinės etaloninės sekos, galima sukurti „Pangenome“ nuorodą. Išleistini regionai nustatomi remiantis visų skaitymų žemėlapiais atgal į pangenomą.
b. De novo, daugybinių prieigų genomų surinkimas leidžia viso genomo suderinimo metodams nustatyti neišspręstus genomo sritis.
c. Pan-genomo grafiką galima sudaryti iš viso genomo suderinimo arba de novo grafiko surinkimo, kuris efektyviai saugo variantinę informaciją apie išskirtinius regionus kaip unikalius kelius per diagramą.
Kaip sukonstruoti pan-genomą?
2 paveikslas1
a. Skaitymai iš kelių pavyzdžių yra suderinti su etalonine, o nevienodos yra surinktos į naujus kontigus. Pridėjus šiuos naujus kontigus prie pradinės etaloninės sekos, galima sukurti „Pangenome“ nuorodą. Išleistini regionai nustatomi remiantis visų skaitymų žemėlapiais atgal į pangenomą.
b. De novo, daugybinių prieigų genomų surinkimas leidžia viso genomo suderinimo metodams nustatyti neišspręstus genomo sritis.
c. Pan-genomo grafiką galima sudaryti iš viso genomo suderinimo arba de novo grafiko surinkimo, kuris efektyviai saugo variantinę informaciją apie išskirtinius regionus kaip unikalius kelius per diagramą.
Neseniai paskelbtos paneromos
● Rapsų pan-genomai2
● Pomidorų pan-genomai 3
● Ryžių pan -Genome4
● Saulėgrąžų pan-genomas5
● Sojų pupelių pan-genomas 6
● Ryžių pan-genomas7
● Miežių pan-genomas8
● Kviečių pan-genomas9
● sorgo pan-genomas10
● Fitoplanktono pan-genomas11
Nuoroda
1. „Bayer PE“, „Golicz AA“, „Scheben A“, „Batley J“, Edwardsas D. Augalų pan-genomai yra naujoji nuoroda. NAT augalai. 2020; 6 (8): 914–920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J ir kt. Aštuoni aukštos kokybės genomai atskleidžia „Brassica Napus“ pan-genomo architektūrą ir ekotipo diferenciaciją. NAT augalai. 2020; 6 (1): 34–45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H ir kt. Pomidorų pan-genomas atskleidžia naujus genus ir retą alelį, reguliuojantį vaisių skonį. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H ir kt. Pan-genomo analizė pabrėžia auginamų ir laukinių ryžių genomo pokyčių mastą [paskelbta pataisa pasirodo NAT Genet. 2018 m. Rugpjūčio 50 d. (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278–284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M ir kt. Saulėgrąžų pan-genomo analizė rodo, kad hibridizacija pakeitė genų kiekį ir atsparumą ligoms. NAT augalai. 2019; 5 (1): 54–62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu y, du H, Li P ir kt. Laukinių ir auginamų sojų pupelių pan-genomas. Ląstelė. 2020; 182 (1): 162-176.e13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H ir kt. 33 genetiškai įvairių ryžių prieigų pan-genomo analizė atskleidžia paslėptus genomo variantus [paskelbta internete prieš spausdinimą, 2021 m. Gegužės 25 d.]. Ląstelė. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G ir kt. Miežių pan-genome atskleidžia paslėptą mutacijų veisimo palikimą. Prigimtis. 2020; 588 (7837): 284–289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C ir kt. Keli kviečių genomai atskleidžia pasaulinius šiuolaikinio veisimo pokyčius. Prigimtis. 2020; 588 (7837): 277–283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J ir kt. Dideli auginamo ir laukinio sorgo pan-genomo skirtumai [paskelbta internete prieš spausdinimą, 2021 m. Gegužės 20 d.]. NAT augalai. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Ventiliatorius X, Qiu H, Han W ir kt. Fitoplanktono pangenomas atskleidžia didelį prokariotinių horizontalų genų perdavimą įvairioms funkcijoms. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Paskelbta 2020 m. Balandžio 29 d. Doi: 10.1126/sciadv.aba0111
Pašto laikas: 2012 m. Sausio-04 d