T2T genomo surinkimas, be spragos genomas
1stDu ryžių genomai1
Pavadinimas: „Xian“/„Indica Rice“ dviejų spragų, neturinčių atskaitos genomų, surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia įžvalgą apie augalų centromerų architektūrą
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Paskelbtas laikas: 2021 m. Sausio 1 d.
Institutas: Huazhong žemės ūkio universitetas, Kinija
Medžiagos
O. Sativa Xian/IndicaRyžių veislės 'Zhenshan 97 (ZS97) ir' Minghui 63 (MH63)
Sekos strategija
NGS skaityti + hifi skaityti + clr skaityti + bionano + hi-c
Duomenys:
ZS97: 8,34 GB （~ 23x） HIFI skaito + 48,39 GB (~ 131x) CLR skaitys + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys ląstelės
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI skaito + 48,97 GB (~ 132x) CLR skaitys + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys ląstelės
1 paveikslas Du ryžių genomai be tarpo (MH63 ir ZS97)
2ndBananų genomas2
Pavadinimas: Telomero iki telomero bananų chromosomos, naudojant nanoporų seką
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Paskelbtas laikas: 2021 m. Balandžio 17 d.
Institutas: Paris-Saclay universitetas, Prancūzija
Medžiagos
Dvigubas haploidasMusa AcuminatasppMalaccensis(DH-Pahang)
Sekos strategija ir duomenys:
„Hiseq2500 PE250 Mode+ Minion“/ „Promethion“ (93 GB, ~ 200x)+ optinis žemėlapis (DLE-1+ BSPQ1)
1 lentelė Musa acuminata (DH-Pahang) genomo rinkinių palyginimas
2 pav. Musa genomų architektūros palyginimas
3rdPhaeodactylum tricornutum genomas3
Pavadinimas: Telomere-to-Telomere genomo surinkimasP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Paskelbtas laikas: 2021 m. Gegužės 4 d
Institutas: Vakarų universitetas, Kanada
Medžiagos
Phaeodactylum tricornutum(Dumblių ir pirmuonių CCAP kultūros kolekcija 1055/1)
Sekos strategija ir duomenys:
1 „Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75“ suporuotos vidurio vidurio „NextSeq 550 Run“
3 paveikslas
4thŽmogaus CHM13 genomas4
Pavadinimas: Visiška žmogaus genomo seka
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Paskelbtas laikas: 2021 m. Gegužės 27 d
Institutas: Nacionaliniai sveikatos institutai (NIH), JAV
Medžiagos: Ląstelių linija CHM13
Sekos strategija ir duomenys:
30 × „Pacbio“ apskrito sutarimo sekos nustatymas (HIFI), 120 × Oksfordo nanoporo ypač ilgo skaitymo sekos nustatymas, 100 × Illumina PGR SEKSUMA ir „Strand-Seq“
2 lentelė. GRCH38 ir T2T-CHM13 žmogaus genomo rinkinių palyginimas
Nuoroda
1.Sergey Nurk ir kt. Visa žmogaus genomo seka. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser ir kt. Telomero iki telomero bananų chromosomos, naudojant nanoporų seką. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere ir kt. Phaeodactylum tricornutum telomere-to-Telomere genomo surinkimas. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Dviejų „Xian“/„Indica“ ryžių atskaitos genomų surinkimas ir patvirtinimas atskleidžia įžvalgą apie augalų centromerų architektūrą. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Pašto laikas: 2012 m. Sausio-06 d