Genomas
Chromosomų masto surinkimas ir biomasės pasėlių miscanthus lutariparius genomo analizė
Nanoporo sekos nustatymas | Illumina | Hi-C | RNR sekos | Filogenija
Šiame tyrime „Biomarker Technologies“ teikė techninę paramą nanoporų sekos nustatymui, de novo genomo surinkimui, hi-c pagalbos surinkimui ir kt.
Anotacija
Miscanthus, šakniastiebių daugiametis augalas, turi didelę bioenergijos gamybą dėl didelės biomasės ir tolerancijos stresui. Mes pranešame apie chromosomų masto rinkinįMiscanthus lutaripariusGenomas derinant Oksfordo nanoporų seką ir „Hi-C“ technologijas. 2,07 GB agregatas apima 96,64% genomo, kurio Contig N50 yra 1,71 MB. Centromerų ir telomerų sekos yra surinktos atitinkamai visoms 19 chromosomų ir 10 chromosomos. Allotetraploidinė M. lutariparius kilmė yra nuspalvinta naudojant centromerinius palydovų pakartojimus. Aiškiai parodomos tetraploidinės genomo struktūros ir keli chromosomų pertvarkymai, palyginti su sorgu. Tandemo kopijos genaiM. Lutaripariusyra funkciniai praturtinami ne tik atsižvelgiant į reagavimą į stresą, bet ir ląstelių sienelių biosintezę. Genų šeimos, susijusios su atsparumu ligoms, ląstelių sienelių biosintezei ir metalo jonų transportavimui, yra labai išplėstos ir išsivysčiusios. Šių šeimų išplėtimas gali būti svarbus genomo pagrindas tobulinti nepaprastus bruožusM. Lutariparius.
Pagrindinė genomo surinkimo statistika
Figūra. M. Lutariparius genomo surinkimo apžvalga
Naujienos ir akcentai Siekiama pasidalyti naujausiais sėkmingais atvejais su „Biomarker Technologies“, užfiksuoti naujus mokslinius pasiekimus ir ryškius tyrimo metu taikomus metodus.
Pašto laikas: 2012 m. Sausio-05 d