„Nanopore“ viso ilgio transkriptas

Nanopore transkriptų seka yra galingas viso ilgio cDNR sekos nustatymo metodas, tiksliai nustatant ir kiekybiškai įvertinant nuorašo izoformą. „BMKCloud Nanopore“ viso ilgio transkripto vamzdynas yra skirtas analizuoti RNR-Seq duomenis, generuojamus nanoporo platformoje, palyginti su aukštos kokybės gerai antikuliniu etaloniniu genomu, užtikrinančiu kokybinę ir kiekybinę analizę tiek geno, tiek nuorašo lygiu. Po kokybės kontrolės gaunamos viso ilgio nechimerinės (FLNC) sekos ir sutarimo sekos susiejamos su etaloniniu genomu, kad būtų pašalinti nereikalingi nuorašai. Iš šio nuorašo rinkinio išraiška yra kiekybiškai įvertinta ir diferencijuotai ekspresuojami genai, o nuorašai yra identifikuojami ir funkciškai anotuojami. Dujotiekis taip pat apima alternatyvią poliadenilinimo (APA) analizę, alternatyvią sujungimo analizę, paprastos sekos pakartojimo (SSR) analizę, LNCRNR prognozę ir atitinkamus taikinius, kodavimo sekų (CDS), genų šeimos analizės prognozavimą, naujų genų prognozavimą naujų genų prognozė ir funkcinis nuorašų anotacija.