● Dvi egzomo plokštės, kurias galima įsigyti pagal tikslinį praturtėjimą zondais: Tikrai pasirinkite „Human All Exon V6“ (Agilent) ir XGEN egzomo hibridizacijos skydas V2 (IDT).
● „Illumina NovaSeq“ sekos nustatymas.
● Bioinformatinis dujotiekis, nukreiptas į ligos analizę ar naviko analizę.
●Nukreipia į baltymų kodavimo regioną: Fiksuodamas ir seka baltymų kodavimo sritis, HWES naudojama atskleisti variantus, susijusius su baltymų struktūra.
●Ekonomiškai efektyvu:HWES gauna maždaug 85% su žmonėmis susijusių mutacijų iš 1% žmogaus genomo.
●Didelis tikslumas: Esant dideliam sekos gyliui, HWES palengvina tiek bendrų variantų, tiek retų variantų aptikimą, kurio dažniai yra mažesni nei 1%.
●Griežta kokybės kontrolė: Mes įgyvendiname penkis pagrindinius valdymo taškus visuose etapuose, pradedant nuo mėginių ir bibliotekos paruošimo iki sekos nustatymo ir bioinformatikos. Šis kruopštus stebėjimas užtikrina nuolat aukštos kokybės rezultatus.
●Išsami bioinformatikos analizė: Mūsų dujotiekis neapsiriboja etaloninio genomo variantų nustatymu, nes jame yra pažangi analizė, skirta konkrečiai nagrinėti tyrimo klausimus, susijusius su genetiniais ligų ar naviko analizės aspektais.
●Palaikymas po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto pabaigą su 3 mėnesių aptarnavimo laikotarpiu po pardavimo. Per tą laiką mes siūlome projekto tolesnius veiksmus, pagalbą trikčių šalinimui ir klausimų ir atsakymų sesijoms, kad išspręstume bet kokius su rezultatus susijusius klausimus.
Egzono gaudymo strategija | Sekos strategija | Rekomenduojamas duomenų išvestis |
Tikrai pasirinkite „Human All Exon V6“ (Agilent) arba „XGEN EXOME“ hibridizacijos skydelis V2 (IDT)
| „Illumina NovaSeq PE150“ | 5–10 GB Dėl Mendelio sutrikimų/retų ligų:> 50x Naviko mėginiams: ≥ 100x |
Mėginio tipas
| Suma(QUBIT®)
| Koncentracija | Tūris
| Grynumas („Nanodrop ™“) |
Genominė DNR
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,8–2,0 Jokio skilimo, jokio užteršimo
|
Bioinformatinė HWES-disaze mėginių analizė apima:
● Duomenų sekos nustatymas QC
● Remiantis genomo suderinimu
● SNP ir indelių identifikavimas
● SNP ir indelių funkcinis anotacija
Bioinformatinė naviko mėginių analizė apima:
● Duomenų sekos nustatymas QC
● Remiantis genomo suderinimu
● SNP, indelių ir somatinių variantų identifikavimas
● lytinių linijų variantų identifikavimas
● Mutacijų parašų analizė
● Pavaros genų identifikavimas remiantis funkcijų padidėjimo mutacijomis
● Mutacijos anotacija jautrumo vaistams lygiu
● Heterogeniškumo analizė - grynumo ir ploidijos apskaičiavimas
Duomenys QC - „Exome“ fiksavimo statistika
Varianto identifikavimas - „Indels“
Išplėstinė analizė: kenksmingų SNP/indelių identifikavimas ir pasiskirstymas - „Circos“ diagrama
Naviko analizė: Somatinių mutacijų identifikavimas ir pasiskirstymas - Circos diagrama
Naviko analizė: kloninės linijos