Hi-C pagrįstas genomo surinkimas
Hi-C yra metodas, skirtas užfiksuoti chromosomų konfigūraciją, derinant zondavimo artumu pagrįstą sąveiką ir didelio našumo sekos nustatymą. Manoma, kad šių sąveikų intensyvumas neigiamai koreliuoja su fiziniu atstumu chromosomose. Todėl Hi-C duomenys naudojami vadovaujantis surinktų sekų grupavimui, išdėstymui ir orientavimui juodraščio genome ir jas pritvirtinti prie tam tikro skaičiaus chromosomų. Ši technologija suteikia galimybę sudaryti chromosomų lygio genomą, jei nėra populiacijos genetinio žemėlapio. Kiekvienam genomui reikalingas Hi-C.
Paslaugos ypatybės
● Sekos nustatymas Illumina NovaSeq naudojant PE150.
● Aptarnavimui reikia, kad audinių mėginiai, o ne ekstrahuotos nukleino rūgštys, susijungtų su formaldehidu ir išsaugotų DNR ir baltymų sąveiką.
● Hi-C eksperimentas apima lipnių galų apribojimą ir galutinį taisymą biotinu, o po to susidariusius bukus galus cirkuliariai išsaugant sąveiką. Tada DNR ištraukiama streptavidino granulėmis ir išgryninama tolesniam bibliotekos paruošimui.
Paslaugos privalumai
„Hi-C“ apžvalga
(Lieberman-Aiden E ir kt.,Mokslas, 2009)
●Genetinių populiacijos duomenų poreikio panaikinimas:Hi-C pakeičia esminę informaciją, reikalingą kontiginiam inkaravimui.
●Didelis žymeklio tankis:dėl to aukštas tvirtinimo koeficientas viršija 90%.
●Didelės kompetencijos ir publikacijų įrašai:BMKGene turi didelę patirtį su daugiau nei 2000 Hi-C genomo surinkimo atvejų iš 1000 skirtingų rūšių ir įvairių patentų. Daugiau nei 200 paskelbtų atvejų kaupiamasis poveikio koeficientas viršija 2000.
●Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos komanda:Turėdama vidinius patentus ir programinės įrangos autorių teises, skirtas Hi-C eksperimentams ir duomenų analizei, savarankiškai sukurta vizualizavimo duomenų programinė įranga leidžia rankiniu būdu perkelti blokus, apversti, atšaukti ir perdaryti.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
●Išsami anotacija: naudojame kelias duomenų bazes, kad galėtume funkciškai anotuoti genus su nustatytais variantais ir atlikti atitinkamą sodrinimo analizę, suteikdami įžvalgų apie kelis tyrimų projektus.
Paslaugos specifikacijos
| Bibliotekos paruošimas | Sekos nustatymo strategija | Rekomenduojama duomenų išvestis | Kokybės kontrolė |
| Hi-C biblioteka | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85 % |
Pavyzdiniai reikalavimai
| Audinys | Reikalinga suma |
| Gyvūnų vidaus organai | ≥ 2 g |
| Gyvūnų raumenys | |
| Žinduolių kraujas | ≥ 2 ml |
| Paukštienos / žuvies kraujas | |
| Augalas - šviežias lapas | ≥ 3 g |
| Kultivuojamos ląstelės | ≥ 1x107 |
| Vabzdys | ≥ 2 g |
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
1) Neapdorotų duomenų QC
2) Hi-C bibliotekos QC: galiojančių Hi-C sąveikų įvertinimas
3) Hi-C surinkimas: kontigų suskirstymas į grupes, po to kontigų išdėstymas kiekvienoje grupėje ir kontigų orientacijos priskyrimas
4) Hi-C įvertinimas
Hi-C Library QC – Hi-C galiojančių sąveikų porų įvertinimas
Hi-C Assembly – statistika
Įvertinimas po surinkimo – signalo intensyvumo tarp dėžių šilumos žemėlapis
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene Hi-C surinkimo paslaugos per kuruojamą leidinių rinkinį.
Tian, T. ir kt. (2023) „Žymios sausrai atsparios kukurūzų gemalų genomo surinkimas ir genetinis išskyrimas“, Nature Genetics 2023, 55:3, 55(3), p. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL ir kt. (2020) „Azijos bičių Apis cerana genomo chromosomų masto surinkimas“, „Genetikos ribos“, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. ir kt. (2023) „Tropano alkaloidų biosintezės evoliucijos atskleidimas analizuojant du Solanaceae šeimos genomus“, Nature Communications 2023, 14:1, 14(1), p. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. ir kt. (2020) „Banianmedžio ir apdulkintojo vapsvos genomai suteikia įžvalgų apie figų ir vapsvų koevoliuciją“, Cell, 183 (4), p. 875–889.e17. doi: 10.1016 / J.CELL.2020.09.043
