Viso genomo asociacijos analizė
Darbo eiga
Paslaugos privalumai
●Išsamios kompetencijos ir publikacijų įrašai: sukaupusi GWAS patirtį, BMKGene baigė šimtus rūšių projektų populiacijos GWAS tyrime, padėjo tyrėjams paskelbti daugiau nei 100 straipsnių, o bendras poveikio koeficientas pasiekė 500.
● Išsami bioinformatinė analizė: darbo eiga apima SNP bruožų asociacijos analizę, pateikiant kandidatų genų rinkinį ir atitinkamą funkcinę anotaciją.
●Aukštos kvalifikacijos bioinformatikos komanda ir trumpas analizės ciklas: turėdama didelę pažangiosios genomikos analizės patirtį, BMKGene komanda pateikia išsamias analizes greitai ir greitai.
●Pagalba po pardavimo:Mūsų įsipareigojimas apima ne tik projekto užbaigimą, bet ir 3 mėnesių aptarnavimo po pardavimo laikotarpį. Per šį laiką siūlome tolesnius projekto veiksmus, trikčių šalinimo pagalbą ir klausimų ir atsakymų sesijas, kad galėtume atsakyti į visas su rezultatais susijusias užklausas.
Paslaugos specifikacijos ir reikalavimai
| Sekos tipas | Rekomenduojama populiacijos skalė | Sekos nustatymo strategija | Nukleotidų reikalavimai |
| Viso genomo sekos nustatymas | 200 pavyzdžių | 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Bendras kiekis ≥ 30 ng Degradacija ar užterštumas yra ribotas arba jo nėra |
| Specifinio lokuso sustiprintas fragmentas (SLAF) | Žymės gylis: 10x Žymų skaičius: < 400 Mb: rekomenduojamas WGS < 1 Gb: 100 000 žymų 1 Gb > 2 Gb: 300 000 žymų Max 500k žymų | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Bendras kiekis ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozės gelis: degradacijos ar užteršimo nėra arba jis yra ribotas
|
Medžiagos pasirinkimas
Įvairios veislės, porūšiai, žemės rasės / genų bankai / mišrios šeimos / laukiniai ištekliai
Įvairios veislės, porūšiai, žemės rasės
Pusės brolio šeima / pilna brolio šeima / laukiniai ištekliai
Aptarnavimo darbų eiga
Eksperimento dizainas
Mėginio pristatymas
RNR ekstrahavimas
Bibliotekos statyba
Sekos nustatymas
Duomenų analizė
Paslaugos po pardavimo
Apima šią analizę:
- Genomo masto asociacijų analizė: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM modelis
- Kandidatų genų funkcinė anotacija
SNP bruožų asociacijos analizė – Manheteno sklypas
SNP bruožų asociacijos analizė – QQ diagrama
Naršykite pažangą, kurią palengvino BMKGene de GWAS paslaugos, naudodami kuruojamą leidinių rinkinį:
Lv, L. ir kt. (2023) „Įžvalga į skustuvo moliuskų Sinonovacula constricta amoniako tolerancijos genetinį pagrindą, atlikus genomo asociacijos tyrimą“,Akvakultūra, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. ir kt. (2022 m.) „398 lapių uodegų sorų priedų daugiaomikos analizės atskleidžia genominius regionus, susijusius su prijaukinimu, metabolitų savybėmis ir priešuždegiminiu poveikiu“.Molekulinis augalas, 15(8), p. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. ir kt. (2022 m.) „Genomo masto asociacijos be korpuso fenotipų žemėlapis sausros aplinkoje“,Augalų mokslo ribos, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. ir kt. (2021) „GmST1, koduojantis sulfotransferazę, suteikia atsparumą sojos pupelių mozaikos viruso padermėms G2 ir G3“,Augalai, ląstelės ir aplinka, 44(8), p. 2777–2792. doi: 10.1111 / PCE.14066.
